TTF-1の網羅的エピゲノム解析に基づくEGFR-TKI耐性獲得機序の解明

2021 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 21K16112
• Research Institution: Niigata University
• Principal Investigator: 穂苅 諭 新潟大学, 医歯学総合病院, 特任助教 (00771213)
• Project Period (FY): 2021-04-01 – 2024-03-31
• Keywords: TTF-1 / KRAS変異 / EGFR変異 / 肺腺癌 / 上皮間葉転換

Outline of Annual Research Achievements

CCLE(Cancer Cell Line Encyclopedia)で公開されているRNAシークエンスによる細胞株遺伝子発現データにおいて、KRAS変異肺腺癌細胞とEGFR変異肺腺癌細胞それぞれについて、TTF-1高発現の細胞と低発現の細胞で発現に差のある遺伝子に注目して解析を行った。
Gene Ontology解析によりKRAS変異肺腺癌細胞においてTTF-1は上皮の発達に関与しているということが示唆される結果が出た。一方、EGFR変異肺腺癌細胞においてTTF-1はサイトカインを介したシグナル経路に関与しているということが示された。GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)を用いた遺伝子解析においても、同様にKRAS変異肺腺癌細胞では上皮系、EGFR変異腺癌細胞では免疫系の反応に関与することが示された。
KRAS変異肺腺癌細胞株であるH441細胞(TTF-1高発現)及びA549細胞(TTF-1低発現)を用いた実験では、TTF-1の存在下でTGF-βによる上皮間葉転換の誘導が抑制されることが分かった。一方、EGFR変異肺腺癌細胞株であるH1975(TTF-1高発現)及びPC-9(TTF-1低発現)を用いた実験では、TTF-1はTGF-βによる上皮間葉転換を抑制する機能はないことが分かった。
さらに、TTF-1導入株を用いた実験では、A549細胞(KRAS変異)においてTGF-βによる上皮間葉転換誘導が抑制され、PC-9(EGFR変異)において同様の抑制はみられなかった。
今後、TTF-1抗体を用いたクロマチン免疫沈降シークエンスやTTF-1ノックダウン細胞株のRNAシークエンスの解析を進め、TTF-1の制御遺伝子を同定して各種細胞間で比較検討する予定である。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

ドライバー遺伝子変異のコンテクストに基づいたTTF-1の機能的解析を進めるとともに、TTF-1抗体を用いたクロマチン免疫沈降シークエンスの解析準備を行っている。

Strategy for Future Research Activity

EGFR変異株におけるTTF-1抗体を用いたクロマチン免疫沈降シークエンスおよびTTF-1ノックダウン株におけるRNAシークエンスのデータと取得しており、KRAS変異細胞や小細胞肺癌細胞との比較等の解析を進めていく。

Causes of Carryover

他の共同機器設備を使用することで解析用デスクトップパソコンの購入が不要となったため、次年度使用額が生じた。

Research Products

• [Journal Article] Prognostic significance of procalcitonin in small cell lung cancer (2022)
  • Author(s): Ichikawa K, Watanabe S, Miura S, Ohtsubo A, Shoji S, Nozaki K, Tanaka T, Saida Y, Kondo R, Hokari S, Aoki N, Ohshima Y, Koya T, Kikuchi T.
  • Journal Title: Translational Lung Cancer Research Volume: 11 Pages: 43～52
  • DOI: 10.21037/tlcr-21-838
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Subsequent systemic therapy for non-small cell lung cancer patients with immune checkpoint inhibitor-related interstitial lung disease (2021)
  • Author(s): Sato Y, Watanabe S, Ota T, Kushiro K, Fujisaki T, Takahashi M, Ohtsubo A, Shoji S, Nozaki K, Ichikawa K, Hokari S, Kondo R, Hayashi M, Ishikawa H, Miyabayashi T, Abe T, Miura S, Tanaka H, Okajima M, Terada M, Ishida T, Iwashima A, Sato K, Yoshizawa H, Aoki N, Ohshima Y, Koya T, Kikuchi T.
  • Journal Title: Translational Lung Cancer Research Volume: 10 Pages: 3132～3143
  • DOI: 10.21037/tlcr-21-198
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] The Prognostic Significance of the Continuous Administration of Anti-PD-1 Antibody via Continuation or Rechallenge After the Occurrence of Immune-Related Adverse Events (2021)
  • Author(s): Fujisaki T, Watanabe S, Ota T, Kushiro K, Sato Y, Takahashi M, Ohtsubo A, Shoji S, Nozaki K, Ichikawa K, Hokari S, Kondo R, Miyabayashi T, Abe T, Miura S, Tanaka H, Okajima M, Terada M, Matsumoto N, Ishida T, Iwashima A, Sato K, Yoshizawa H, Aoki N, Hayashi M, Ohshima Y, Koya T, Kikuchi T.
  • Journal Title: Frontiers in Oncology Volume: 11 Pages: 704475
  • DOI: 10.3389/fonc.2021.704475
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Presentation] ニンテダニブはMDSCを抑制することでPD-1阻害剤の抗腫瘍効果を増強する (2021)
  • Author(s): 鈴木 遼, 渡部 聡, 有田 将史, 関谷 友樹, 安部 悠子, 佐藤 美由紀, 高橋 美帆, 大坪 亜矢, 庄子 聡, 野嵜 幸一郎, 市川 紘将, 穂苅 諭, 近藤 利恵, 大嶋 康義, 小屋 俊之, 菊地 利明
  • Organizer: 第80回日本癌学会学術集会