2021 Fiscal Year Research-status Report
Searching and identification of transcripts contributing to the intracellular entry, colonization, and antimicrobial resistance in Streptococcus canis.
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21K08513
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| Research Institution | Kitasato University |
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Principal Investigator |
高橋 孝 北里大学, 感染制御科学府, 教授 (00292855)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | 人獣共通感染症 / 病原細菌 / 転写物配列 / 宿主細胞内侵入 / 宿主細胞内生存 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
１．米国バイオテクノロジー情報センターにゲノム配列(WGS)が登録された犬レンサ球菌20株[日本由来10株/韓国由来4株]でのゲノム配列特性を評価した。シークエンスタイプ(ST)9[7株]に着目し、ST9に特化した配列を探索した。解析法として、比較ゲノムハイブリダイゼーション(CGH)解析・パンゲノム―コアゲノムにおけるコーディングDNA配列(CDS)数推定・ST9に属するゲノム配列を用いたベン図[5株]作成・パンゲノム系統樹解析・gene ontology解析を行った。その結果、配列多様性を示すCGH/ベン図所見を認め、パンゲノム―コアゲノムでのCDS数は各々4,772―1,403となった。系統樹上ST毎に5種のクレードがあり、gene ontology解析ではST9に特化したCDSが制御する4種のパスウェイを見出した。同ゲノム配列の特性が網羅的転写物解析への重要な基盤となる。
２．網羅的転写物解析を実施する上で、WGSが決定している必要がある。それ故、前述のWGSを登録した犬レンサ球菌10株が有する人皮膚角質細胞(HaCaT)内への侵入能[感染後2時間での人細胞内菌量を計測]・生存能[同5時間での人細胞内菌量を計測]を評価した。その結果、高侵入能・高生存能を有する菌株(FU1)を選定するに至った。対照株としてWGSが判明している標準株[NCTC 12191]が有する人細胞内侵入能・生存能も判定した。両株を用いて、感染前⇒人細胞内侵入時⇒人細胞内生存時の菌体よりRNAを効率的に抽出(1.4-mm/0.1-mmシリカビーズによる)した。Bioanalyzerにより抽出RNAが有する品質評価を行い、菌株由来16S/23S rRNAの高度ピーク・人細胞由来18S/28S rRNAの低度ピークを確認できた。今後、発現変動解析により高侵入能・高生存能に関わるRNA配列を推定する。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
人株化細胞(皮膚角質細胞)を効率的に破砕して同細胞中に内在する犬レンサ球菌由来RNAを効率的に抽出(ビーズを用いた抽出)する機器が当該研究室へ納品された時期が2021年12月となりました。そのため、実験工程が若干遅延し、同RNAに関するQuality Check(品質検査)を実施した時期が2022年2月となっております。
以上が遅延の理由となります。
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| Strategy for Future Research Activity |
現在、上記Quality Checkが合格して網羅的転写物解析(RNA-Seq解析)へと進めており、同解析データは2022年4月頃に入手する予定となっております。
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| Causes of Carryover |
【次年度使用額が生じた理由】人株化細胞(皮膚角質細胞)を効率的に破砕して同細胞中に内在する犬レンサ球菌由来RNAを効率的に抽出(ビーズを用いた抽出)する機器が当該研究室へ納品(当該研究費とは異なる奨学寄附金により購入)された時期が2021年12月となりました。そのため、実験工程が若干遅延し、同RNAに関するQuality Check(品質検査)を実施した時期が2022年2月となっております。この効率的な細胞破砕核酸抽出機器の研究室への納品遅延が次年度使用額が生じた理由となります。
【使用計画】現在、上記Quality Checkが合格して網羅的転写物解析(RNA-Seq解析)へと進めており、同解析データは2022年4月頃に入手する予定となっております。次年度使用額に相当する30万円は、上記解析が完了し次第、使用する計画でおります。
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