2022 Fiscal Year Annual Research Report
新規迅速高感度遺伝子変異検出法による遺伝子変異微量含有検体の有用性の確立
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21K16121
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| Research Institution | Jichi Medical University |
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Principal Investigator |
藤田 一喬 自治医科大学, 医学部, 講師 (20887848)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2023-03-31
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| Keywords | 迅速高感度PCR法 / NGS法 / 血漿cfDNA / 肺癌 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
2022年4月以降，PNA-LNA dual PCR法（PLDP法）でのDriver mutationの確認依頼があり，14症例より細胞検体／血漿cfDNAを用いて検索を行った。4症例よりEGFR Exon19 deletion (Ex19_del)，1例よりEGFR Exon21 L858R (L858R)の検出があった。血漿cfDNAからは，4症例中2症例からEx19_delの検出を認めた（L858Rは，cfDNAからは検出なし）。
血漿cfDNAを用いたPLDP法とMINtS法（Mutation Investigator using the Next-era Sequencer: MINtS）の比較では，Ex19_delでは，PLDP法での検出のあった8症例中8症例においてMINtS法で検出され，L858Rでは5症例中3症例（1症例では検出感度以下での検出），KRAS G12Cでは2症例中1症例で検出された。MINtS法は検出限界アレル頻度は0.5％であるので，PLDP法はMINtS法より高い検出感度を確認した。ただし，PLDP法は特定のDNA領域遺伝子変異を対象とし高感度化した手法であり，MINtS法はDNA/RNA領域の多遺伝子変異を包括的に検出する手法であるので，厳密には検査目的が異なり，また，この差は一連の設計・スキームから推測される範囲である。
また，細胞検体から抽出した核酸と，PLDP法の1st amplicon（PNAにより変異のない遺伝子の増幅が抑制され，変異のある遺伝子変異のみ増幅されたPCR産物）を精製したものを，NGS-C法で解析した比較を，前回に続き37症例においておこなった。もともとのDNAの鋳型に数%，または，より微小の遺伝子変異しか含まれない場合は，PLDP法でもwild typeの増幅の抑制や遺伝子変異の増幅が弱いことが示唆された。
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Research Products
(2 results)
