2021 Fiscal Year Research-status Report

RACE法と次世代シーケンサーを用いた円形・非円形肉腫の融合遺伝子解析

Research Project

Project/Area Number	21K09314
Research Institution	Aichi Cancer Center Research Institute
Principal Investigator	真砂勝泰愛知県がんセンター(研究所), がん病態生理学分野, 研究員 (80338160)
Project Period (FY)	2021-04-01 – 2024-03-31
Keywords	肉腫 / 肺 / 次世代シーケンス / 融合遺伝子
Outline of Annual Research Achievements	2022年4月現在、約150症例の肺組織由来のRNAを用いたRNAシーケンスデータ解析により、複数の融合遺伝子候補を集積した。融合遺伝子は、in frame融合遺伝子でリード数を10リード以上とし、ダイレクトシーケンス法にて融合遺伝子の存在を確認した。それらの候補融合遺伝子の遺伝子名をprimer候補とし、FusionPlexでのカスタムパネルの作成を行っている段階である。蓄積症例は、2022年4月現在で肺由来の肉腫での切除標本を約15症例の遺伝子抽出し、核酸の品質チェックを終えている。今後も随時症例の蓄積を行っていく予定である。さらに、や衣装とするコホートを、RNAシーケンスの結果を用いることもあり、肺原発あるいは転移性の、確定診断に至っていないspindle cell tumorも候補とし、融合遺伝子解析を施行する予定で、コホートの選別を行っている。見積もり症例としては、過去のアーカイブ症例を含めると、年間で数症例の対象症例が存在し、現在約15症例の症例候補を選別し、核酸の抽出及び核酸の品質チェックを終えた段階である。また、これらの症例の組織学的特徴、及びRNAシーケンスから候補融合遺伝子として確認できた結果を国内学会で報告する予定である。また、候補融合遺伝子の機能解析も併せて行い、協力研究機関へ依頼をし、候補遺伝子の導入により、形質転換あるいは、特定の組織分化を有した腫瘍への形質転換はが実際に起こるかどうかの確認も計画中である。
Current Status of Research Progress	Current Status of Research Progress 2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned. Reason 当初、市販のサルコーマパネルを用いる予定であったが、RNAシーケンスのデータ解析により、パネルに含まれる遺伝子のカスタム化の必要性が生じたため、解析がやや遅延している。症例集積は順調に進んでおり、問題ないものと考えられる。
Strategy for Future Research Activity	パネルのカスタム化が終了次第、順次シーケンスを思考する予定である。当初は融合遺伝子の解析のみを目的としていたが、エクソームシーケンスなどにより、挿入、欠失といった遺伝子異常や構造変異などの解析も必要となる可能性がある。
Causes of Carryover	カスタムパネルの購入費及びシーケンス試薬の購入などを予定している。