不完全な膠原病所見を有する間質性肺炎の肺組織遺伝子発現解析と診断マーカーの開発

2021 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 21K20864
• Research Institution: Nagoya University
• Principal Investigator: 表 紀仁 名古屋大学, 医学部附属病院, 病院助教 (60901048)
• Project Period (FY): 2021-08-30 – 2023-03-31
• Keywords: 間質性肺炎 / 膠原病 / 特発性肺線維症 / RNA sequence

Outline of Annual Research Achievements

本研究の目的はInterstitial pneumonia with autoimmune features（IPAF）症例の肺組織遺伝子発現プロファイルをRNA sequenceにより明らかにし、その中に含まれる膠原病関連間質性肺炎症例や特発性肺線維症症例の診断に有用なマーカーや予後予測因子を見つけ出すことである。ここまでに行った研究として、名古屋大学医学部附属病院の間質性肺炎データベースより、外科的肺生検を実施しており肺組織の凍結切片が保存されている特発性肺線維症症例と膠原病の間質性肺炎症例、Interstitial pneumonia with autoimmune features（IPAF）症例、肺癌摘出肺の正常部分の凍結保存を行っている症例を抽出した。まずはこれら症例の肺検体をホモジナイズした後、RNAを抽出した。今後バイオアナライザーによるRNAのクオリティチェックを行い、問題なければまずはテストランとして特発性肺線維症と正常肺のmRNA発現を少数例(各４例ずつ程度)でRNA sequenceにより網羅的に解析・比較する。その後、IPAF症例や膠原病関連間質性肺炎症例を追加し(それぞれ15例ずつ程度)、RNA sequenceによる解析予定である。最終的にはこれらの症例から得られたmRNA発現量のデータを統合し、クラスター解析を行い最も発現量の異なる遺伝子を抽出する。また予後などの臨床情報とも照合し、予後予測因子についても検討する。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

当院のおける間質性肺炎症例のデータベースを整理・作成した。外科的肺生検を実施しており、肺組織の凍結切片が保存されている特発性肺線維症症例と膠原病の間質性肺炎症例、Interstitial pneumonia with autoimmune features（IPAF）症例を抽出した。またこれらとは別のコホートで肺癌症例の摘出肺において、正常部位から得られた肺組織の凍結切片も準備した。これら症例のうち特発性肺線維症症例の肺検体と正常肺検体からRNAを抽出した。

Strategy for Future Research Activity

今後は肺検体より抽出したRNAをバイオアナライザーによりクオリティーチェックを行った後に、RNA sequenceを行う。まずはtest runとして特発性肺線維症と正常肺検体(肺癌症例の摘出肺より得られた)8検体を用いてRNA sequenceを実施して、網羅的に遺伝子発現解析を行う。これらのデータを用いてクラスター解析を行い、従来指摘されている特発性肺線維症に特徴的な遺伝子発現が認められるかを確認する。次にIPAF症例を含めた症例を追加し、RNA sequenceを行う予定である。

Causes of Carryover

現在はRNA抽出とクオリティチェックを行っており、今後RNA sequenceを行う予定である。本研究ではRNA sequenceにかかる経費が多く、そのため次年度使用額が生じている。