HRM法による法医学に有用なトリアレルSNPの解析システムの確立

2021 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 21K10523
• Research Institution: Tottori University
• Principal Investigator: 中川 真由美 鳥取大学, 医学部, 准教授 (00243410)
• Project Period (FY): 2021-04-01 – 2024-03-31
• Keywords: HRM法 / トリアレルSNP

Outline of Annual Research Achievements

法医学分野では、多数の変性した微量の試料を迅速に鑑定できる方法が必要である。DNA鑑定にはSTR(Short Tandem Repeat)多型が広く用いられているが、通常1つのSTRが100-450bpくらいの長さであるため変性のひどいDNAの場合再現性のある結果が得られにくい。これに対し一塩基多型（Single Nucleotide Polymorphism：SNP）は多型性が低いがゲノム上に非常に多く存在し、短い断片でも解析が可能で変性試料にも有用性が高い。SNPはほとんどがバイアレルであるが、本研究では識別能がより高いトリアレルSNPを対象として、HRM法を用いた簡便で迅速な解析システムの確立を目指している。
令和3年度は、SNPに関するデータベースや論文などから、日本人集団で、あるいは日本人に限らずとも東アジアの集団において、マイナーアレルの頻度が10％以上であったと報告されているトリアレル多型部位を10か所程度選択した。選択した多型部位について、まずAPLP法やシークエンス法などにより試料の日本人DNAのタイピングを行っている段階である。その結果でもマイナーアレルの頻度が10％を超えるSNPについて、HRM法による解析が行えるようプライマー作製をはじめとした解析条件を整えていく。しかし、使用を考えていたリアルタイムPCR装置の作動にやや問題があり、確認などに時間がかかり開始が遅れている状態である。HRM法による解析は令和4年度に本格的に始めたいと思っている。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

新型コロナウイルス感染流行により、大学の教員として学生の教育などに時間や労力をかける必要があったため、研究時間の確保が難しかった。また、HRM解析に用いる予定のリアルタイムPCR装置の不具合があったため、確認に時間を要した。

Strategy for Future Research Activity

新型コロナウイルス感染流行に対する教育面での準備も整ってきたため、令和4年度は3年度に比べて研究時間が確保できると考える。リアルタイムPCR装置に関しても、作動に改善が見られた。令和4年度は、解析候補のトリアレルSNP部位について、他法での確認、HRM解析への適用を行い、日本人サンプルの解析を行いたいと思う。

Causes of Carryover

新型コロナウイルス感染流行により、大学の教員として学生の教育などに時間や労力をかける必要があったため、研究時間の確保が難しかった。また、HRM解析に用いる予定のリアルタイムPCR装置の不具合があったため、確認に時間を要した。それらの要因により、研究が進まず、研究費の使用も当初の予定より少なくなった。
新型コロナウイルス感染流行に対する教育面での準備は整ってきたため、令和4年度は3年度に比べて研究時間が確保できると考える。解析候補のトリアレルSNP部位について、他法での確認、HRM解析への適用を行い、日本人サンプルの解析など積極的に研究を進めていきたいと考える。