2022 Fiscal Year Annual Research Report
非モデル生物を用いたゲノム倍数化を介した植物の種分化機構解明の基盤構築
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21K20580
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| Research Institution | Tokyo Institute of Technology |
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Principal Investigator |
田中 裕之 東京工業大学, 生命理工学院, 研究員 (60782042)
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2021-08-30 – 2023-03-31
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| Keywords | 異質倍数体 / 種分化 / 比較ゲノム解析 / スミレ属 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
1) Hi-Cライブラリの作成とシークエンスの実施
異質4倍体スミレの葉300 μgを試料として、Dovetail Omni-C Kit (Dovetail Genomics, Scotts Valley, CA, USA) を用いてHi-Cライブラリを作成した。取得したHi-CライブラリはNovaSeq 6000によってシーケンスを実施した。最終的に、73 GbのHi-Cリードデータを取得した。
2) ゲノムアセンブルとHi-Cスキャフォールディングの実施による染色体スケールのゲノム配列の構築
まず初めに、昨年度に取得したPacbio CCSリードのアセンブルを実施した。Pacbio CCSリード (21.7 GB)を入力データとしてhifiasmによるアセンブルを実施したところ、691.9 Mbのコンティグ配列が得られた。連続性の指標となるN50（配列を長い方から順に足していき、全体の半分の長さに達した時の配列の長さ）は29.6 Mbpであり、連続性の高いコンティグ配列を構築することができた。続いて、今年度に取得したHi-Cリードデータを活用したコンティグ配列のスキャフォールディングを実施した。Hi-Cリード (73 Gb)を入力データとしてYahsによってHi-Cスキャフォールディングを実行し、その後Juceboxによってリードマッピング情報を可視化し、ミスアセンブル、ミススキャフォールディングのマニュアル修正を実施した。最終的に単相(n)の染色体数と同一である10本の配列を構築した。
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