2022 Fiscal Year Research-status Report
網羅的遺伝子解析を用いた強皮症特異的単球master regulatorの同定
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21K16310
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| Research Institution | Nippon Medical School |
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Principal Investigator |
井関 ゆう子 日本医科大学, 医学部, 講師 (50723045)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | 全身性強皮症 / マクロファージ / 網羅的遺伝子解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
全身性強皮症（SSc）は血管内皮障害および線維化を特徴とする疾患である。単球・マクロファージがその病態に重要な役割を果たしていることは知られているが、SSc特異的単球・マクロファージの同定には至っていない。本研究は、in vitroで分化誘導したマクロファージの網羅的遺伝子解析から、異なる誘導因子によるマクロファージ分化誘導のmaster regulatorを同定し、それらを元にmaster regulator抽出アルゴリズムを構築する。構築したアルゴリズムを用いてSSc単球RNA-seq及び末梢血単核球single cell RNA-seqデータを解析し、SSc特異的単球・マクロファージにおけるmaster regulatorを同定することを目的としている。
今年度は、種々マクロファージの誘導コンディションの最適条件の調整を行った。末梢血単核球を密度勾配法にて抽出し、magnetic beadsでCD14+単球を単離し、CSF-1、IL-13/IL-4など各種成長因子、サイトカイン、ケモカイン添加のもと培養し、total RNAを抽出する。この過程において、誘導因子の濃度変化や培養時間の調整により、cell viability等を検討し、最適な誘導条件を設定した。さらに、健常人と全身性強皮症患者における単球・マクロファージ分画を含めた免疫担当細胞の免疫フォノタイプについてマルチカラーフローサイトメトリーにて比較を行い、M1、M2単球での相違が認められた。さらに、既報を参考に、発現変動遺伝子の抽出、pathway解析、データの統合といったRNA-seqおよびscRNA-seqデータの解析手法を習得した。
今後は、種々因子により誘導したマクロファージの網羅的遺伝子解析を行い、master regulatorの同定を行いたいと考えている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
4: Progress in research has been delayed.
Reason
新型コロナウィルス感染症蔓延により医療体制が逼迫し、新型コロナウィルス感染症診療に従事する必要性が生じたこと、成長因子やサイトカインといった海外からの研究試薬や細胞培養製品の納入に遅れが生じたこと、受託業者の受入制限などから実験の遂行に制限が生じたため。
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| Strategy for Future Research Activity |
分化誘導方法の異なるマクロファージにおける発現遺伝子プロファイルを網羅的に解析し、各誘導コンディションにおけるmaster regulatorを同定する。
その後、全身性強皮症単球RNA-seq及び末梢血単核球single cell RNA-seqにおける単球分画のデータを詳細解析し、全身性強皮症特異的単球・マクロファージの探索を行う。
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| Causes of Carryover |
新型コロナウィルス感染症の蔓延に伴い、研究用試薬や細胞培養関連製品等の納入遅延が生じ、また受託についても受入制限が生じ、実験の遂行が制限されたため、当初予定していた実験ができず次年度使用額が生じた。この資金で残りの研究計画を遂行する予定である。
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