エンハンサー解析手法を用いた膵胆管合流異常での発癌メカニズムの解明

2021 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 21K16481
• Research Institution: Yokohama City University
• Principal Investigator: 本間 祐樹 横浜市立大学, 医学部, 講師 (60567618)
• Project Period (FY): 2021-04-01 – 2023-03-31
• Keywords: 胆嚢癌 / エンハンサー解析 / CAGE法

Outline of Annual Research Achievements

研究の目的は膵胆管合流異常症から胆嚢癌の発癌メカニズムを明らかにすることである。
このメカニズムを解明するにエンハンサー部をCAGE法を用いて解析する。
横浜市立大学で採取された手術検体は臨床情報と紐づいた臨床検体（癌部と、その隣接する非癌部）を確保、RNAを抽出し、RNAシークエンスおよびＣＡＧＥ法にて解析を行う胆嚢癌に関しては癌部と正常粘膜部の解析を行い、その他の癌腫の検体も比較するために行う。具体的な内訳としては、食道癌（6症例、11サンプル）、胃癌（30症例、57サンプル）、肝臓癌（27症例、51サンプル）、胆嚢癌（22症例、39サンプル）、膵臓癌（33症例、55サンプル）、大腸癌（68症例、129サンプル）であり、癌186サンプル、隣接した正常部位156サンプルで合計186症例342サンプルである。これらのサンプルを全てRNA抽出を行なった。臓器や保存時期によるばらつきはあるものの、RIN値による評価では概ね今後の実験で使用できると予想される品質が得られた。RNA抽出を終えたサンプルで、CAGEで使用するサンプルは、癌部148サンプル、非癌部118サンプル、合計で266サンプルとなった。また、RNA-seqでは質の高いサンプルが必要であるため、使用するサンプルは、癌部35サンプル、非癌部19サンプル、合計54サンプルでした。
これらのサンプルを使用して、今後CAGE、RNA-seqを行う予定である。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

胆嚢癌に関しては癌部と正常粘膜部の解析を行い、その他の癌腫の検体も比較するために行う。具体的な内訳としては、食道癌（6症例、11サンプル）、胃癌（30症例、57サンプル）、肝臓癌（27症例、51サンプル）、胆嚢癌（22症例、39サンプル）、膵臓癌（33症例、55サンプル）、大腸癌（68症例、129サンプル）であり、癌186サンプル、隣接した正常部位156サンプルで合計186症例342サンプルである。
これらのサンプルを全てRNA抽出を行なった。臓器や保存時期によるばらつきはあるものの、RIN値による評価では概ね今後の実験で使用できると予想される品質が得られた。

Strategy for Future Research Activity

RNA抽出を終えたサンプルで、CAGEで使用するサンプルは、癌部148サンプル、非癌部118サンプル、合計で266サンプルとなった。また、RNA-seqでは質の高いサンプルが必要であるため、使用するサンプルは、癌部35サンプル、非癌部19サンプル、合計54サンプルでした。
これらのサンプルを使用して、今後CAGE、RNA-seqを行う予定である。