U1 snRNA変異型髄芽腫における異常ポリアデニル化の同定とその機序の解明

2022 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 21K21001
• Research Institution: National Cancer Center Japan
• Principal Investigator: 鈴木 啓道 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, 分野長 (90751024)
• Project Period (FY): 2021-08-30 – 2023-03-31
• Keywords: 髄芽腫 / U1 snRNA / ポリアデニル化 / スプライシング

Outline of Annual Research Achievements

本研究ではU1 snRNA変異型髄芽腫においてU1 snRNA変異による異常ポリアデニル化の同定と病態形成に及ぼす機序を解明することを目的として研究を行った。U1 snRNA変異型の細胞株はこれまで樹立されていないため、野生型および変異型U1 snRNA発現髄芽腫細胞株を作製し実験に使用した。DaoyおよびONS-76髄芽腫細胞株において変異型U1 snRNAの発現が確認され解析に使用した。
RNAのポリアデニル化領域を濃縮するため3′-seqシークエンスライブラリー作成手法を構築した。初年度の検討によりMayr lab法によるポリアデニル化領域の濃縮では安定した結果が得られないと考えられたため3′ READS+法を次年度に行った。3′READS+従来法では、Oligo(dT)ビーズで選択したRNAを先に目的のサイズに断片化した上で、断片化RNAに対してアダプター配列を結合させ、最後に逆転写反応とPCRによりDNAライブラリーを作成する。RNAの断片化の際に使用する酵素が入手不可能となっているため、94度の加熱処理により断片化を行い、目的のサイズとなる条件を確立した。また、アダプター配列結合過程が煩雑で結合の成功率が低く、またシングルエンドシークエンスにしか対応していないことから、本法の鍵となるRNAの3′末端を濃縮したRNAフラグメントは従来法に準じて作成した上で、アダプター配列の結合は既存のRNAライブラリキット(NEBNext; Ultra II Directional RNA Library Prep Kit for Illumina)を用いて効率的に良好なライブラリを得ることに成功した。

