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2021 Fiscal Year Research-status Report

Exploration of the modification of genomic higher-order structures in the cell nucleus by aggregation of chemically synthesized short nucleic acids

Research Project

Project/Area Number 21K19040
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

岡本 晃充  東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (60314233)

Project Period (FY) 2021-07-09 – 2023-03-31
Keywords核酸 / 転写因子 / 相分離 / ハイブリダイゼーション / マイクロRNA
Outline of Annual Research Achievements

化学合成短鎖核酸は細胞に入り込むと速やかに細胞核へ移動して、核内で蓄積する。蓄積した核酸が集合体を作る場合、その集合体が一定の濃度で結合タンパク質を呼び寄せることができれば、相分離を引き起こして液滴状顆粒を形成するかもしれない。本研究では、蛍光標識した化学合成短鎖核酸をHeLa細胞に取り込ませた。連続ハイブリダイゼーションによって集合体を形成する配列を持つ1対の化学合成短鎖核酸を細胞へ取り込ませた場合に、顆粒状に見える斑点が細胞質で観察された。その斑点の性質については精査中である。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初の計画通り、核酸によって細胞内相分離が観察された。この有望な成果は、次年度での相分離顆粒の物理学的性質の解明に向けた研究の進捗に期待をもつことができる。

Strategy for Future Research Activity

観察された斑点の「流動性」「粘度」「屈折率」を精査する。それらの局在は、ゲノム高次構造に大きな揺らぎを与えて、核膜内膜周縁部の物資輸送やゲノムのトポロジカル関連ドメインに改変が起こるかもしれないので、時空間的モニタリングを駆使して観察を進めたい。

  • Research Products

    (15 results)

All 2022 2021

All Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 6 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results)

  • [Journal Article] Silyl-Protected Propargyl Glycine for Multiple Labeling of Peptides by Chemoselective Silyl-Deprotection2021

    • Author(s)
      Kamo, N.; Hayashi, G.; Okamoto, A.
    • Journal Title

      Tetrahedron Lett.

      Volume: 73 Pages: 153093

    • DOI

      10.1016/j.tetlet.2021.153093

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Poly(A)+ Sensing of Hybridization-Sensitive Fluorescent Oligonucleotide Probe Characterized by Fluorescence Correlation Methods2021

    • Author(s)
      Paulson, B.; Shin, Y.; Okamoto, A.; Oh, Y.-M.; Kim, J. K.; Pack, C.-G.
    • Journal Title

      Int. J. Mol. Sci.

      Volume: 22 Pages: 6433

    • DOI

      10.3390/ijms22126433

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Base-Resolution Analysis of 5-Hydroxymethylcytidine by Selective Oxidation and Reverse Transcription Arrest2021

    • Author(s)
      Koyama, K.; Hayashi, G.; Ueda, H.; Ota, S.; Nagae, G.; Aburatani, H.; Okamoto, A.
    • Journal Title

      Org. Biomol. Chem.

      Volume: 19 Pages: 6478-6486

    • DOI

      10.1039/D1OB00995H

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Sterically Bulky Caging of Transferrin for Photoactivatable Intracellular Delivery2021

    • Author(s)
      Yamaguchi, S.; Takamori, S.; Yamamoto, K.; Ishiwatari, A.; Minamihata, K.; Yamada, E.; Okamoto, A.; Nagamune, T.
    • Journal Title

      Bioconjugate Chem.

      Volume: 32 Pages: 1535-1540

    • DOI

      10.1021/acs.bioconjchem.1c00159

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] anti-syn Unnatural Base Pair Enables Alphabet-Expanded DNA Self-Assembly2021

    • Author(s)
      Morihiro, K.; Moriyama, Y.; Nemoto, Y.; Osumi, H.; Okamoto, A.
    • Journal Title

      J. Am. Chem. Soc.

      Volume: 143 Pages: 14207-14217

    • DOI

      10.1021/jacs.1c05393

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Changes of C≡C Triple Bond Vibration that Disclosed Non-Canonical Cytosine Protonation in i-Motif-Forming Oligodeoxynucleotides2021

    • Author(s)
      Itaya, R.; Idei, W.; Nakamura, T.; Nishihara, T.; Kurihara, R.; Okamoto, A.; Tanabe, K.
    • Journal Title

      ACS Omega

      Volume: 6 Pages: 31595-31604

    • DOI

      10.1021/acsomega.1c04074

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 光応答性基板を用いた免疫細胞の細胞傷害性のシングルセル解析2022

    • Author(s)
      小阪 高広、山口 哲志、山平 真也、岡本 晃充
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会
  • [Presentation] Enzymatic branched ubiquitin chain formation on K63 homotypic chain with branched points defined by photo-induced stepwise poly-ubiquitin synthesis2022

    • Author(s)
      Phebee Angeline Devadasan Racheal、Takafumi Furuhata、Iori Murayama、Usano Toyoda、Akimitsu Okamoto
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会
  • [Presentation] Evaluation of nucleosome structure alteration and accessibility change caused by platinum-based antineoplastics2022

    • Author(s)
      Xuanyu LIAO、Takafumi Furuhata、Akimitsu Okamoto、Ikuma Arakaki
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会
  • [Presentation] 低分子リガンド-ユビキチンキメラを用いたタンパク質の間接的ユビキチン化法2022

    • Author(s)
      宇野 大輝、藤田 涼香、古畑 隆史、岡本 晃充
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会
  • [Presentation] 刺激分解性ビオチン化試薬を用いた細胞内タンパク質送達2022

    • Author(s)
      山本 一穂、山口 哲志、岡本 晃充
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会
  • [Presentation] 2-aminobenzamide誘導体によるチアゾリジン開環とone-potペプチド連結法への応用2022

    • Author(s)
      中津 幸輝、村上 裕、林 剛介、岡本 晃充
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会
  • [Presentation] ユビキチンキメラ分子による転写因子のケミカルノックダウン2022

    • Author(s)
      吉田 和生、藤田 涼香、古畑 隆史、岡本 晃充
    • Organizer
      日本化学会第102春季年会
  • [Presentation] Indirect ubiquitination for targeted degradation of the transcription factor2022

    • Author(s)
      Ryoka Fujita、Takafumi Furuhata、Yuto Matsumura、Tokiha Ozawa、Akimitsu Okamoto
    • Organizer
      第48回国際核酸化学シンポジウム
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 細胞膜のマイクロ流体剥離技術を用いた細胞内1細胞解析2022

    • Author(s)
      山口 哲志・ 梅田 侑生・山平 真也・ 岡本 晃充
    • Organizer
      化学工学会第87年会

URL: 

Published: 2022-12-28  

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