• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2023 Fiscal Year Annual Research Report

トランスクリプトーム関連解析によるコムギ種子関連シス・トランス因子の網羅的単離

Research Project

Project/Area Number 21K20585
Research InstitutionFukui Prefectural University

Principal Investigator

西嶋 遼  福井県立大学, 生物資源学部, 助教 (00841561)

Project Period (FY) 2021-08-30 – 2024-03-31
Keywords合成パンコムギ / タルホコムギ / ゲノム間クロストーク / シス・トランス因子 / 種子 / 胚乳 / トランスクリプトーム関連解析 / 異質倍数体
Outline of Annual Research Achievements

一般に異質倍数体種は祖先二倍体種に比べて高いストレス耐性を示す。これは、様々な環境に応じて同祖遺伝子の発現を調整し、使い分けることで、適応性を向上させてきたためと考えられている。近年、モデル植物の異質倍数体種において、ゲノム間クロストークによる発現バイアスと有用形質との関連性が議論されてきたが、特にコムギではゲノムの大きさと複雑性から理解が進んでこなかった。本研究では、倍数性進化の過程を人為的に再現した合成6倍体コムギ系統群と、祖先二倍体種のゲノム多型情報を組み合わせることによって、コムギにおけるトランスクリプトーム関連解析の適用可能性を検証した。
合成パンコムギ82系統ならびにABゲノム提供親の4倍体品種Langdon (Ldn)の開花1週間後の胚乳を材料にRNA-seq解析を行った。パンコムギ参照配列(the IWGSC RefSeq v2.1: Alaux et al. 2018)由来のABゲノムとタルホコムギ参照配列(Aet_v5.0: Wang et al. 2021)のDゲノムを統合した擬似合成パンコムギ参照配列に対しリードをマッピングしたところ、発現していた7726同祖遺伝子群のうち、84.1%はサブゲノム間で発現に差がなく、15.9%はいずれか1つのサブゲノムで高発現ないし低発現を示した。Ldnに対し合成パンコムギで高発現、低発現していた遺伝子数は82系統の平均で、Aゲノムにおいて132、380、Bゲノムでは97、238であった。Dゲノムにマップされたリードからは5890のSNPが抽出された。その内、Dゲノム由来の転写因子に非同義置換を生じ、種子長または種子高との間に相関係数0.7以上の高い相関を示すABゲノム由来の遺伝子の発現量を対象としたGWASで有意な関連を示すSNPが3つみつかった。今後、この3つの転写因子について個別に精査する。

  • Research Products

    (9 results)

All 2024 2023

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (7 results)

  • [Journal Article] Transcriptome profiles of rice roots under simulated microgravity conditions and following gravistimulation2023

    • Author(s)
      Kuya Noriyuki、Nishijima Ryo、Kitomi Yuka、Kawakatsu Taiji、Uga Yusaku
    • Journal Title

      Frontiers in Plant Science

      Volume: 14 Pages: 1~11

    • DOI

      10.3389/fpls.2023.1193042

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Developmental differences between hermaphrodite and female-like flowers in a non-model horticultural plant Dianthus hybrida2023

    • Author(s)
      Sanjaya Alvin、Kobayashi Taiki、Nishijima Ryo、Shinoyama Harue、Kazama Yusuke
    • Journal Title

      CYTOLOGIA

      Volume: 88 Pages: 265~272

    • DOI

      10.1508/cytologia.88.265

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 局所的遺伝子導入法を用いた、シロイヌナズナの1細胞ゲノム編集、および、ホルモンフリー不定芽・不定胚誘導2024

    • Author(s)
      池田美穂、生駒拓也、竹内洋輔、西嶋遼、光田展隆、中山潤、山形翼
    • Organizer
      第65回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] NBRP・コムギ事業:大規模交配集団の整備2023

    • Author(s)
      太田敦士、新田みゆき、那須田周平、吉田健太郎、堺俊之、竹中祥太朗、松岡由浩、森直樹、西嶋遼、寺内良平
    • Organizer
      第18回ムギ類研究会
  • [Presentation] 野生イネOryza glumaepatula種子根の組織構造に関わる遺伝子領域の推定2023

    • Author(s)
      馬場美幸、江尻真斗、西嶋遼、山形悦透、三浦孝太郎、塩野克宏
    • Organizer
      第58回根研究集会
  • [Presentation] ヒロハノマンテマの性決定遺伝子GSFYの誕生におけるCLV3様遺伝子の分子進化2023

    • Author(s)
      小林壮生、鬼頭萌、池田美穂、西嶋遼、Dmitry A. Filatov、風間裕介
    • Organizer
      北陸植物学会第13回大会
  • [Presentation] シロイヌナズナの染色体で遺伝子量補正は起きるのか2023

    • Author(s)
      生駒拓也、池田美穂、西嶋遼、阿部知子、風間裕介
    • Organizer
      日本遺伝学会第95回大会
  • [Presentation] シロイヌナズナ大輪変異体ohbana2における遺伝子変異解析2023

    • Author(s)
      外山大夢、白濱瞳、風間裕介、西嶋遼、石井公太郎、阿部知子、國武久登、平野智也
    • Organizer
      日本植物学会第87回大会
  • [Presentation] 日本のパンコムギコアコレクションの種子根伸長角度の調査と関連遺伝子座の探索2023

    • Author(s)
      中野悠平、西村和紗、西嶋遼
    • Organizer
      日本育種学会第143回講演会

URL: 

Published: 2024-12-25  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi