母子ペアゲノム配列情報に基づく非自己バリアントの妊娠アウトカムに対する意義

2021 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 21K19551
• Research Institution: Chiba University
• Principal Investigator: 碓井 宏和 千葉大学, 大学院医学研究院, 准教授 (90375634)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 中田 恵美里 千葉大学, 大学院医学研究院, 助教 (30447289) ; 羽生 裕二 千葉大学, 医学部附属病院, 助教 (40816162) ; 佐藤 明日香 千葉大学, 医学部附属病院, 助教 (60779859)
• Project Period (FY): 2021-07-09 – 2023-03-31
• Keywords: 胎盤 / 妊娠高血圧 / バイオインフォマティクス / 非自己バリアント / 次世代シークエンス

Outline of Annual Research Achievements

胎盤は、母に対して免疫学的にはセミアログラフトであるが、拒絶を受けない。移植免疫に重要な分子であるHLA-A,HLA-B,HLA-DRやABO血液型抗原がトロホブラストで発現しないなどのしくみにより拒絶が回避されていることが知られている。最近の次世代シークエンサーによる全ゲノムレベルでの解析の結果から、ヒトゲノムには多数のバリアント（多型・変異）が存在していることが明らかにされてきた。母と胎盤でアミノ酸配列が異なるバリアント（本研究では非自己バリアントと呼ぶ）は、免疫学的に非自己と認識され得る。
次世代シークエンサーによる網羅的塩基配列解析の結果から大量の非同義バリアントが存在（個体平均10,000個程度存在）することが明らかにされた。東北メディカル・メガバンク機構の三世代コホート調査の試料・情報分譲データをもとに、母児間の違い、非自己バリアントを網羅的に検索する。非自己バリアント蛋白は（軽度の）免疫学的拒絶の対象になり得るため、胎盤形成不全等に起因する産科疾患の原因になる可能性があると考えた。応募者らが現有している胎盤高発現な遺伝子群の情報と合わせて胎盤で高発現する非自己バリアント群を同定し、三世代コホート調査の産科的アウトカムとの比較により非自己バリアントパラメーターの意義を検証することを目的とする。
東北メディカル・メガバンク機構の三世代コホート調査の試料・情報分譲データ（母子ペアの全エクソームシークエンスデータ及びSNPアレイデータ）をもとに、母児間の違い、非自己バリアントを網羅的に検索する。本年度、千葉大学および東北メディカル・メガバンク機構における倫理申請が承認され、研究資料および研究情報の分譲に関する契約書を締結した。

Current Status of Research Progress

4: Progress in research has been delayed.

Reason

千葉大学および東北メディカル・メガバンク機構における倫理申請が承認され、研究資料および研究情報の分譲に関する契約書を締結した。研究開始の準備は整ったが、Covid-19感染症の蔓延状況があり、遠隔セキュリティエリア（共用端末室）への出張が困難であった。このため、自施設で可能なバイオインフォマティクス解析の準備を行ったが、実際のゲノムデータを用いた研究は開始できなかった。

Strategy for Future Research Activity

Covid-19感染症が収束は見越せないため、感染の状況を把握し、感染対策を十分実施の上、共用端末室へ出張し、実際のゲノムデータを用いた研究を実施する。

Causes of Carryover

Covid-19感染症の蔓延状況があり共用端末室への出張が困難であり、実際の研究は開始できなかったため、研究成果の発表・報告などができなかった。