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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Integrated approach for analysis of early human development using micropattern culture system and its application to disease research

Research Project

Project/Area Number 21K19242
Research InstitutionInstitute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

阿部 訓也  国立研究開発法人理化学研究所, バイオリソース研究センター, チームリーダー (40240915)

Project Period (FY) 2021-07-09 – 2023-03-31
KeywordsヒトiPS細胞 / 分化能 / 多能性 / マイクロパターン培養 / 疾患由来iPS細胞
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、①ヒト初期発生の重要な局面である三胚葉形成に至る過程を理解するため、ヒトiPS細胞のマイクロパターン培養系を用いた再現性・同調性の高い細胞分化解析プラットフォームを確立し、時空間座標に沿った細胞タイプ、遺伝子発現の変動をシングルセル遺伝子発現解析によって明らかにする②上記の技術を応用し、多数のiPS細胞株それぞれの分化能を画像データを基にして簡便・迅速に検定する手法を確立する。③疾患に関連する異常は既に発生段階から生じている可能性があり、疾患に由来する表現型を検索する、ことを目的とする。これまでに健常人由来iPS細胞株を用いて目的①、②に関する実験を実施し、分化誘導後の遺伝子発現の時系列変化に関するデータをシングルセル発現解析の手法を用いて取得し、出現した分化細胞タイプの同定を行った。また20株の健常人由来のヒトiPS細胞を同様に分化させ解析したところ、それらの細胞の分化傾向に差異があり、数種のグループに分類されることを明らかにした。さらに染色体異常の患者由来iPS細胞4株を用いて、疾患由来iPS細胞 に特異的な分化異常を見出すことに成功した。
また多検体を対象にしたシングルセル遺伝子発現解析をより効率的に実施するためのサンプル多重化技術の開発に取り組み、従来法では取りこぼしていた細胞を確実に捕捉し、シングルセル解析に供することが可能となった。この新技術により、生物種や細胞タイプによらずサンプル多重化が可能になり、実際にこれまで多重化が困難であった胚性細胞や軟骨細胞などの解析が可能となった。

  • Research Products

    (7 results)

All 2023 2022

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 2 results) Presentation (2 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] Human induced pluripotent stem cell formation and morphology prediction during reprogramming with time-lapse bright-field microscopy using deep learning methods2023

    • Author(s)
      Chu SL, Sudo K, Yokota H, Abe K, Nakamura Y, Tsai MD
    • Journal Title

      Comput Methods Programs Biomed.

      Volume: 229 Pages: 107264

    • DOI

      10.1016/j.cmpb.2022.107264

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Universal surface biotinylation: A simple, versatile and cost-effective sample multiplexing method for single-cell RNA-seq analysis2022

    • Author(s)
      Sugimoto M, Tada Y, Shichino S, Koyamasu S, Tsumaki N, Abe K
    • Journal Title

      DNA Res

      Volume: 29 Pages: dsac017

    • DOI

      10.1093/dnares/dsac017.

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] U-net structures for segmentation of single mouse embryonic stem cells using three-dimensional confocal microscopy images2022

    • Author(s)
      ChuSL, Yokota H, Abe K, Cho D, Tsai MD
    • Journal Title

      Annu Int Conf IEEE Med Biol Sci.

      Volume: - Pages: 512-515

    • DOI

      10.1109/EMBC48229.2022.9871127

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Prediction of human induced pluripotent stem cell formation based on deep learning analysis using time-lapse brightfield microscopy images.2022

    • Author(s)
      Chu SL, Sudo K, Abe K, Yokota H, Nakamura Y, Liou GT, Tsai MD
    • Journal Title

      Annu Int Conf IEEE Med Biol Sci.

      Volume: - Pages: 2029-2032

    • DOI

      10.1109/EMBC48229.2022.9871815.

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Two pre-primed pluripotent states emerged in naive-to-primed conversion process discovered by single cell analyses2023

    • Author(s)
      Tada Y, Bottcher M, Ura H, Sugimoto M, Abugessaisa I, Kasukawa T, Nagao K, Carninci P, Abe K
    • Organizer
      36th International Mammalian Genome Conference
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Barcoding of MeOH-fixed cells by the USB method for sample multiplexing of scRNA-seq analysis2023

    • Author(s)
      Sugimoto M, Cho D, Tada Y, Abe K
    • Organizer
      36th International Mammalian Genome Conference
    • Int'l Joint Research
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 細胞の標識方法2022

    • Inventor(s)
      杉本道彦、阿部訓也
    • Industrial Property Rights Holder
      国立研究開発法人理化学研究所
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2022ー16576

URL: 

Published: 2023-12-25  

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