病期に着目したびまん性大細胞型B細胞リンパ腫の分子病態研究

2022 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 21K16262
• Research Institution: University of Tsukuba
• Principal Investigator: 末原 泰人 筑波大学, 附属病院, 病院講師 (90844811)
• Project Period (FY): 2021-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: びまん性大細胞型B細胞リンパ腫 / RNAシーケンス解析 / 全エクソームシーケンス解析

Outline of Annual Research Achievements

びまん性大細胞型B細胞リンパ腫（Diffuse large B-cell lymphoma: DLBCL）において、病期は確立した予後規定因子である。病期を一つの表現型と捉えた際に、限局期あるいは進行期となりやすい分子基盤の存在は十分に検討されていない。限局期DLBCLに特徴的なSignature（仮にLimited-stage signature, LSとする）を探求し、LSの有無と予後の違い、既知のゲノム異常サブタイプとの対応について検討する目的で研究を実施した。
European-Genome Phenome Archive (EGA)のデータ管理者であるDave博士に連絡をとり、データの研究利用申請を行い、EGAS00001002606から1000の全エクソームシーケンス解析（WES）データ、775のRNAシーケンス解析（RNA-seq）データをスーパーコンピュータ（Shirokane）へダウンロードした。WESデータはGenomonパイプラインにより一塩基置換、挿入/欠失、構造異常のバリアントコールを行った。また、RNA-seqデータについてはtrimmomaticによりアダプタートリミングし、fastqcでクオリティ評価を行った。STARでmapping、featureCountsでリードカウントを行った。解析パイプラインは確立しているが、解析作業が途上である。また、CIBERSORTxは機械学習アルゴリズムによりbulk RNA seqデータから浸潤免疫細胞をプロファイルすることができるが、CIBERSORTxにより22の免疫細胞の細胞割合を推定する手法を他のデータで確認した。

Research Products

• [Journal Article] 高度な骨髄線維化を認めたリンパ形質細胞性リンパ腫 (2023)
  • Author(s): 宝田 亜矢子、横山 泰久、錦井 秀和、丸山 ゆみ子、小原 直、千葉 滋、坂田（柳元） 麻実子、百瀬 春佳、栗田 尚樹、松岡 亮太、中村 直哉、坂本 竜弘、加藤 貴康、服部 圭一朗、末原 泰人
  • Journal Title: 臨床血液 Volume: 64 Pages: 54～59
  • DOI: 10.11406/rinketsu.64.54
• [Journal Article] 免疫抑制療法後に<i>ASXL1</i>変異クローンで造血が回復した重症再生不良性貧血 (2023)
  • Author(s): 清水 百萌、服部 圭一朗、丸山 ゆみ子、南谷 泰仁、小川 誠司、坂田（柳元） 麻実子、千葉 滋、小原 直、錦井 秀和、飯塚 正、松岡 亮太、栗田 尚樹、坂本 竜弘、横山 泰久、加藤 貴康、末原 泰人
  • Journal Title: 臨床血液 Volume: 64 Pages: 49～53
  • DOI: 10.11406/rinketsu.64.49
• [Journal Article] Clonal heamatopoiesis and associated cardiovascular diseases (2023)
  • Author(s): Tajiri Kazuko、Suehara Yasuhito、Suzuki Toshio、Sekine Ikuo
  • Journal Title: Japanese Journal of Clinical Oncology Volume: 53 Pages: 187～194
  • DOI: 10.1093/jjco/hyac210
• [Journal Article] Cardiac Tamponade as a Recurrence of Angioimmunoblastic T-Cell Lymphoma with the Detection of a p.Gly17Val RHOA Mutation in the Pericardial Effusion (2023)
  • Author(s): Tsuboi Y, Sakamoto T, Makishima K, Suehara Y, Hattori K, Kurita N, Yokoyama Y, Kato T, Nishikii H, Obara N, Matsumura F, Matsuoka R, Chiba S, Sakata-Yanagimoto M
  • Journal Title: Internal Medicine Volume: 62 Pages: 595～600
  • DOI: 10.2169/internalmedicine.9248-22
• [Journal Article] <i>NUP98::DDX10</i>融合遺伝子を有した急性骨髄性白血病 (2022)
  • Author(s): 栗田 尚樹、坪井 宥璃、小原 直、錦井 秀和、坂田（柳元） 麻実子、千葉 滋、加藤 貴康、南木 融、丸山 ゆみ子、末原 泰人、服部 圭一朗、坂本 竜弘、横山 泰久、吉田 近思
  • Journal Title: 臨床血液 Volume: 63 Pages: 1397～1401
  • DOI: 10.11406/rinketsu.63.1397
• [Journal Article] Triple-negative Thrombocythemia and Subsequent Acute Lymphoblastic Leukemia with Additional Somatic Mutations (2022)
  • Author(s): Tsuboi Yuri、Sakamoto Tatsuhiro、Makishima Kenichi、Suehara Yasuhito、Hattori Keiichiro、Kurita Naoki、Yokoyama Yasuhisa、Kato Takayasu、Nishikii Hidekazu、Obara Naoshi、Matsumura Fumiaki、Matsuoka Ryota、Chiba Shigeru、Sakata-Yanagimoto Mamiko
  • Journal Title: Internal Medicine Volume: - Pages: 1&#12316;5
  • DOI: 10.2169/internalmedicine.0269-22
• [Journal Article] Clonal germinal center B cells function as a niche for?T-cell lymphoma (2022)
  • Author(s): Fujisawa M, Nguyen TB, Abe Y, Suehara Y, Fukumoto K, Suma S, Makishima K, Kaneko C, Nguyen YTM, Usuki K, Narita K, Matsue K, Nakamura N, Ishikawa S, Miura F, Ito T, Suzuki A, Suzuki Y, Mizuno S, Takahashi S, Chiba S, Sakata-Yanagimoto M
  • Journal Title: Blood Volume: 140 Pages: 1937～1950
  • DOI: 10.1182/blood.2022015451
• [Journal Article] 末梢性T細胞リンパ腫の病態と治療の進歩 (2022)
  • Author(s): 坂田（柳元） 麻実子、末原 泰人
  • Journal Title: 臨床血液 Volume: 63 Pages: 626～634
  • DOI: 10.11406/rinketsu.63.626
• [Journal Article] A case of NASH with genetic predisposition successfully treated with an SGLT2 inhibitor: a possible involvement of mitochondrial dysfunction (2022)
  • Author(s): Nakajima R, Sekiya M, Furuta Y, Miyamoto T, Sato M, Fukuda K, Hattori K, Suehara Y, et.al.
  • Journal Title: Endocrinology, Diabetes &amp; Metabolism Case Reports Volume: 2022 Pages: 1&#12316;7
  • DOI: 10.1530/EDM-22-0368
• [Presentation] Genetic subtypes of angioimmunoblastic T-cell lymphoma are associated with distinct outcomes (2022)
  • Author(s): Suehara Y, Sakamoto K, Fujisawa M, Fukumoto K, Abe Y, Makishima K, Suma S, Sakamoto T, Hattori K, Maruyama Y, Kato T, Kurita N, Yokoyama Y, Nishikii H, Obara N, Sugio T, Kato K, Akashi K, Matsue K, Narita K, Takeuchi K, Nakamura N, Chiba K, Shiraishi Y, Miyano S, Ogawa S, Chiba S, Sakata-Yanagimoto M
  • Organizer: 第84回日本血液学会学術集会