Data-driven approach to identify prognostic determinants and therapeutic targets for lung cancer

2021 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 21K17856
• Research Institution: Tokyo Medical and Dental University
• Principal Investigator: 清水 秀幸 東京医科歯科大学, M&Dデータ科学センター, 教授 (70826263)
• Project Period (FY): 2021-03-01 – 2023-03-31
• Keywords: 肺がん / 層別化

Outline of Annual Research Achievements

様々な文献より肺がんデータセットをダウンロードし、独自に開発したパイプラインによりデータの整形、および臨床データと遺伝子発現等の各モダリティデータの紐付けを行った。また、機械学習および深層学習を行うための計算リソースを整備した。これらの準備を踏まえて2022年度に本解析を行う予定である。

Current Status of Research Progress

4: Progress in research has been delayed.

Reason

研究計画は2021年度の初頭からのものであったが、申請者の海外留学により研究計画を留保し、2022 年2月に帰国後に本格的に本課題に取り組み始めた。そのため10ヶ月分遅れが生じている。

Strategy for Future Research Activity

2021年度内にデータの収集・前処理、そして計算資源の確保等の本課題に取り組むための下準備を完了したため、2022年度はこれらを用いて本格的な解析を行う。機械学習によりバイオマーカー遺伝子を探索していきたい。

Causes of Carryover

本年度の大部分はアメリカ留学中にあり本課題は留保状態だった。研究に打ち込んだ期間は実質1ヶ月しかなかったこと、および新規研究室立ち上げに伴い所属機関からの支援金があったことが理由として挙げられる。若手研究は基金であり次年度繰越が可能である。2022年度に行う本格的な研究フェーズで助成金を使用する予定である。

Research Products

• [Journal Article] Kastor and Polluks polypeptides encoded by a single gene locus cooperatively regulate VDAC and spermatogenesis (2022)
  • Author(s): Mise S, Matsumoto A, Shimada K, Hosaka T, Takahashi M, Ichihara K, Shimizu H, Shiraishi C, Saito D, Suyama M, Yasuda T, Ide T, Izumi Y, Bamba T, Kimura-Someya T, Shirouzu T, Miyata H, Ikawa M, Nakayama KI
  • Journal Title: Nature Communications Volume: 13 Pages: 1071
  • DOI: 10.1038/s41467-022-28677-y
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Combinatorial analysis of translation dynamics reveals eIF2 dependence of translation initiation at near-cognate codons (2021)
  • Author(s): Ichihara K, Matsumoto A, Nishida H, Kito Y, Shimizu H, Shichino Y, Iwasaki S, Imami K, Ishihama Y, Nakayama KI
  • Journal Title: Nucleic Acids Research Volume: 49 Pages: 7298-7317
  • DOI: 10.1093/nar/gkab549
  • Peer Reviewed