2022 Fiscal Year Annual Research Report
病期に着目したびまん性大細胞型B細胞リンパ腫の分子病態研究
Project/Area Number |
21K16262
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Research Institution | University of Tsukuba |
Principal Investigator |
末原 泰人 筑波大学, 附属病院, 病院講師 (90844811)
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Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2023-03-31
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Keywords | びまん性大細胞型B細胞リンパ腫 / RNAシーケンス解析 / 全エクソームシーケンス解析 |
Outline of Annual Research Achievements |
びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(Diffuse large B-cell lymphoma: DLBCL)において、病期は確立した予後規定因子である。病期を一つの表現型と捉えた際に、限局期あるいは進行期となりやすい分子基盤の存在は十分に検討されていない。限局期DLBCLに特徴的なSignature(仮にLimited-stage signature, LSとする)を探求し、LSの有無と予後の違い、既知のゲノム異常サブタイプとの対応について検討する目的で研究を実施した。 European-Genome Phenome Archive (EGA)のデータ管理者であるDave博士に連絡をとり、データの研究利用申請を行い、EGAS00001002606から1000の全エクソームシーケンス解析(WES)データ、775のRNAシーケンス解析(RNA-seq)データをスーパーコンピュータ(Shirokane)へダウンロードした。WESデータはGenomonパイプラインにより一塩基置換、挿入/欠失、構造異常のバリアントコールを行った。また、RNA-seqデータについてはtrimmomaticによりアダプタートリミングし、fastqcでクオリティ評価を行った。STARでmapping、featureCountsでリードカウントを行った。解析パイプラインは確立しているが、解析作業が途上である。また、CIBERSORTxは機械学習アルゴリズムによりbulk RNA seqデータから浸潤免疫細胞をプロファイルすることができるが、CIBERSORTxにより22の免疫細胞の細胞割合を推定する手法を他のデータで確認した。
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[Journal Article] Cardiac Tamponade as a Recurrence of Angioimmunoblastic T-Cell Lymphoma with the Detection of a p.Gly17Val RHOA Mutation in the Pericardial Effusion2023
Author(s)
Tsuboi Y, Sakamoto T, Makishima K, Suehara Y, Hattori K, Kurita N, Yokoyama Y, Kato T, Nishikii H, Obara N, Matsumura F, Matsuoka R, Chiba S, Sakata-Yanagimoto M
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Journal Title
Internal Medicine
Volume: 62
Pages: 595~600
DOI
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[Journal Article] Clonal germinal center B cells function as a niche for?T-cell lymphoma2022
Author(s)
Fujisawa M, Nguyen TB, Abe Y, Suehara Y, Fukumoto K, Suma S, Makishima K, Kaneko C, Nguyen YTM, Usuki K, Narita K, Matsue K, Nakamura N, Ishikawa S, Miura F, Ito T, Suzuki A, Suzuki Y, Mizuno S, Takahashi S, Chiba S, Sakata-Yanagimoto M
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Journal Title
Blood
Volume: 140
Pages: 1937~1950
DOI
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[Presentation] Genetic subtypes of angioimmunoblastic T-cell lymphoma are associated with distinct outcomes2022
Author(s)
Suehara Y, Sakamoto K, Fujisawa M, Fukumoto K, Abe Y, Makishima K, Suma S, Sakamoto T, Hattori K, Maruyama Y, Kato T, Kurita N, Yokoyama Y, Nishikii H, Obara N, Sugio T, Kato K, Akashi K, Matsue K, Narita K, Takeuchi K, Nakamura N, Chiba K, Shiraishi Y, Miyano S, Ogawa S, Chiba S, Sakata-Yanagimoto M
Organizer
第84回日本血液学会学術集会