2021 Fiscal Year Research-status Report

Radiogenomics analysis of tongue cancer using PET / MRI and nCounter

Research Project

Project/Area Number	21K09579
Research Institution	University of Fukui
Principal Investigator	菅野真史福井大学, 学術研究院医学系部門(附属病院部), 助教 (90444215)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	辻川哲也福井大学, 高エネルギー医学研究センター, 准教授 (30380033) 今村好章福井大学, 学術研究院医学系部門(附属病院部), 准教授 (40223341) 成田憲彦福井大学, 学術研究院医学系部門, 准教授 (80345678)
Project Period (FY)	2021-04-01 – 2024-03-31
Keywords	PET/MRI / nCounter解析 / 患者集積完了 / RNA抽出 / RNA品質チェック完了
Outline of Annual Research Achievements	全体カンファレンスを行い研究方針について確認している。患者選定が終了し筑波大学でのnCounter解析の準備が完了した。遺伝子解析に必要な物品を前倒し至急で予算を整え購入し納入された。造影CT、造影MRI、PET/MRI、PET/CT検査の読影および画像データの抽出を行った。PET/MRIの画像情報として、腫瘍最大径、DOI、腫瘍形態、SUV、エナジー、コントラスト、エントロピー、ヒートマップ、インテンシティー、腫瘍辺縁部の明瞭度・不明瞭度、Normalized Mutual Informationアルゴリズムを用いた線形変換による比較、腫瘍形態の３次元化など２０項目以上の特徴量を抽出した。病理医専門医（今村）が、組織標本における組織診断ならびにT分類、DOI、浸潤様式、脈管及び神経周囲浸潤の診断を行った。舌癌組織標本(FFPEブロック)からRNeasy FFPE Kit(Qiagen)を用いてRNA抽出を行い、さらに品質チェックを行い遺伝子解析可能であることを確認した。
Current Status of Research Progress	Current Status of Research Progress 1: Research has progressed more than it was originally planned. Reason 当初計画が順調に進んでおり、令和5年度に実施予定だった分のRNA解析も令和4年度に実施する必要が出てきた。このことにより、RNA解析のためのnCounterパネルを5セット（1セット約40万円）購入するため、前倒し請求を行った。現在50症例のnCounter解析作業を行っている。令和5年度に行う予定であった実験の一部も令和4年度に行う予定である。
Strategy for Future Research Activity	全症例の舌癌組織標本(FFPEブロック)からRNeasy FFPE Kit(Qiagen)を用いてRNA抽出を行う。nCounterを用いて PanCancer Progression Panel（770 遺伝子）で解析し癌関連遺伝子の網羅的解析を行う。Radiogenomics解析：遺伝子発現プロファイルと画像特徴プロファイルを統合的にクラスター分析し、これら二つのモダリティの関係性を明らかにする。
Causes of Carryover	遺伝子解析用パネルを必要量まとめて購入し、割引制度を利用して研究費の節約を行った。このためRNAの遺伝子解析をR4年度にまとめて行うことになった。RNA解析のためのnCounterパネルを5セット（1セット約40万円）購入するため、前年度を繰り越し、またR5年度予算の前倒し支払い請求をおこなった。