2023 Fiscal Year Research-status Report
Elucidation of stem cell differentiation mechanism by genetic cell tracing and gene network analysis
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21K19895
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| Research Institution | Niigata University |
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Principal Investigator |
加来 賢 新潟大学, 医歯学系, 准教授 (30547542)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
奥田 修二郎 新潟大学, 医歯学系, 教授 (00512310)
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| Project Period (FY) |
2021-07-09 – 2025-03-31
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| Keywords | 歯根膜 / 幹細胞 / バイオインフォマティクス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
歯根膜の組織再生において鍵となるのは，多様な細胞構成の再現であり.そのためには組織幹細胞を起点とする細胞系譜の分化制御メカニズムの解明が必要であ る. 遺伝子ネットワーク解析は，網羅的に取得した遺伝子発現のデータから特定のアルゴリズムを用いて，生物学的に意味のある遺伝子群を抽出する方法であ る.なかでも加重共発現解析(WGCNA: Weighted gene co-expression network analysis)は“特定の細胞種において特異的に発現する遺伝子群は互いに高い相関を 示す”原則に基づき，多種の細胞が混在する条件下においても細胞のクラスタリングを可能とする解析アルゴリズムである(Langfelder et al. BMC Bioinformatics. 2008). 初年度はマウス臼歯の歯根膜組織から抽出したtotal-RNAからRNA-seqにより包括的な遺伝子発現解析を行なった.WGCNAにより検出され た遺伝子群のクラスタリングを行なったが，マウス切歯で報告されている様な，細胞種毎の明瞭な細胞のモジュールは検出されなかった. 本年度はWGCNAとk-meansクラスタリングを併用する方法ならびに，WGCNAと同様にを使用して解析を進めた．さらに細胞外環境としての細胞外マトリックス関連遺伝子における変化について追加の解析を行った．
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
解析アルゴリズムを追加することで，計画はおおむね順調に進展している．
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| Strategy for Future Research Activity |
解析結果をもとに論文執筆をすすめている．
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| Causes of Carryover |
解析の見直しが必要となり，解析並びに論文投稿のための費用に余剰が生じた．次年度に予定している解析費用，論文投稿費用に充当する．
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