Evaluation and application of putative SNPs that can define the lineages of T.pallidum

2023 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 21K09388
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 56030:Urology-related
• Research Institution: National Institute of Infectious Diseases
• Principal Investigator: Nakayama Shu-ichi 国立感染症研究所, 細菌第一部, 主任研究官 (80280767)
• Project Period (FY): 2021-04-01 – 2024-03-31
• Keywords: 梅毒トレポネーマ / 系統分類 / 感染ルート推定

Outline of Final Research Achievements

With the 127 specimens since March 2020, 3 SNPs within the single gene TP_0705 were defined.Based on these data, their predicted phylogenies were tentatively assigned. The distributionswere as follows.SS14-East Asia: 111, SS14-Omeg: 5, Nichols C&E: 6, TEN: 5.Whole genome analyses of these specimens are required for the verifications of our pylogeny prediction, and our hypothesis that the 3 SNPs above is truly coordinated with the phylogeny that is convinced trough the genome analyses.

Free Research Field

細菌遺伝学

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

世界的な流行が継続、拡大している梅毒の制御に当たっては、検体からの迅速な系統分類を通した科学的根拠を持った感染ルート推定を行うことが必須である。試験管内培養が基本的に不能な本菌では系統を確定するためのゲノム解析は、その成功率が低い。我々は特定1遺伝子TP_0705のPCR産物内の３箇所の１塩基置換が系統と対応するという仮説を提出した。このことが実証されれば、飛躍的に多数の検体での系統決定が可能となり、また、その結果が判明するまでの期間も大幅に短縮できる。これは冒頭の課題に足して多大な貢献を与える。