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2011 Fiscal Year Annual Research Report

有機反応ダイナミクス支配現象の微視的解析

Research Project

Project/Area Number 22350023
Research InstitutionRikkyo University

Principal Investigator

山高 博  立教大学, 理学部, 教授 (60029907)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 望月 祐志  立教大学, 理学部, 教授 (00434209)
古明地 勇人  産業技術総合研究所, ナノシステム研究部門, 主任研究員 (30357032)
Keywords有機化学反応 / シミュレーション / 量子化学 / 遷移状態 / 溶媒効果
Research Abstract

本年度の研究実施計画にあげた4項目のうち、第1のFMO-MD法の開発拡充については、周期境界条件のプログラムへの取り込みは作業途中であるが、高次の電子相関を含むFMO計算法や4体までの補正を含むFMO4-MP2法の実装、ベンチマーク計算を実施したほか、応用計算としてランタニドイオン種の水中シミュレーションに成功した。第2の有機反応のシュミット反応における経路分岐現象の実験的検討に関しては、7種類の置換3-phenyl-2-butanoneを合成し、水性トリフルオロ酢酸中でのこれらのケトンとシリルアジドとの反応の速度測定と生成物分析を行った。その結果、シュミット反応の律速段階の決定、ならびに律速段階での経路分岐現象の可能性が浮かび上がった。この反応については、継続して実験を行い、分子動力学シミュレーションの結果とつきあわせて,経路分岐検証を実験的に実証していく予定である。第3のα-ハロケトンの付加-置換反応の経路分岐現象については、DFTレベルでのシミュレーション計算を行い、単一の遷移状態を経た後に経路分岐によって付加生成物と置換生成物を与えることを見いだした。この成果は国際学会で発表し、J.Org.Chem.誌に公表した。今後、この現象の実験的による確認を予定している。第4の水溶液中での有機反応の微視的挙動の研究に関しては、既に実施したアミンのカルボニル化合物への付加反応に加えて、カルボニル化合物への水和反応(水の付加反応)ついて検討した。その結果、水和反応においても、アミノ化反応と同様に、反応の進行に伴う溶媒分子の配座変化の様子が観測された。しかし、アミノ化反応が双性イオン中間体を経る段階的機構で進行するのに対し、水和反応は協奏的機構で進行することがわかった。この機構の違いはアンモニアと水の求核性の違いに由来するものと結論された。現在この結果の論文公表準備中である。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

FMO-MD法の発展的展開に関しては、周期境界条件を取り込んだ計算法は開発途上であるが、平衡して行ってきた電子相関の取り込みや3体、4体項の実装に関しては予定を上回る成果を上げた。実験の分野では、シュミット反応やa-ハロケトンの置換・付加反応で,経路分岐現象を見いだすことができ、水溶液中の反応についても新規な知見を売ることができたことは、予想を上回る成果だと言える。

Strategy for Future Research Activity

研究は順調に進展しているため、当初の予定通りで進めたい。

  • Research Products

    (32 results)

All 2012 2011

All Journal Article (11 results) (of which Peer Reviewed: 11 results) Presentation (20 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Development of the Four-Body Corrected Fragment Molecular Orbital (FMO4) Method2012

    • Author(s)
      T.Nakano, Y.Mochizuki, K.Yamashita, C.Watanabe, K.Fukuzawa, K.Segawa, Y.Okiyama, T.Tsukamoto, S.Tanaka
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters

      Volume: 523 Pages: 128-133

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2011.12.004

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Excited State Calculation for Free-Base and Metalloporphyrins with the Partially Renormalized Polarization Propagator Approach2012

    • Author(s)
      M.Saitow, Y.Mochizuki
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters

      Volume: 525-526 Pages: 144-149

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2011.12.063

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Higher-order Correlated Calculations Based on Fragment Molecular Orbital Scheme2011

    • Author(s)
      Y. Mochizuki, K. Yamashita, T. Nakano, Y. Okiyama, K. Fukuzawa, N. Taguchi, S. Tanaka
    • Journal Title

      Theor. Chem. Acc

      Volume: 130 Pages: 515-530

    • DOI

      10.1007/s00214-011-1036-3

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamic Path Bifurcation in the Beckmann Reaction : Support from Kinetic Analyses2011

