2021 Fiscal Year Research-status Report
豚由来О7群サルモネラの遺伝学的全容の解明と薬剤耐性・病原性を規定する因子の同定
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21K14980
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| Research Institution | National Agriculture and Food Research Organization |
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Principal Investigator |
新井 暢夫 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 動物衛生研究部門, 研究員 (20885008)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | Salmonella Choleraesuis / Salmonella 7:c:- / 全ゲノム解析 / 薬剤耐性 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
Salmonella Choleraesuis（SC、抗原構造; 7:c:1,5）は我が国における豚のサルモネラ症の主要な原因血清型の一つであり、豚に消化器症状や全身症状を引き起こすことで養豚経営に被害を与える要因となっている。SCによるサルモネラ症の制御が求められる一方で、我が国に分布する本血清型の遺伝学的多様性、薬剤耐性、病原性等の特徴は十分明らかにはなっていない。また、野外では7:c:-というSCと類似した抗原構造を示すサルモネラ属菌がしばしば分離されるが、本菌とSCとの遺伝学的関係や病原性は不明である。そこで本研究では、我が国に分布するSCの遺伝学的全容と7:c:-との関係を明らかにすることを目的とした。令和3年度は25都道府県から病豚由来SCおよび7:c:- 計264株を収集し、一部の菌株（140株）について、次世代シーケンサー（Illumina HiSeq X TenあるいはNovaSeq6000）を用いた全ゲノムシーケンスを実施した。これら国内分離株、公共データベースに登録されている海外株、および系統樹の外群として選定したSalmonella Paratyphi C 1株を合わせた計173株のコアゲノム内の一塩基多型に基づく分子系統解析を実施した。その結果、SCおよび7:c:-は4つのクレードに区分された。主に生物型Choleraesuisはクレード1と2、生物型Kunzendorfはクレード3と4に集約され、両生物型は遺伝的に異なる背景を有していることが示唆された。本年度の解析に使用した7:c:-はクレード4に含まれており、SC生物型Kunzendorfの単相変異株であることが示唆された。また、薬剤耐性遺伝子データベースであるResFinderを使用したところ、クレード2において多剤耐性と予想される菌株で構成されるサブクレードが存在することを見出した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
本研究は日本国内の広範囲な地域から分離されたSalmonella Choleraesuis（SC）および7:c:-を収集し、高精度な全ゲノム系統解析および薬剤耐性・病原因子の保有状況を明らかにすることで、家畜衛生上注視すべき特徴を持った系統を探索することを目的とする。令和3年度は当初の計画に近い範囲・規模の菌株を収集でき、すでに140株の全ゲノム塩基配列を解読した。
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| Strategy for Future Research Activity |
当初の計画通り、令和3年度に収集した菌株の全ゲノムシーケンスを引き続き実施する。全ゲノム情報に基づく分子系統解析および網羅的な遺伝子レパートリー解析によって、国内の豚に分布するSCの主要系統とその特徴を明らかにする。
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| Causes of Carryover |
消耗品類が当初計画より安価に購入でき、加えて外部に委託した全ゲノムシーケンスの経費が予定より安価であったため、その経費が次年度使用額となった。なお、本経費は令和4年度に実施するSalmonella Choleraesuisの病原性を評価するために必要な培養細胞株、細胞培養に必要なプラスチック類などの購入に使用する予定である。
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Research Products
(1 results)
