Single-Cell RNA sequenceによるARDS病態の網羅的探索

2022 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 21K09026
• Research Institution: Yokohama City University
• Principal Investigator: 本澤 大志 横浜市立大学, 医学部, 助教 (90899147)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 西井 基継 横浜市立大学, 医学部, 講師 (20383573) ; 谷口 隼人 横浜市立大学, センター病院, 助教 (40833306) ; 田村 智彦 横浜市立大学, 医学研究科, 教授 (50285144) ; 小川 史洋 横浜市立大学, 附属病院, 助教 (80383610) ; 竹内 一郎 横浜市立大学, 医学研究科, 教授 (90327346)
• Project Period (FY): 2021-04-01 – 2024-03-31
• Keywords: ARDS / 肺胞洗浄液 / RNA sequence

Outline of Annual Research Achievements

現時点で16例のARDS症例から末梢血と肺胞洗浄液を収集することに成功した。肺胞洗浄液に含まれる細胞からRNAの抽出を試み、解析に耐えうる抽出を行うことができた13例についてトランスクリプトーム解析を行い、得られた遺伝子データを深層学習にて解析し、ARDSの病態解析を行った結果、いくつかの異なる病態機序を見出した。これらの情報をもとに細胞個別の評価が可能となるsingle cell RNA sequenceを計画している。ARDSの病態において重要な細胞遺伝子情報が何であるか、ARDSを分子生物学的に新たに分類できないか探っていく。また、追加検体の収集についても引き続き尽力していく。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

RNA sequeneにおける遺伝子情報と臨床情報との関連を検討する解析に当初の予定より時間を要しているため。

Strategy for Future Research Activity

肺胞洗浄液から抽出した細胞からRNA sequenceを用いて得られた遺伝子情報と臨床情報との関連の解析を進め、ARDSにより特徴的な遺伝子情報の絞り込みを行う。また、末梢血についての解析も行い、関連性について評価をする。これらの情報をもとに、候補となる遺伝子を目標にsingle cell RNA sequenceを用いて細胞特異的な情報を収集し、ARDSの本質に関わる遺伝子情報の獲得を目指す。また、同内容につき論文報告を進める。

Causes of Carryover

RNA sequenceで得た遺伝子情報と臨床データの関連につき解析に時間を要しているため、物品費や交通費につき残額が発生している。候補となる遺伝子を目標にsingle cell RNA sequenceを用いて細胞特異的な情報を収集し、論文報告を進める計画であり、これらについて費用が発生するものと想定している。