Single-Cell RNA sequenceによるARDS病態の網羅的探索

2021 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 21K09026
• Research Institution: Yokohama City University
• Principal Investigator: 本澤 大志 横浜市立大学, 医学部, 助教 (90899147)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 西井 基継 横浜市立大学, 医学部, 講師 (20383573) ; 谷口 隼人 横浜市立大学, 医学部, 助教 (40833306) ; 田村 智彦 横浜市立大学, 医学研究科, 教授 (50285144) ; 小川 史洋 横浜市立大学, 医学部, 助教 (80383610) ; 竹内 一郎 横浜市立大学, 医学研究科, 教授 (90327346)
• Project Period (FY): 2021-04-01 – 2024-03-31
• Keywords: ARDS / RNA / 気管支肺胞洗浄液

Outline of Annual Research Achievements

我々は、気管支肺胞洗浄液血球および末梢血単核球の表現型を分子生物学的に解析することでこれまでにないARDSの新たな病態分子を明らかとすべく本研究を企図した。現時点でARDS症例について16例の検体を収集することに成功し、気管支肺胞洗浄液と末梢血について細胞の保存やRNAの抽出を進めている。その純度および量において安定的に獲得できており、single cell-RNA sequenceを施行する準備を予定どおり進めている。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

現時点でこれまで集積した気管支肺胞洗浄液と末梢血について、RNA sequence可能な細胞の保存やRNAの抽出が成功していることを確認できた。

Strategy for Future Research Activity

すでに得られたARDS症例の検体の細胞を網羅的に解析するBulk RNA sequenceを行う。ここから得られると予想される遺伝子情報は膨大であるが、その遺伝子情報を深層学習にて解析することにより、ARDSの病態を特徴づける遺伝子の候補を探索できると考えている。これらの結果を踏まえて、細胞一つ一つの遺伝子発現の評価を行うsingle cell RNA sequenceを計画している。これによって、ARDSの病態の深部に迫れると期待している。
また、引き続きARDS症例の検体収集についても行ってゆく。

Causes of Carryover

RNA sequenceを実行するにあたり、一定の検体数を集めることが費用としても効率が良いため、初年度は検体収集を中心に研究活動を行なった。次年度はRNA sequenceを用いた解析を本格化していく予定であり、昨年度のから繰り越した助成金を使っていく必要があると考えている。