2012 Fiscal Year Annual Research Report
転写因子とシス調節ＤＮＡの核内動態に基づく細胞特異的転写調節ロジックの解明
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22310120
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| Research Institution | Konan University |
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Principal Investigator |
日下部 岳広 甲南大学, 理工学部, 教授 (40280862)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
中井 謙太 東京大学, 医科学研究所, 教授 (60217643)
鈴木 穣 東京大学, 新領域創成科学研究科, 教授 (40323646)
將口 栄一 沖縄科学技術大学院大学, マリンゲノミックスユニット, グループリーダー (90378563)
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| Project Period (FY) |
2010-04-01 – 2013-03-31
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| Keywords | 遺伝子 / ゲノム / 転写調節 / 発生・分化 / ホヤ |
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| Research Abstract |
次世代型超並列シークエンサーにより大量の5'端EST配列を解読することにより決定したホヤゲノム中の転写開始点と遺伝子発現の情報をもとに、発現調節領域の構造と遺伝子発現パターンの相関を解析した。TATAボックスを含むプロモーターと含まないプロモーターの発現パターンの相違の解明、組織特異的プロモーターの発見、組織特異的または発生段階特異的な選択的プロモーターの発見、トランススプライシングされる遺伝子の転写開始点の同定などの成果が得られた。
前年度に引き続き、同じ発現調節を受けると予測される遺伝子間で共有されるシス調節配列と転写因子の結合コンセンサス配列を検索するとともに、種間比較ゲノム解析により、シス調節領域を推定した。得られた結果について、蛍光レポーターを用いた転写調節領域の機能解析実験により検証した。また、予測された転写因子について、アンチセンス・モルフォリノオリゴを用いたノックダウンおよび特異的プロモーターを利用した強制発現などの実験を行い、機能を明らかにした。ホヤ・メダカの両方において、これらの解析手法を機能性小分子RNA（microRNA）の発現制御にも適用し、組織特異的発現に必要なシス制御配列を同定した。
染色体上における遺伝子配置と発現制御の関係についても新しい知見が得られた。染色体上で隣接して存在する２つの遺伝子AdmpとPinheadの発現パターンの形成には、クロマチンのループ形成を伴う遺伝子間の相互作用による転写制御が重要であり、ホヤと脊椎動物の間で同機構が保存されていることを明らかにした。さらに、同じ細胞で共発現し染色体上で隣接するmiRNA遺伝子とタンパク質コード遺伝子の発現が共通のシス制御モジュールによって制御されていることを明らかにした。
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| Current Status of Research Progress |
Reason
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
25年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] Characterization of the compact bicistronic microRNA precursor, miR-1/miR-133, expressed specifically in Ciona muscle tissues2013
Author(s)
Rie Kusakabe, Saori Tani, Koki Nishitsuji, Miyuki Shindo, Kohji Okamura, Yuki Miyamoto, Kenta Nakai, Yutaka Suzuki, Takehiro G. Kusakabe, and Kunio Inoue
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Journal Title
Gene Expr. Patterns
Volume: 13 (1-2)
Pages: 43-50
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] A conserved non-reproductive GnRH system in chordates2012
Author(s)
Takehiro G. Kusakabe, Tsubasa Sakai, Masato Aoyama, Yuka Kitajima, Yuki Miyamoto, Toru Takigawa, Yutaka Daido, Kentaro Fujiwara, Yasuko Terashima, Yoko Sugiuchi, Giorgio Matassi, Hitoshi Yagisawa, Min Kyun Park, Honoo Satake, and Motoyuki Tsuda
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Journal Title
PLoS One
Volume: 7 (7)
Pages: e41955
DOI
Peer Reviewed
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