2022 Fiscal Year Research-status Report
Dynamic behavior and pathological significance of small RNA in outer membrane vesicles of periodontopathic bacteria
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21KK0164
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| Research Institution | National Institute of Infectious Diseases |
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Principal Investigator |
中尾 龍馬 国立感染症研究所, 細菌第一部, 主任研究官 (10370959)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
Lee Seohyun 東京大学, 定量生命科学研究所, 特任助教 (00847973)
矢原 寛子 国立研究開発法人国立国際医療研究センター, 研究所, 日本学術振興会 特別研究員(RPD) (10757488)
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| Project Period (FY) |
2021-10-07 – 2025-03-31
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| Keywords | 細菌由来膜小胞 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
Porphyromonas gingivalis (Pg)のRNAseqに関して、Pg 菌体 (WC) と外膜小胞 (OMV)からのRNA抽出方法を確立した。また、Pg WCとOMVに含まれるRNA成分をRNA-seqにより解析し、OMVs中に蓄積されるRNA成分が明らかになった。Pg WC由来RNAを使ってCappable-seqを行い、Pg ゲノム上の2,354ヵ所の転写開始点を同定できた。
Pg WC OMVsをマウスへ静脈内投与した後の、各臓器 (blood, brain, heart, limb, liver, lung, kidney, spleen, pancreas) からDNAを抽出し、リアルタイムPCRで検出を試みたところ、PgのWC投与の場合、48時間後、調べた臓器のいずれからもからもDNAが検出されなかった。一方PgのOMVs投与の場合は、48時間後には、脳で検出されたが、その他の臓器からは検出されなかった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
RNAseqデータやin vivo実験でのPg OMVの生体内での運命についての新知見が得られているため。
Pg OMVｓの体内動態についての理解が進んだため。
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| Strategy for Future Research Activity |
Pg OMVに蓄積しているRNA種をRT-PCR等で定量し、詳しく検証し、新奇non-coding RNAの全塩基長や発現時期をノーザンブロットで解析する。Pgゲノム網羅的な転写開始点データをもとに、Pgゲノムにおけるコンセンサスプロモーター配列を決定する。Pg OMVsの生体内運命に関し、in vivoイメージング装置を活用し、より詳細な解析を行う。
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| Causes of Carryover |
昨今の試薬類の価格高騰もあり、研究費削減に勤めた結果、次年度使用が生じた。今後も試薬類の価格の変動が予想されるため、研究費は計画的に、また時に柔軟かつ弾力的に研究費を運用する。
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