2022 Fiscal Year Research-status Report
Phylodynamics of regional Streptococcus pneumoniae serotype 19A-ST320 lineage in Okinawa prefecture and the analysis of pbp1a transmission between different pneumococcal clones in Japan
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21K15432
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| Research Institution | National Institute of Infectious Diseases |
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Principal Investigator |
中野 哲志 国立感染症研究所, 薬剤耐性研究センター, 主任研究官 (30794987)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | 肺炎球菌 / 19A-ST320 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
沖縄県および日本本島で検出される多剤耐性肺炎球菌クローン19A-ST320株の解析の全ゲノム解析を行った。19A-ST320クローン株は本邦においては沖縄県において高頻度に検出される一方で、日本本島では検出が稀である。本研究では、全ゲノム解析を用いて、沖縄県で高頻度に検出される同クローン株が、日本本島由来で沖縄県で流行する素地があるのか、あるいは沖縄県に諸外国から流入があるのか、を解析した。
全ゲノム解析の結果では沖縄株は米国で検出される同クローン株と近縁であることが判明した。ベイズ解析によるとこの流入は1990年代から2000年にかけて起こったと考えられる。沖縄県の地政学的な要素を考慮に入れると、同株は米軍基地に関連して米国より沖縄県に流入している可能性が示唆される。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
ゲノム解析、論文投稿が順調に進んだため。
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| Strategy for Future Research Activity |
当研究所には2000年代に本邦で検出された株の保存があるため、同株の全ゲノム解析を進めることにより、本邦で検出される19A-ST320株の進化的変遷を明らかにしていく。
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| Causes of Carryover |
本解析において、沖縄株が米国由来である可能性が示唆された。しかし、その後の解析で本邦からの流入の可能性も提起されたため、本邦で2000年代に検出された同クローン株の全ゲノム解析を行い、上記仮説の実証する必要が発生したため。
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