2022 Fiscal Year Research-status Report
思春期心身機能の健やかな発達を評価する集約的ゲノム指標の開発
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21K15708
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
池亀 天平 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (00836736)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | epigenetics / 思春期コホート / polygenic risk score / GWAS |
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| Outline of Annual Research Achievements |
TTCサンプル1000検体を超えるサンプルをジャポニカアレイNEOによるSNP解析を行い、更に東北大学メディカル・メガバンクで全ゲノムインピュテーションを行った。PRS予測モデルの構築については、PLINK 及びPRSiseの2種類の解析ツールを用い、PRSの算出にも既に成功している。2年目以降のDNAメチル化解析については、pnTTC第1期から第3期まで縦断検体として存在するものを対象とし、最終的に各150検体の合計450検体に対してゲノ ム網羅的DNAメチル化解析を行うこととし、対象となる検体の唾液サンプルよりDNA抽出を実行し、第1期から第3期までの４５０検体の唾液DNAについて精製終了しており、Infinium Methylation EPIC Kitを用いたメチル化解析を熊本大学大学院分子脳科学教室との共同研究により進める予定である。DNAメチル化解析対象領域として、1)精神疾患感受性CpG部位、および、 2)epigenetic ageなどのバイオマーカー候補CpG部位の解析を行う。精神疾患感受性CpG部位として、申請者らがこれまで同定してきた精神疾患で頑健な変動を認めたCpG部位(約10ヶ所)、および国外の網羅的メチル化解析で同定されたCpG部位のうち、論文内で独立した手法によるvalidationが行われているか、他グループ による再現報告があるCpG部位(約20ヶ所)を対象とする。また、バイオマーカー候補部位として、年齢、死亡率、テロメア長、生活習慣を 評価するCpGの計測を 行う。年齢についてはHorvathの原法では353ヶ所の測定が必要であるが、後継研究により10カ所での利用が最も予測が精密になることが示されており、本計画で は後継研究で報告されたCpG部位を利用する。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
TTCサンプルにおけるPRS解析に向けて、当初の予定通り1000検体を超えるサンプルをジャポニカアレイNEOによるSNP解析を行った。更にSNP解析データは東北大学メディカル・メガバンクで全ゲノムインピュテーションを行い、約1000検体については解析が完了している。pn TTCサンプル３００検体のWGSを用いたPRS解析も終了している。DNAメチル化測定についても予定通り進行中である。
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| Strategy for Future Research Activity |
TTCのサブセットであるpn-TTC(Population Neuroscience TTC:pn-TTC)では、300検体を対象とし、第1期:11歳、第2期:13歳、第3期:15歳と縦断的に生体情報が取得されている。 DNAメチル化解析は、その中で3時点データが得られる１５０検体について合計450検体で行う。DNAメチル化解析対象領域として、1)精神疾患感受性CpG部位、および、 2)epigenetic ageなどのバイオマーカー候補CpG部位の解析を行う。精神疾患感受性CpG部位として、申請者らがこれまで同定してきた精神疾患で頑健な変動を認 めたCpG部位(約10ヶ所)、および国外の網羅的メチル化解析で同定されたCpG部位のうち、論文内で独立した手法によるvalidationが行われているか、他グループ による再現報告があるCpG部位(約20ヶ所)を対象とする。また、バイオマーカー候補部位として、年齢、死亡率、テロメア長、生活習慣を 評価するCpGの計測を 行う。年齢についてはHorvathの原法では353ヶ所の測定が必要であるが、後継研究により10カ所での利用が最も予測が精密になることが示されており、本計画で は後継研究で報告されたCpG部位を利用する。1)および2)で合計して40ヶ所を目途にDNAメ チル化測定を行う。
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| Causes of Carryover |
コロナ感染症の流行に伴い、学会活動などが制限された為、次年度使用額が生じた。
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