2021 Fiscal Year Research-status Report
膠芽腫のメチル化プロファイルに応じた治療効果予測とエピゲノム個別化療法の創出
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21K09187
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| Research Institution | Kyorin University |
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Principal Investigator |
齊藤 邦昭 杏林大学, 医学部, 講師 (50446564)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | グリオーマ / メチル化 / エピゲノム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
研究代表者が以前の研究でメチル化アレイ解析を行った130例の神経膠腫の中から膠芽腫43例の臨床データを収集し、予後と関連のあるメチル化部位、遺伝子を抽出した。上位の遺伝子群をgene ontology解析したところ、細胞周期関連でアノテーションされた遺伝子のエンリッチメントがみられた。TCGA(The Cancer Genome Atlas)のデータベースから入手できる膠芽腫のメチル化データを用いて検証を行ったところ、同様の結果が得られた。これらの腫瘍から樹立した培養細胞を用いて、治療後のエピジェネティックプロファイルの変化やマウスxenograftを用いた生存期間の比較を行う予定であるが、まだ結果が得られていない。検出力を上げるため、当院にて手術を行った膠芽腫の腫瘍検体および培養細胞を用いて解析するため、腫瘍DNA抽出および培養細胞の樹立を行った。これらのメチル化アレイ解析やin vitro/in vivoの実験も今後予定している。結果をもとにしてエピジェネティックプロファイルに応じた治療効果の検証後、治療効果を加えたメチル化分類を構築し、膠芽腫検体の再分類を行う。さらに、liquid biopsyとして血清または髄液検体からメチル化解析を行うためにグリオーマ患者の血清および髄液からdigital PCRにより微量な腫瘍由来DNAを抽出し、IDH変異、TERTプロモーター変異、MGMTメチル化について腫瘍検体との比較を行い高い相関性を得た。非侵襲的な方法で膠芽腫のメチル化分類を行い、早期に有効な治療を選択するための礎となるデータが得られたと考える。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
メチル化アレイのデータと臨床データから、予後と関連のあるメチル化部位、遺伝子を選出したが、治療効果を検証するためのin vitro/in vivoの実験系が安定せず、研究がやや遅れている。培養細胞は樹立されているものの、5-Azaによる脱メチル剤の効果の検証がうまくいかず、メチル化プロファイルに応じたエピジェネティック治療の効果判定ができていない。治療効果判定後、検証のためにメチル化アレイ解析を追加していく予定であるが、まだできていない。
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| Strategy for Future Research Activity |
膠芽腫腫瘍検体から樹立した培養細胞を用いて、もともとのメチル化プロファイルによる治療効果の判定を行う。エピジェネティックステータスを変化させる治療がさらに有効か確認するため、5-Azaなどを用いて各メチル化群の治療効果の検証を行っていく。治療効果の差がわかれば、治療効果をもとにした膠芽腫メチル化分類を構築する。さらに検証するため、腫瘍検体のメチル化アレイ解析を追加していく予定である。
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| Causes of Carryover |
当初予定していた、追加のメチル化アレイの実験を行っていないことからメチル化アレイ試薬の費用として算出していた額が次年度使用額となった。また、メチル化分類再構築のため、45~85万個のCpGサイトのデータをできるだけ含有する形でクラスタリング解析や予後因子抽出解析を行うためのコンピュータも次年度購入の予定とした。
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