Research Products

• [Journal Article] Recent advances in the molecular understanding of medulloblastoma (2022)
  • Author(s): Funakoshi Yusuke、Sugihara Yuriko、Uneda Atsuhito、Nakashima Takuma、Suzuki Hiromichi
  • Journal Title: Cancer Science Volume: 114 Pages: 741～749
  • DOI: 10.1111/cas.15691
• [Journal Article] Failure of human rhombic lip differentiation underlies medulloblastoma formation (2022)
  • Author(s): Hendrikse Liam D.、Haldipur Parthiv、Saulnier Olivier、...Werbowetski-Ogilvie Tamra E.、Suzuki Hiromichi、Millen Kathleen J.、Taylor Michael D.
  • Journal Title: Nature Volume: 609 Pages: 1021～1028
  • DOI: 10.1038/s41586-022-05215-w
• [Presentation] Genetic analysis of recurrent medulloblastoma (2023)
  • Author(s): Hiromichi Suzuki, Evan Wang, Chai-Jin Lee, Anders Eriksen, Jiao Zhang, Takuma Nakashima, Patryk Skowron, Raul Suarez, Craig Daniels, Michael D. Taylor
  • Organizer: Medulloblastoma in the Mountain 2023
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] 脳腫瘍のゲノム解析 (2023)
  • Author(s): Hiromichi Suzuki
  • Organizer: 国際がん研究シンポジウム
  • Invited
• [Presentation] WHOLE-GENOME SEQUENCING ANALYSIS OF ADULT GLIOMAS (2023)
  • Author(s): Hiromichi Suzuki, Takuma Nakashima, Yusuke Funakoshi, Atsuhito Uneda, Shota Tanaka, Joji Ishida, Ryuta Saito, Ryosuke Hanaya, Koji Yoshimoto, Yoshitaka Narita
  • Organizer: 23rd International Conference on Brain Tumor Research and Therapy
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] バイオインフォマティクスを用いて脳腫瘍に挑むBioinformatics: indispensable for the latest brain tumor research (2022)
  • Author(s): Hiromichi Suzuki
  • Organizer: 第42回日本脳神経外科コングレス
  • Invited
• [Presentation] 大規模シークエンスデータを用いた脳腫瘍のゲノム解析 (2022)
  • Author(s): Hiromichi Suzuki
  • Organizer: Neuro-oncology Seminar 2022 in 広島
  • Invited
• [Presentation] 脳腫瘍に対するゲノム解析の最前線 (2022)
  • Author(s): Hiromichi Suzuki
  • Organizer: 第27回北海道脳腫瘍治療研究会
  • Invited
• [Presentation] 脳腫瘍のゲノム解析 (2022)
  • Author(s): Hiromichi Suzuki
  • Organizer: 第4回学際的がん研究夏の学校別府
• [Presentation] がんゲノム解析におけるバルクシークエンスとシングルセルシークエンスの融合髄芽腫における起源細胞の同定から腫瘍発生のメカニズムを探る (2022)
  • Author(s): Hiromichi Suzuki
  • Organizer: シングルセルゲノミクス研究会2022
  • Invited
• [Presentation] Dissecting the molecular complexity underlying glioblastoma by genomic and transcriptome profiling (2022)
  • Author(s): Takuma Nakashima, Yusuke Funakoshi,Shohei Nambu, Atsuhito Uneda, Kotoe Katayama, Ryosuke Hanaya, Seiya Imoto, Shota Tanaka, Ryuta Saito, Koji Yoshimoto, Yoshitaka Narita, Hiromichi Suzuki
  • Organizer: 第81回日本癌学会学術総会
• [Presentation] Whole-genome sequencing and comprehensive molecular profiling of Astrocytoma, IDH-mutant (2022)
  • Author(s): Yusuke Funakoshi, Takuma Nakashima, Shohei Nambu, Atsuhito Uneda, Kotoe Katayama, Seiya Imoto, Ryosuke Hanaya, Shota Tanaka, Ryuta Saito, Koji Yoshimoto, Yoshitaka Narita, Hiromichi Suzuki
  • Organizer: 第81回日本癌学会学術総会
• [Presentation] Whole genome multi-omics landscape of Oligodenderoglioma, IDH-mutant and 1p/19q-codeleted (2022)
  • Author(s): Yusuke Funakoshi, Takuma Nakashima, Shohei Nambu, Atsuhito Uneda, Kotoe Katayama, Seiya Imoto, Ryosuke Hanaya, Shota Tanaka, Ryuta Saito, Koji Yoshimoto, Yoshitaka Narita, Hiromichi Suzuki
  • Organizer: 第81回日本癌学会学術総会
• [Presentation] Nature掲載への道のり (2022)
  • Author(s): Hiromichi Suzuki
  • Organizer: 日本脳神経外科学会第81回学術総会
  • Invited
• [Presentation] 脳腫瘍のバイオインフォマティクス (2022)
  • Author(s): Hiromichi Suzuki
  • Organizer: 第56回 慶應ニューロサイエンス研究会
  • Invited
• [Presentation] 髄芽腫における新規遺伝子変異と起源細胞の同定 (2022)
  • Author(s): Hiromichi Suzuki
  • Organizer: ゲノムテクノロジー研究会第2回分科会
  • Invited
• [Presentation] 脳腫瘍診断に対する遺伝子検査 (2022)
  • Author(s): Hiromichi Suzuki
  • Organizer: 第40回 日本染色体遺伝子検査学会総会・学術集会
  • Invited
• [Presentation] 全ゲノムシークエンスを用いた脳腫瘍の病態解明と患者還元 (2022)
  • Author(s): 鈴木 啓道, 中島 拓真, 舟越 勇介, 畝田 篤仁, 杉原 由利子, 南部 翔平, 金森 政之, 隈部 俊宏, 鈴木 智成, 木下 学, 園田 順彦, 荒川 芳輝, 永根 基雄, 田中 將太, 石田 穣治, 齋藤 竜太, 花谷 亮典, 吉本 幸司, 成田 善孝
  • Organizer: 第40回日本脳腫瘍学会学術集会
  • Invited
• [Presentation] CBFA複合体異常が細胞分化を阻害しGroup 4髄芽腫を引き起こす Failure of differentiation induced by genetic alterations in CBFA complex constitutes Group 4 medulloblastoma (2022)
  • Author(s): 鈴木 啓道, Liam D. Hendrikse, 中島 拓真, 舟越 勇介, 隈部 俊宏, Michael D. Taylor
  • Organizer: 第40回日本脳腫瘍学会学術集会
• [Presentation] 全ゲノムシークエンスによるIDH変異型diffuse gliomaの変異・構造異常解析 (2022)
  • Author(s): 舟越勇介、中島拓真、畝田篤仁、南部翔平、田中將太、石田穣治、齋藤竜太、花谷亮典、吉本幸司、成田善孝、鈴木啓道
  • Organizer: 第40回日本脳腫瘍学会学術集会
• [Presentation] 脳腫瘍特化型カスタムパネルによる網羅的迅速分子診断法の確立 (2022)
  • Author(s): 中島拓真、舟越勇介、畝田篤仁、南部翔平、北原麻衣、柳澤俊介、大野誠、高橋雅道、宮北康二、成田善孝、鈴木啓道
  • Organizer: 第40回日本脳腫瘍学会学術集会
• [Presentation] 大規模全ゲノムシークエンスによるGlioblastoma, IDH-wild typeゲノム異常の統合解析 (2022)
  • Author(s): 中島拓真、舟越勇介、畝田篤仁、南部翔平、田中將太、石田穣治、齋藤竜太、花谷亮典、吉本幸司、成田善孝、鈴木啓道
  • Organizer: 第40回日本脳腫瘍学会学術集会
• [Presentation] 全ゲノムシークエンスによる髄芽腫の包括的ゲノム解析から明らかになる染色体構造異常 (2022)
  • Author(s): 舟越勇介、中島拓真、畝田篤仁、吉本幸司、成田善孝、鈴木啓道
  • Organizer: 第40回日本脳腫瘍学会学術集会