2023 Fiscal Year Research-status Report
RACE法と次世代シーケンサーを用いた円形・非円形肉腫の融合遺伝子解析
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21K09314
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| Research Institution | Aichi Cancer Center Research Institute |
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Principal Investigator |
真砂 勝泰 愛知県がんセンター(研究所), がん病態生理学分野, 研究員 (80338160)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2025-03-31
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| Keywords | 融合遺伝子 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
2024年4月現在、当科のデータベースの過去10年間のコホートを用いて、胸部の紡錘形腫瘍の切除検体を選定した。選定した症例を組織別に新たにデータベースとして構築した。それらのデータベースを用い、診断未確定の原発及び転移を含めた切除標本の紡錘形腫瘍45症例を候補として絞り込みを行った。それらの候補症例うち、形態学的な診断及び免疫染色やFISHなどの検査によって確定診断に至らなかった16症例を特定し、それらのFFPE組織検体からRNAの抽出を行った。それらの検体を用いて、当初予定していたFusion Plex Sarcoma panelにてライブラリーを作成を行い、ライブラリーの精度を確認した後、サーモフィッシャー社のIon S5シーケンサーにてシーケンスを施行した。シーケンスデータは、独自のサーバーに構築済みであるArcherDX パイプラインにて解析を行い、その結果新規のALK融合遺伝子を有する症例を2例特定しえた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
一定期間、FusionPlexの国内での取扱が中断となり、解析キットの入手が困難となったため。
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| Strategy for Future Research Activity |
現在、次世代シーケンサーによる解析で特定し得た新規のALK融合遺伝子の配列に基づいたプライマーを作成し、ダイレクトシーケンスにて解析結果の確認を行うことを予定している。本結果は、国内学会で報告の後、英語論文として上梓する予定である。また、さらなる症例集積を行い、作成したプライマーを用いて、同配列を有する紡錘形腫瘍の有無をスクリーングにより併せて解析する予定である。
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| Causes of Carryover |
FusionPlexの国内取扱が一時期休止となっていたため、解析までに期間を要した。今後、ダイレクトシーケンスによる配列の確定や、別コホートでの解析が必要となる。また、学会での成果の報告や論文化にも一定の期間の延長が必要と考えられる。
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