Whole genome sequencing concerning the chemoresistance of bile duct cancer

2023 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 21K08796
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 55020:Digestive surgery-related
• Research Institution: Nagoya University
• Principal Investigator: MIZUNO Takashi 名古屋大学, 医学系研究科, 准教授 (90444413)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 江畑 智希 名古屋大学, 医学系研究科, 教授 (60362258) ; 横山 幸浩 名古屋大学, 医学系研究科, 特任教授 (80378091) ; 國料 俊男 名古屋大学, 医学部附属病院, 病院准教授 (60378023) ; 山口 淳平 名古屋大学, 医学部附属病院, 病院准教授 (00566987)
• Project Period (FY): 2021-04-01 – 2024-03-31
• Keywords: 全ゲノム解析 / 胆管癌 / 化学療法抵抗性

Outline of Final Research Achievements

Whole-genome sequencing analysis of six cholangiocarcinoma specimens demonstrated an average of 53,705 somatic mutations, 22,832 somatic structural variations, and copy number variations in 109 regions. SNVs counted for 85.02% of the somatic mutations, while DELs comprised 76.50% of the somatic structural variations. Copy number variations showed amplifications spanning several hundred thousand base pairs in some cases. Gene mutations accumulated at a higher frequency in samples without vascular invasion compared to those with vascular invasion. Although no statistically significant differences were obtained, variations in mutation accumulations between groups were observed in several genes.

Free Research Field

消化器外科

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

胆道癌は予後不良な癌種であり、有効な治療法や予後予測因子の乏しいのが現状である。本研究は、胆道癌の全ゲノム解析を行うことで、体細胞変異、体細胞構造変異、コピー数変異解析を行い、変異種別の特徴を明らかにした。また、臨床情報との関連解析により、血管転移の有無と遺伝子変異の蓄積傾向に関連があることを明らかにした。また新たなbiomarkerおよび治療の標的の可能性のある遺伝子を複数同定している。これらの結果は、胆道癌の発癌メカニズムの解明や新たな治療法の開発につながる可能性があり、学術的・社会的に意義のある研究であると考えられる。