• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2022 Fiscal Year Research-status Report

腸内細菌による薬物代謝活性化の分子基盤の解明

Research Project

Project/Area Number 21K18246
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

阿部 郁朗  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 教授 (40305496)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 森 貴裕  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 助教 (60734564)
Project Period (FY) 2021-07-09 – 2024-03-31
Keywords腸内細菌 / 薬物代謝酵素活性化 / 立体構造基盤 / プロドラッグ
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、ヒト腸内細菌による天然薬物プロドラッグの代謝活性化機構を取り上げた。近年のメタゲノム、メタボローム解析技術の進歩と相まって、マイクロバイオーム研究の進展は目覚ましいものがある。本研究では、ヒト腸内細菌メタゲノムライブラリーのスクリーニングにより、還元的なC-C 結合開裂により、アンスロン二量体から単量体への変換を触媒する酵素を同定し、基質特異性など、酵素の精密機能解析により、その性状と反応機構を明らかにし分子基盤を解明することを目的とした。また、漢薬葛根の有効成分イソフラボンC-配糖体のC-C 結合の開裂については、ヒト腸内嫌気性菌PUE株のDgpB-C複合体によって触媒されることが報告されている。これまでに我々は、この酵素複合体の結晶構造解析を行い、その結果、C-配糖体のC-C 結合開裂反応のメカニズムとその立体構造基盤を解明することに成功し、研究成果をNature Communications誌に印刷公表した。昨年度より、上記メタゲノムライブラリーより、これらホモログ酵素のスクリーニングを行い、その性状を明らかにすべく、生体触媒としての検討に取り組んでいる。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

これまでに我々は、この酵素複合体の結晶構造解析を行い、その結果、C-配糖体のC-C 結合開裂反応のメカニズムとその立体構造基盤を解明することに成功し、研究成果をNature Communications誌に印刷公表した。昨年度より、上記メタゲノムライブラリーより、これらホモログ酵素のスクリーニングを行い、その性状を明らかにすべく、生体触媒としての検討に取り組んでいる。

Strategy for Future Research Activity

昨年度に引き続き、漢薬大黄の有効成分アンスロン二量体から単量体への変換酵素については、ヒト糞便より腸内細菌メタゲノムを採集し、DNAライブラリーを構築する。これを、常法に従い、大腸菌を宿主として異種発現し、sennidin A を基質として、還元的なC-C 結合開裂により、アンスロン二量体から単量体への変換触媒活性を指標として、スクリーニングを行い、酵素遺伝子を同定する。関連する腸内細菌の代謝産物と生合成酵素についても検討する。

Causes of Carryover

新型コロナウイルス感染症拡大が本年も終息することなく、入国制限によりポスドクや留学生の来日が困難になり来年度にずれこんだ。結果として研究の進捗が遅れ、試薬・ガラス器具などの購入に充てる物品費、また、研究成果発表を予定していた国際学会が延期になったため旅費、など次年度に繰り越した。

  • Research Products

    (15 results)

All 2023 2022 Other

All Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 9 results,  Open Access: 5 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 5 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Noncanonical Functions of Enzyme Cofactors as Building Blocks in Natural Product Biosynthesis2022

    • Author(s)
      Barra Lena、Awakawa Takayoshi、Abe Ikuro
    • Journal Title

      JACS Au

      Volume: 2 Pages: 1950~1963

    • DOI

      10.1021/jacsau.2c00391

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Discovery of non-squalene triterpenes2022

    • Author(s)
      Tao Hui、Lauterbach Lukas、Bian Guangkai、Chen Rong、Hou Anwei、Mori Takahiro、Cheng Shu、Hu Ben、Lu Li、Mu Xin、Li Min、Adachi Naruhiko、Kawasaki Masato、Moriya Toshio、Senda Toshiya、Wang Xinghuan、Deng Zixin、Abe Ikuro、Dickschat Jeroen S.、Liu Tiangang
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 606 Pages: 414~419

    • DOI

      10.1038/s41586-022-04773-3

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Stereoselectivity and Substrate Specificity of the Fe(II)/α-Ketoglutarate-Dependent Oxygenase TqaL2022

