2023 Fiscal Year Research-status Report
Targeted exome analysis as a diagnostic tool for the leptin-melanocortin pathway related genes in childhood obesity
| Project/Area Number |
21K11701
|
|---|
| Research Institution | Kyoto Prefectural University of Medicine |
|---|
Principal Investigator |
中島 久和 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 特任講師 (80363985)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
森 潤 地方独立行政法人大阪市民病院機構大阪市立総合医療センター(臨床研究センター), 臨床研究センター, 部長 (20750011)
森元 英周 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (20827539)
福原 正太 京都府立医科大学, 医学(系)研究科(研究院), 特任助教 (80817685)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2025-03-31
|
| Keywords | 小児肥満 / レプチン-メラノコルチン摂食抑制系 / 次世代シーケンサ / ゲノム解析 / 摂食抑制シグナル |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
（背景）欧米や西アジアの小児期発症の高度肥満で何らかの肥満原性遺伝子の病的バリアントをもつ症例の検出率は 5-49%と報告があり、世界の中でも地域差がある。視床下部摂食抑制シグナルを構成するレプチン・メラノコルチン系の遺伝子に着目して、日本人小児期発症肥満についてゲノムを解析した。
（方法）京都府立医科大学附属病院に通院中の小児肥満、あるいはその経験者 である16 歳以上の成人、14 例を対象とした。研究参加について本人あるいは保護者から書面にて説明同意を得た。末梢血 DNA を取得し、これをテンプレートDNAとした。次世代シーケンサー・エクソーム解析には、世代シーケンサはNovaSeq6000 あるいはNextSeq500 プラットホーム(Illumina, SanDiego, 米国）を使用した。対象とした遺伝子はLEP, LEPR, POMC, PCSK1, MC3R, MC4R, MRAP2, BDNF,SIM1, NTRK2 とした。 pathogenic/likely pathogenic variant をデータベースで検索した。病的意義不明のバリアントで MAF <0.1%（gnomAD）かつ CADD スコア 20 以上を報告すべきVUS (Variant of uncertain significance) とした。
（結果）ACMGのスコアリングで評価される pathogenic/likely pathogenic variant はなかった。 VUS はSIM1 で 2 バリアント、NTRK2 で 1 バリアントを検出した。バリアントのアレル検出率は 10.7%であった。ホモ接合性 0 例、複合ヘテロ接合性 0 例、ヘテロ接合性 3 例で、症例の検出率は 21.4%であった。
（結論）本邦でもレプチン・メラノコルチン系遺伝子のバリアントをもつ小児肥満症例は稀ではない可能性がある。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
100症例の解析を目標としているが、2020年来の新型コロナ感染症まん延の影響もあって説明同意を得られた症例のエントリーが予想よりも少なくなった。現在、他施設の症例もエントリーするように研究計画を変更したが、医療機関への受診控えの傾向が収まっていない。その結果、研究対象者の数が少ない状況である。
|
| Strategy for Future Research Activity |
研究対象者のエントリー数の確保が順調に進んでいない点に問題がある。研究協力施設を増やしていく予定である。また、研究協力施設の数が増えてくると検体回収にも煩雑さが加わることが予想される。外注検査会社と連携した検体回収システムの構築を推進し、研究検体の回収や測定の円滑化を試みているところである。
|
| Causes of Carryover |
2020年から始まった新型コロナウイルス感染症の影響よって小児患者の病院受診件数が極端に減少した。その結果、学校健診で検出された病院受診を勧奨された者の病院受診件数も減少したと推察できる。よって本研究への参加が見込まれる小児肥満（症）患者の受診も減少した。研究対象者として研究にエントリーできた肥満症例が2024年2月末時点で14例と少なくなった。そのため遺伝子解析の解析数が減少し、次世代シーケンサーを利用した解析費用が見積もりよりも大幅に少なくなった。研究期間を延長し研究参加者のエントリーを増やし、次世代シーケンサーによる解析数を増やす予定である。
|
