2023 Fiscal Year Annual Research Report
The establishment of the Prime Editing database for personalized genetic medicine
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21K17855
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| Research Institution | Hiroshima University |
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Principal Investigator |
中前 和恭 広島大学, ゲノム編集イノベーションセンター, 共同研究講座助教 (00882995)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | ゲノム編集 / Prime Editing / オフターゲット / RNAシーケンシング / ナノポアシーケシング |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、計算予測からPrime Editingによる治療可能性が高い病原変異をゲノムワイドにプロファイリングし、その成果をデータベースとして公開し、なおかつナノポアシーケンスによるユニークな変異シーケンス情報を考慮することが可能な個別シーケンスシステムの構築とその実証を目的としている。
2023年度は、2021年度に行ったオンターゲット領域のナノポアシーケンス解析系の検討と2022年度に行ったデータベース構築に伴う各種プログラムの構築を踏まえて、オフターゲット領域の個別シーケンスに向けたより発展的なパイプラインを構築した。
オフターゲット領域の個別シーケンスとして、RNAシーケンシングデータからパーソナルゲノムで生じるオフターゲットとその表現型への影響力を予測するパイプライン『DANGER analysis』を構築した。これにより全ゲノムシーケンシングを実施することなく、簡易的に患者ゲノム内のオフターゲットをゲノムワイドにプロファイリングすることができるようになった。Prime Editingにおいては、PE4やPE5といった次世代型のPrime Editingツールでの検討やABEといったBase Editingなどの類似ツールでの検討も実施した。
上記の変異プロファイリングシステム系やPrime Editing/Base Editing編集技術、また前年度検討したゲノム検索システム系や活性予測システム系の成果を組み合わせたWebデータベースツール『PrimeMe Designer』を構築するために『https://www.primeme-designer.com』上でウェブシステムの公開準備を進めた。
準備が完了次第、利用者は個別シーケンス情報から安全なPrime Editingおよびその他ゲノム編集ツールの設計情報をシームレスに得ることができると期待される。
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| Remarks |
『PrimeMe Designer』（https://www.primeme-designer.com）については公開に向けて準備を進めており、現状は準備ページのみ閲覧可能となっている。
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