Analysis of the function of antigen-presenting cells present in the stroma of colorectal cancer and the intracellular microbiome

2022 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 21K08723
• Research Institution: Osaka International Cancer Institute
• Principal Investigator: 西村 潤一 地方独立行政法人大阪府立病院機構大阪国際がんセンター(研究所), その他部局等, 消化器外科副部長 (20379209)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 安枝 明日香 東洋大学, 食環境科学部, 助教 (10745871)
• Project Period (FY): 2021-04-01 – 2024-03-31
• Keywords: 大腸癌 / 間質 / マクロファージ / 細胞内細菌

Outline of Annual Research Achievements

「大腸粘膜および抗原提示細胞に存在する腸内細菌の解析」前年度に課題として細菌DNAの安定的な抽出方法の確立を目指すために、炎症性腸疾患症例における腸管の細胞内細菌を解析した過去の手法を用いてDNAの抽出方法を検討した（Sekido Y, Sci Rep. 2020, corresponding author Nishimura J）。また、過去の他の文献も参考にし、以前と同様にDNA抽出の際にNucleoSpin Tissue XSを使用したが、抽出の際に使用する酵素のproteinase KとLysozymeとAchromopeptidaseの濃度調整を行い、複数症例を費やすことによって、安定したDNAの抽出を行えるようになった。5症例から、①大腸癌部、②非大腸癌部分、③腸粘膜、④①の分離に使用したシース液、⑤②の分離に使用したシース液の各々5検体よりDNA抽出を行い、計25検体で大阪大学微生物病研究所ゲノム解析室に次世代シークエンス解析を依頼した。5症例、各5検体ともシークエンスは可能であり、シークエンスカウントは63248～982656であった。検体間での④と⑤の違いは少なかった。今後①、②については④、⑤のバックグラウンドを消去したのちに①、②、③で比較検討を行い、①に特徴的な腸内細菌叢を同定する予定である。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

細菌DNAの抽出方法の確定に時間を要した。昨年度に抽出方法が確定したために今後はスムーズに症例、検体集積が行えると考える。

Strategy for Future Research Activity

次世代シークエンス解析の結果により、焦点を当てた解析を行うことにより解析時間短縮を行う。なお、当院では大腸外科の協力のもと、十分な手術検体の提供があるため症例集積に時間を要すことはないと考える。

Causes of Carryover

安定的なDNA抽出方法の手技確立のためにDNA抽出を複数回施行することに時間を要し、本来の実験計画にある細胞集団のマイクロアレイやｑPCRによる解析に遅れを生じているためマイクロアレイやｑPCRにかかる費用が持ち越されているため。
今後、単離した細胞集団のサイトカイン発現の解析、また、追加の腸内細菌叢の解析に使用を計画している。