2022 Fiscal Year Research-status Report
脳動脈瘤感受性遺伝子ANGPTL6のレア・バリアント関連解析
Project/Area Number |
21K16617
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Research Institution | Tokyo Women's Medical University |
Principal Investigator |
大渕 英徳 東京女子医科大学, 医学部, 講師 (30532692)
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Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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Keywords | 脳動脈瘤 / ANGPTL6遺伝子 / レアバリアント / くも膜下出血 |
Outline of Annual Research Achievements |
脳動脈瘤の候補遺伝子ANGPTL6について、患者および対照サンプルでシーケンシング解析を実施し、同遺伝子の機能的レアバリアントと脳動脈瘤発生との関連を検証している。近年、海外の他の研究グループでもこのANGPTL6と家族性脳動脈瘤との関連が検証され(Hostettler IC,et al. Neurology. 2021)、有望な感受性遺伝子として注目されている。脳動脈瘤患者サンプル639例(クモ膜下出血407例、未破裂232例)でのシーケンシングを完了させることを目標に実験を進めている。一般人口でのアリル頻度が1%未満で、種々の遺伝子変異機能予測プログラムにより機能障害性と判定されるレアバリアントが、特にクモ膜下出血症例を中心に複数例で検出されている。シーケンシングと並行して、検出されたレアバリアントについては、培養細胞を用いた機能解析が行えるよう体制を整えている。ミスセンスバリアントについては、HiBit法による蛋白発現解析が行えるよう整備が完了した。開始コドン直上のコサック配列からも新規レアバリアントが検出されていて、レポーター遺伝子アッセイによる発現解析が行えるよう準備を進めているところである。対照サンプルのシーケンシングデータについては、1000人ゲノムプロジェクトで公開されている日本人104人のデータに加え、本学で実施された多数の全エクソームデータをインハウス対照として利用できる体制を整えた。現時点でおよそ170例の全エクソームデータを対照データとして使用できることとなった。レアバリアント関連解析を実施し脳動脈瘤発生との関連を統計学的に検証する。
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Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
遺伝子発現調節領域のシーケンシング解析と、検出変異のレポーター遺伝子アッセイの条件検討に時間を要した。GC含有が多いなど配列の特性が影響し難渋した。
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Strategy for Future Research Activity |
シーケンシング解析の残りを完了させる。検出された非同義レアバリアントについては、HiBitアッセイ用のプラスミドに変異導入しており、複数の細胞種で蛋白発現変化の再現性を確認する。遺伝子発現調節部位のレアバリアントについては、深海エビルシフェラーゼNanoLucによるレポーター遺伝子アッセイを行い、遺伝子発現への影響を検討する。
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Causes of Carryover |
遺伝子発現調節部位や第1エクソンのシーケンシング解析が、GC含有などの配列特性により難航した。同部位で検出されたレアバリアントのレポーターアッセイについても、周辺の遺伝子配列特性などに起因して、条件検討に時間を要してしまった。アッセイ条件が整ったので、計画に則りシーケンス解析と変異機能解析を実施し論文作成を行う。
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