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2010 Fiscal Year Annual Research Report

線形・非線形分光シミュレーションによる緩和および反応ダイナミクスの解明

Research Project

Project/Area Number 22350013
Research InstitutionInstitute for Molecular Science

Principal Investigator

斉藤 真司  分子科学研究所, 理論・計算分子科学研究領域, 教授 (70262847)

Keywords不均一揺らぎ / エネルギー緩和過程 / 三次非線形赤外分光法 / 励起状態プロトン移動 / 分子シミュレーション
Research Abstract

本年度は、(1)非線形分光シミュレーションによる水の分子内・分子間エネルギー緩和機構の全容解明、(2)溶液内の励起状態プロトン移動の解析を行った。
(1)に関しては、平衡および非平衡分子動力学計算に基づき二次元赤外スペクトルの理論計算を行い、水の分子内モード(OH伸縮およびHOH変角運動)の揺らぎの解析を行った。これまでOH伸縮運動の二次元赤外分光に関しては実験研究が精力的に行われており、構造とOH振動数の関係を利用した理論計算も行われてきたが、第一原理的な計算は今回の我々の計算が世界で初めてである。とくに、変角運動に関しては、変角運動が本質的に有している非調和性による変調に加え、伸縮運動による変角運動の振動数変調のために、伸縮運動に比べ非常に速く変調していることを明らかにした。現在、分子間水素結合の影響を解析している。
(2)に関しては、真空中およびシクロヘキサン中の10-Hydroxybenzo[h]quinoline(10-HBQ)の励起状態プロトン移動に関する研究を行った。本研究において、密度汎関数理論計算に基づき基底および励起状態のポテンシャル面を効率良く構築し(溶液系では、溶媒による相互作用も考慮されている)、そのポテンシャルを用いて多数のトラジェクトリ計算に基づき、プロトン移動に伴う構造および励起エネルギーの時間変化などの解析を行った。今回の解析により、モードによる振動コヒーレンスの寿命の違いが明らかになりつつあるとともに、溶媒により緩和の様相が異なっていることを明らかにした。

  • Research Products

    (28 results)

All 2011 2010 Other

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results) Presentation (20 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Temperature Dependence of Vibrational Dynamics in Aqueous Solutions Studied by Infrared Nonlinear Spectroscopy2010

    • Author(s)
      J.Tayama, K.Aikawa, A.Ishihara, M.Banno, K.Ohta, S.Saito, K.Tominaga
    • Journal Title

      J.Chem.Phys.

      Volume: 133

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Multi-Time Density Correlation Functions in Glass-Forming Liquids : Probing Dynamical Heterogeneity and its Lifetime2010

    • Author(s)
      K.Kim, S.Saito
    • Journal Title

      J.Chem.Phys.

      Volume: 133

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Role of the Lifetime of Dynamic Heterogeneity in the Frequency Dependent Stokes-Einstein Relation of Supercooled Liquids2010

    • Author(s)
      K.Kim, S.Saito
    • Journal Title

      J.Phy.Soc.Jpn.

      Volume: 79

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Relation between Conformational Heterogeneity and Reaction Cycle of Ras : Molecular Simulation of Ras2010

    • Author(s)
      C.Kobayashi, S.Saito
    • Journal Title

      Biophys.J.

      Volume: 99 Pages: 3726-3734

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effects of Nonadditive Interactions on Ion Solvation at the Water/Vapor Interface : A Molecular Dynamics Study2010

    • Author(s)
      T.Yagasaki, S.Saito, I.Ohmine
    • Journal Title

      J.Phys.Chem.A

      Volume: 114 Pages: 12573-12584

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hidden Slow Time Scale of Correlated Motions in Supercooled Liquids : Multi-Time Correlation Function Approach2010

    • Author(s)
      K.Kim, S.Saito
    • Journal Title

      J.Non-Crystalline.Solids

      Volume: 357 Pages: 371-375

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] ガラス転移の動的不均一性とその時間スケール:多時間相関関数による解析2010

    • Author(s)
      金鋼、斉藤真司
    • Journal Title

      アンサンブル

      Volume: 12 Pages: 16-21

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] A Theoretical Study of Unfolding Pathway of Canine Milk Lysozyme2011

    • Author(s)
      C.Kobayashi, T.Oroguchi, M.Ikeguchi, T.Nakamura, K.Makabe, K.Kuwajima, S.Saito
    • Organizer
      Third Korea-Japan Seminars on Bimolecular Science : Experiments and Simulations
    • Place of Presentation
      Jeju(Korea)
    • Year and Date
      20110226-20110301
  • [Presentation] 非線形分光を用いた水の分子内変角運動の理論研究2011

    • Author(s)
      井本翔、斉藤真司
    • Organizer
      日本物理学会2011年春季大会
    • Place of Presentation
      新潟大学(新潟)
    • Year and Date
      2011-03-27
  • [Presentation] 非線形分光を用いた水の分子内変角運動の理論研究2011

    • Author(s)
      井本翔、斉藤真司
    • Organizer
      ガラス関連学会
    • Place of Presentation
      京都大学(京都)
    • Year and Date
      2011-03-25
  • [Presentation] 10-Hydroxybenzo[h]quinolineの励起状態プロトン移動ダイナミクスに関する理論的研究2011

    • Author(s)
      東雅大
    • Organizer
      3機関若手交流会
    • Place of Presentation
      京都大学(京都)
    • Year and Date
      2011-02-19
  • [Presentation] 10-Hydroxybenzo[h]quinolineにおける励起状態プロトン移動反応に関する理論的研究2011