    • Author(s)
      Tao Hui、Ushimaru Richiro、Awakawa Takayoshi、Mori Takahiro、Uchiyama Masanobu、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 144 Pages: 21512~21520

    • DOI

      10.1021/jacs.2c08116

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular insights into the unusually promiscuous and catalytically versatile Fe(II)/α-ketoglutarate-dependent oxygenase SptF2022

    • Author(s)
      Tao Hui、Mori Takahiro、Chen Heping、Lyu Shuang、Nonoyama Akihito、Lee Shoukou、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Pages: 13-13

    • DOI

      10.1038/s41467-021-27636-3

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Identification of a diarylpentanoid-producing polyketide synthase revealing an unusual biosynthetic pathway of 2-(2-phenylethyl)chromones in agarwood2022

    • Author(s)
      Wang Xiao-Hui、Gao Bo-Wen、Nakashima Yu、Mori Takahiro、Zhang Zhong-Xiu、Kodama Takeshi、Lee Yuan-E、Zhang Ze-Kun、Wong Chin-Piow、Liu Qian-Qian、Qi Bo-Wen、Wang Juan、Li Jun、Liu Xiao、Abe Ikuro、Morita Hiroyuki、Tu Peng-Fei、Shi She-Po
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Pages: 348-348

    • DOI

      10.1038/s41467-022-27971-z

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Characterization of Enzymes Catalyzing the Initial Steps of the β-Lactam Tabtoxin Biosynthesis2022

    • Author(s)
      Lyu Jiaqi、Ushimaru Richiro、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Organic Letters

      Volume: 24 Pages: 3337~3341

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.2c00878

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure-based redesign of Fe(<scp>ii</scp>)/2-oxoglutarate-dependent oxygenase AndA to catalyze spiro-ring formation2022

    • Author(s)
      Mori Takahiro、Nakashima Yu、Chen Heping、Hoshino Shotaro、Mitsuhashi Takaaki、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Chemical Communications

      Volume: 58 Pages: 5510~5513

    • DOI

      10.1039/D2CC00736C

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Rational Engineering of the Nonheme Iron- and 2-Oxoglutarate-Dependent Oxygenase SptF2022

    • Author(s)
      Mori Takahiro、Yu Ziheng、Tao Hui、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Organic Letters

      Volume: 24 Pages: 1737~1741

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.2c00409

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis for endoperoxide-forming oxygenases2022

    • Author(s)
      Mori Takahiro、Abe Ikuro
    • Journal Title

      Beilstein Journal of Organic Chemistry

      Volume: 18 Pages: 707~721

    • DOI

      10.3762/bjoc.18.71

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Unusual Enzyme Reactions in Natural Product Biosynthesis2023

    • Author(s)
      Ikuro Abe
    • Organizer
      4th International Conference on Natural Product Discovery and Development in the Genomic Era, San Diego, USA
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Unusual Enzyme Reactions in Natural Product Biosynthesis2023

    • Author(s)
      Ikuro Abe
    • Organizer
      PSJ-PSK Joint Symposium: Natural Products in Drug Discovery, the 143rd Annual Meeting of the Pharmaceutical Society of Japan, Sapporo, Japan
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Unusual Enzyme Reactions in Natural Product Biosynthesis2022

    • Author(s)
      Ikuro Abe
    • Organizer
      Gordon Research Conference, Natural Products and Bioactive Compounds, Proctor Academy, NH, USA
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Unusual Enzyme Reactions in Natural Product Biosynthesis2022

    • Author(s)
      Ikuro Abe
    • Organizer
      4th Lijiang International Forum on Pharmaceutical Sciences, Guiling (Online), China
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Unusual Enzyme Reactions in Natural Product Biosynthesis2022

    • Author(s)
      Ikuro Abe
    • Organizer
      Conference on Synthetic Biology Approaches and its Applications, Osaka (Online), Japan
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] 東京大学大学院薬学系研究科天然物化学教室

    • URL

      https://tennen.f.u-tokyo.ac.jp/head.htm

URL: 

Published: 2023-12-25  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi