2022 Fiscal Year Research-status Report
The elucidation of carcinogenesis, metastasis gene and development of non-invasive treatment of sebaceous gland carcinoma with the next-generation sequencer
| Project/Area Number |
21K09726
|
|---|
| Research Institution | Kyoto Prefectural University of Medicine |
|---|
Principal Investigator |
渡辺 彰英 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (80516188)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
中山 知倫 京都府立医科大学, 医学部附属病院, 専攻医 (00769325) [Withdrawn]
|
|---|
| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
|
| Keywords | 脂腺癌 / 瞼板 / dissuse type / エクソーム解析 / トランスクリプトーム解析 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、1:次世代シーケンサーを用いた脂腺癌の網羅的遺伝子解析、2:臨床病型との照合、人種差の原因解明、3:発癌、増殖及び転移に関わる細胞内伝達機構を明らかにし、予後推測および内科的治療法につなげることが目的である。
我々は、昨年度に眼瞼の瞼板組織より安定かつ簡便なRNA、DNAの核酸抽出方法の確立と比較検討作業を行ってきた。その結果、組織の破砕には凍結破砕器を、精製方法にはカラム法を用いることにより、他の破砕、抽出方法よりも短時間かつ安定的に核酸抽出が可能であった。
本年度は、その方法を用いて、脂腺癌9症例から各々正常及び癌組織のRNA、DNAの抽出を行ない、次世代シークエンスが可能な品質のRNA、DNAを獲得した。さらに抽出したRNAに関してトランスクリプトーム解析を施行し、データを取得した。今後、抽出したDNAからエキソームデータの解析を行う予定である。
我々はすでにヒト眼瞼脂腺癌の腫瘍組織とその健側の同部位の瞼板組織6症例分の次世代シーケンサーの実験結果を入手しており、DNAに対しては全エクソーム解析、RNAに対してはトランスクリプトーム解析データを入手している。本年度施行した９症例のうち3症例がアジア人には少ない脂腺癌のタイプであるdiffuseタイプである。すでに入手している6症例の遺伝子解析結果と、今回の９検体の遺伝子解析の結果を合わせて解析を行い、関連するpathwayの絞り込み、脂腺癌特異的な遺伝子の発現や変異をRNA、DNAレベルで検討できると考えている。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
今年度は、昨年度確立した眼瞼の瞼板組織より安定したRNA、DNAの抽出方法を用いて実際にヒト眼瞼脂腺癌9症例分の腫瘍組織及びその健側の同部位の瞼板組織についてRNA、DNAの抽出を行った。なお、この抽出方法に関しては独自の方法を確立しており、今年度はその結果を論文にて報告した。
さらにRNAに関してはトランスクリプトーム解析データを入手している。我々はすでに、先行して6症例分のヒト眼瞼脂腺癌の腫瘍組織及びその健側の同部位の瞼板組織について次世代シーケンサーの実験結果を取得しているが、現時点で実験が未実施の同様の組織を20症例以上保管しており、今後も継続して試料を確保していく予定である。また、取得済のデータに関しては、我々はまず正常組織のRNA、DNAの解析を開始しており、その結果としてマイボーム腺に特異的に発現しているとされている遺伝子を検出できた。しかし、既知のMutationの評価、関連するpathwayの精度向上を行うためにはより症例数を増やす必要があると考えられた。
今後9症例分のエキソーム解析データも入手予定であり、合わせて15症例分のヒト眼瞼脂腺癌の腫瘍組織及びその健側の同部位の瞼板組織について次世代シーケンサーの実験結果が入手できる予定であるため、進歩は順調であったと考える。また、現在、脂腺癌の臨床像に関わる論文も投稿予定である。
|
| Strategy for Future Research Activity |
我々はすでにヒト眼瞼脂腺癌の腫瘍組織とその健側の同部位の瞼板組織6症例分の次世代シーケンサーの実験結果を入手しており、DNAに対してはエキソーム解析、RNAに対してはトランスクリプトーム解析を施行中である。
同一症例から腫瘍部分と正常部分の遺伝情報がそれぞれ得られれば、それらの比較により、腫瘍部分に特異的な遺伝子変異や発現の特定が可能となるが、6症例分では有意な遺伝子の検出や、関連するpathwayの絞り込みを確実に行うことは困難であった。
本年度に9検体の追加のDNA、RNAの抽出を行っている。これらのエキソーム解析、トランスクリプトーム解析をすでに施行した6検体分と合わせて比較を行う。臨床病型の違い、再発の有無、遠隔転移の有無によって分類し、それぞれの群で遺伝子変異に違いがあるかを検討し、臨床動態の違いに関与している遺伝子変異を明らかにする。
|
| Causes of Carryover |
今年度は眼瞼脂腺癌の９検体分のトランスクリプトーム解析を行ってきた。次世代シーケンサーは費用がかかるため、9検体分のエキソーム解析を本年度に行う予定である。
|