    • Author(s)
      東雅大、斉藤真司
    • Organizer
      スーパーコンピュータワークショップ2011
    • Place of Presentation
      自然科学研究機構・計算科学研究センター(愛知)
    • Year and Date
      2011-01-24
  • [Presentation] Dynamics in water and ice revealed by theoretical nonlinear IR spectroscopy2010

    • Author(s)
      S.Saito, T.Yagasaki
    • Organizer
      Pacifichem2010
    • Place of Presentation
      Honolulu(USA)
    • Year and Date
      20101215-20101221
  • [Presentation] 多体・多時間相関関数による過冷却液体における動的不均一性の解析2010

    • Author(s)
      金鋼、斉藤真司
    • Organizer
      東京大学物性研究所短期研究会「ガラス物理の諸問題--実験と理論の接点--」
    • Place of Presentation
      東京大学物性研究所(千葉県)
    • Year and Date
      20101129-20101201
  • [Presentation] Lifetime of dynamical heterogeneity in supercooled liquids and its role in Stokes-Einstein violation2010

    • Author(s)
      K.Kim, S.Saito
    • Organizer
      Workshop on the Dynamics of the Glass/Jamming Transition in celebration of the 80th birthday of Prof.Kyozi Kawasaki
    • Place of Presentation
      Novotel Ambassador Busan(Korea)
    • Year and Date
      20100908-20100911
  • [Presentation] Ultrafast Water Dynamics and Low Heterogeneous Dynamics Probed by Multi-Time Correlation Functions2010

    • Author(s)
      T.Yagasaki, K.Kim, S.Saito
    • Organizer
      5th International Conference on Coherent Multidimensional Spectroscopy
    • Place of Presentation
      University of Minnesota(USA)
    • Year and Date
      20100818-20100820
  • [Presentation] Role of lifetime of dynamical heterogeneity in Stokes-Einstein violation of glass-forming liquids2010

    • Author(s)
      K.Kim, S.Saito
    • Organizer
      The ISSP International Workshop on Soft Matter Physics(ISSP/SOFT2010)
    • Place of Presentation
      Institute for Solid State Physics, University of Tokyo(Japan)
    • Year and Date
      20100809-20100813
  • [Presentation] Intermolecular Dynamics in Water : From Normal Liquid State to Supercooled Liquid State2010

    • Author(s)
      T.Yagasaki, S.Saito
    • Organizer
      Flemingfest : Frontiers in Condensed Phase Physical Chemistry
    • Place of Presentation
      University of California, Berkeley(USA)
    • Year and Date
      20100715-20100716
  • [Presentation] Molecular dynamics studies of slow dynamics in random media : Type A-B dynamics and reentrant transition2010

    • Author(s)
      Kang Kim, Shinji Saito, Kunimasa Miyazaki
    • Organizer
      CECAM workshop Complex dynamics of fluids in disordered and crowded environments
    • Place of Presentation
      Centre Blaise Pascal, ENS-Lyon(France)
    • Year and Date
      20100628-20100701
  • [Presentation] Ras-GAP内におけるGTP加水分解反応に関する理論的研究2010

    • Author(s)
      東雅大、小林千草、斉藤真司
    • Organizer
      第13回理論化学討論会
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道)
    • Year and Date
      20100523-20100525
  • [Presentation] 3次赤外分光法による水の分子間運動の理論的研究2010

    • Author(s)
      矢ヶ崎琢磨、斉藤真司
    • Organizer
      CMSI研究会:第1部会「新量子相・新物質の基礎科学」
    • Place of Presentation
      自然科学研究機構・岡崎コンファレンスセンター(愛知)
    • Year and Date
      2010-11-12
  • [Presentation] ランダム媒体拘束系のガラス転移とフラジリティ2010

    • Author(s)
      金鋼、宮崎州正、斉藤真司
    • Organizer
      日本物理学会2010年秋季大会
    • Place of Presentation
      大阪府立大学(大阪)
    • Year and Date
      2010-09-26
  • [Presentation] A theoretical study of unfolding pathway of Canine milk lysozyme : Comparison with the unfolding pathway of Goat a-lactalbumin2010

    • Author(s)
      小林千草、苙口友隆、池口満徳、中村敬、真壁幸樹、桑島邦博、斉藤真司
    • Organizer
      日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      東北大学(宮城)
    • Year and Date
      2010-09-22
  • [Presentation] 常温ならびに過冷却状態における水の分子間運動のエネルギー緩和2010

    • Author(s)
      矢ヶ崎琢磨、斉藤真司
    • Organizer
      第4回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      大阪大学(大阪)
    • Year and Date
      2010-09-17
  • [Presentation] ガラス転移の動的不均一性:分子動力学と多時間相関関数による解析2010

    • Author(s)
      金鋼、斉藤真司
    • Organizer
      第4回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      大阪大学(大阪)
    • Year and Date
      2010-09-17
  • [Presentation] Ras-GAP複合体におけるGTP加水分解反応に関する理論的研究2010

    • Author(s)
      東雅大、小林千草、斉藤真司
    • Organizer
      第4回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      大阪大学(大阪)
    • Year and Date
      2010-09-17
  • [Presentation] イヌミルクリゾチームのアンフォールディング経路についての理論的研究:ヤギaラクトアルブミンとの比較2010

    • Author(s)
      小林千草、苙口友隆、池口満徳、中村敬、真壁幸樹、桑島邦博、斉藤真司
    • Organizer
      第4回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      大阪大学(大阪)
    • Year and Date
      2010-09-16
  • [Remarks]

    • URL

      http://dyna.ims.ac.jp/research.html

URL: 

Published: 2012-07-19  

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