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2010 Fiscal Year Annual Research Report

複雑損傷の分子構造と修復に関する研究

Research Project

Project/Area Number 22310038
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Research InstitutionJapan Atomic Energy Agency

Principal Investigator

鹿園 直哉  独立行政法人日本原子力研究開発機構, 量子ビーム応用研究部門, 研究主幹 (10354961)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 赤松 憲  独立行政法人日本原子力研究開発機構, 量子ビーム応用研究部門, 研究副主幹 (70360401)
樋口 真理子  独立行政法人日本原子力研究開発機構, 原子力基礎工学研究部門, 任期付研究員 (90370460)
村上 洋  独立行政法人日本原子力研究開発機構, 量子ビーム応用研究部門, 研究員 (50291092)
Keywords複雑損傷 / DNA分子構造 / 分子動力学計算 / テラヘルツ分光 / 生物影響
Research Abstract

複数のDNA損傷が近接して存在する「複雑損傷」は修復が困難であり、細胞致死、突然変異といった放射線生物影響に深く関連すると考えられている。本年度は、複雑損傷によるDNAの曲がりやねじれといった分子構造の変化を観察するとともに複雑損傷による生物影響を調べることを目標とした。
1.複雑損傷をもつDNA分子の挙動の解析のため、分子動力学計算に着手した。DNA損傷(8-oxoG、脱塩基部位)の電子状態をGaussianソフトウェアを用いた量子化学計算に基づいて決定し、損傷DNAに対し周りに水分子を配置してAmberソフトウェアを用いた構造最適化や平衡化を行い、複雑損傷をもつDNA分子の分子揺らぎや分子の曲がりを調べる条件を整えた。
2.複雑損傷による生物影響を調べる実験では、複雑損傷をもつプラスミドを大腸菌に導入しその効果を調べた。脱塩基部位もしくは鎖切断単独では損傷のないDNAに比べ同程度の形質転換効率が得られたが、脱塩基部位を両鎖に近接して存在する複雑損傷もしくは脱塩基部位と鎖切断がそれぞれの鎖に近接して存在する複雑損傷では、単独の脱塩基部位や鎖切断を持つDNAに比べ形質転換効率が大幅に低下すること、さらに形質転換効率は損傷間の距離に依存すること、をみいだした。形質転換効率が大幅に低下する結果は、複雑損傷が完全には修復されずDNA複製の阻害を引き起こしていることを示唆する。
3.テラヘルツ時間領域分光測定装置の高強度を進めた。高強度化は、DNA損傷分子のテラヘルツ波スペクトルを得るために必要である。テラヘルツ波発生素子と検出素子の集光レンズに可動ステージを導入し、光学配置の最適化を行うことにより、信号強度を数倍高めることができた。

  • Research Products

    (9 results)

All 2011 2010

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (7 results)

  • [Journal Article] A model for analysis of the yield and the level of clustering of radiation-induced DNA-strand breaks in hydrated plasmids2011

    • Author(s)
      Shikazono N, Yokoya A, Urushibara A., Noguchi M, Fujii K
    • Journal Title

      Radiation Protection Dosimetry

      Volume: 143 Pages: 181-185

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Enhanced resolution of molecular recognition to distinguish structure similar molecules by different conformational responses of a protein upon ligand binding2011

    • Author(s)
      Higuchi M, Fujii J, Yonetani Y, Kitao A, Go N
    • Journal Title

      Journal of Structural Biology

      Volume: 173 Pages: 20-28

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Ion beam-induced DNA damage and its biological effects2010

    • Author(s)
      Shikazono N
    • Organizer
      第20回日本MRS学術シンポジウム
    • Place of Presentation
      横浜(日本)
    • Year and Date
      2010-12-21
  • [Presentation] 蛍光消光現象を活用した放射線誘発DNA損傷の損傷位置ばらつき評価法の開発2010

    • Author(s)
      赤松憲、鹿園直哉
    • Organizer
      第53回日本放射線影響学会
    • Place of Presentation
      京都(日本)
    • Year and Date
      2010-10-20
  • [Presentation] Processing and biological consequences of clustered DNA damage containing a single strand break and an AP site2010

    • Author(s)
      Shikazono N, Noguchi M, Urushibara A, O'Neill P, Yokoya A
    • Organizer
      56^<th> Annual Meeting of the Radiation Research Society
    • Place of Presentation
      ハワイ(米国)
    • Year and Date
      2010-09-26
  • [Presentation] DNA鎖上に生じた損傷位置のばらつき評価法の開発とその放射線照射DNAへの適用2010

    • Author(s)
      赤松憲、鹿園直哉
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      仙台(日本)
    • Year and Date
      2010-09-20
  • [Presentation] クラスターDNA損傷が修復酵素hOGG1の結合に関する分子動力学シミュレーション2010

    • Author(s)
      樋口真理子, Pinak M.
    • Organizer
      第48回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      仙台(日本)
    • Year and Date
      2010-09-20
  • [Presentation] クラスターDNA損傷が修復酵素hOGG1の基質認識に及ぼす影響2010

    • Author(s)
      樋口真理子, Pinak M.
    • Organizer
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      札幌(日本)
    • Year and Date
      2010-06-16
  • [Presentation] Molecular dynamics simulation of cluster damaged DNA and hOGG12010

    • Author(s)
      Higuchi M, Pinak M
    • Organizer
      11th International Workshop on Radiation Damage to DNA
    • Place of Presentation
      アトランタ(米国)
    • Year and Date
      2010-05-19

URL: 

Published: 2013-06-26  

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