2022 Fiscal Year Research-status Report
長鎖シークエンス法の転写産物解析による非コード領域の発癌への寄与の解明
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21K19400
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
藤本 明洋 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 教授 (30525853)
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| Project Period (FY) |
2021-07-09 – 2024-03-31
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| Keywords | ロングリード / ドメイン構造 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、複数の腫瘍を対象とし、長鎖シークエンス法を用いた癌と非癌部の転写産物の全長解析から、非コード領域に存在する新規タンパク質コード遺伝子候補を同定し機能を解明することを目的とする。申請者のチームでは、ロングリードシークエンサーを用いて複数の腫瘍の転写産物全長解析をおこなっている。これにより、癌部で発現量が上昇している転写産物を複数同定した。さらに詳細な解析を目的とし、転写産物のアミノ酸配列を正確に予測するために、エラーの多いロングリードデータをアセンブルして、精度の高い配列を再構築する手法を開発している。また、アミノ酸配列からタンパク質のドメイン構造を予測するプログラムを自動化とin houseのプログラムを組み合わせて、発現差がある転写産物に存在するドメインを抽出するプログラムを開発した。これらの解析から、重要な転写産物を同定し機能解析を行う予定である。
また、機能解析実験も行なっておりがん組織で過剰発現している転写産物を細胞株で発現させ、細胞増殖を促進する転写産物を見出している。これらについて、さらに詳細な解析を行うとともに、新しい候補についても実験を行う予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
実験とプログラムの開発は、当初の計画通り順調に進んでいる。
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| Strategy for Future Research Activity |
がん部で過剰発現している転写産物を細胞株で強制発現させ、機能的意義の解明を行う。
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| Causes of Carryover |
細胞培養に時間がかかり、実験が一部、次年度に持ち越しになったため。
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Research Products
(4 results)