    • Author(s)
      Y. Yamamoto, H. Hasegawa, H. Yamataka
    • Journal Title

      J. Org. Chem

      Volume: 76 Pages: 4652-4660

    • DOI

      10.1021/jo200728t

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Prediction of Probable Mutations in Influenza Virus Hemagglutinin Protein Based on Large-Scale Ab Initio Fragment Molecular Orbital Calculations2011

    • Author(s)
      A.Yoshioka, K.Fukuzawa, Y.Mochizuki, K.Yamashita, T.Nakano, Y.Okiyama, E.Nobusawa, K.Nakajimah, S.Tanaka
    • Journal Title

      Journal of Molecular Graphics and Modelling

      Volume: 30 Pages: 110-119

    • DOI

      10.1016/j.jmgm.2011.06.011

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 4f-In-Core Model Core Potentials for Trivalent Lanthanides2011

    • Author(s)
      T.Fujiwara, H.Mori, Y.Mochizuki, Y.Osanai, E.Miyoshi
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters

      Volume: 510 Pages: 261-266

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2011.05.028

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Antigen-antibody Interactions of Influenza Virus Hemagglutinin Revealed by the Fragment Molecular Orbital Calculation2011

    • Author(s)
      A.Yoshioka, K.Takematsu, I.Kurisaki, K.Fukuzawa, Y.Mochizuki, T.Nakano, E.Nobusawa, K.Nakajima, S.Tanaka
    • Journal Title

      Theoretical Chemistry Accounts

      Volume: 130 Pages: 1197-1202

    • DOI

      DOI:10.1007/s00214-011-1048-z

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Kinetic Study of Proton-Transfer Reactions of Phenylnitromethanes. Implication for the Origin of Nitroalkane Anomaly2011

    • Author(s)
      K.Ando, Y.Shimazu, N.Seki, H.Yamataka
    • Journal Title

      Journal of Organic Chemistry

      Volume: 76 Pages: 3937-3945

    • DOI

      10.1021/jo200383f

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A Computational Study on the Reaction Pathway of □-Bromoacetophenones with Hydroxide Ion : Possible Path Bifurcation in Addition/Substitution Mechanism2011

    • Author(s)
      S.Itoh, N.Yoshimura, M.Sato, H.Yamataka
    • Journal Title

      Journal of Organic Chemistry

      Volume: 76 Pages: 8294-8299

    • DOI

      10.1021/jo201485y

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamics Effects on E2/E1cb Borderline Mechanism. Unimolecular Elimination of 2-Aryl-3-chloro-2-R-propanols2011

    • Author(s)
      S.Itoh, H.Yamataka
    • Journal Title

      Chemistry-A European Journal

      Volume: 17 Pages: 1230-1237

    • DOI

      DOI:10.1002/chem.201001926

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Fragment Molecular Orbital-Based Molecular Dynamics (FMO-MD) Method with MP2 Gradient2011

    • Author(s)
      Y.Mochizuki, T.Nakano, K.Komeiji, K.Yamashita, Y.Okiyama, H.Yoshikawa, H.Yamataka
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters

      Volume: 504 Pages: 95-99

    • DOI

      doi:10.1016/j.cplett.2011.01.039

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ニトロナートアンビデントアニオンのメチル化機構の速度論的研究2012

    • Author(s)
      坂田朋末、山高博
    • Organizer
      第92日本化学会春季年会
    • Place of Presentation
      神奈川
    • Year and Date
      20120325-20120328
  • [Presentation] 理論計算によるビニルカチオン生成反応の解析2012

    • Author(s)
      神宮路賢、山高博
    • Organizer
      第92日本化学会春季年会
    • Place of Presentation
      神奈川
    • Year and Date
      20120325-20120328
  • [Presentation] 置換フェナシルクロリドとメトキシドイオンの反応機構の解析2012

    • Author(s)
      田川耕平、笹川慶太、山高博
    • Organizer
      第92日本化学会春季年会
    • Place of Presentation
      神奈川
    • Year and Date
      20120325-20120328
  • [Presentation] 酸性・塩基性条件下におけるアシロイン水素移動反応の速度論的研究2012

    • Author(s)
      窪内大輝、狩野真啓、山高博
    • Organizer
      第92日本化学会春季年会
    • Place of Presentation
      神奈川
    • Year and Date
      20120325-20120328
  • [Presentation] FMO-MDを用いた水溶液中におけるt-BuClの加水分解反応シミュレーション2012

    • Author(s)
      佐藤真、山高博、古明地勇人、望月祐志、中野達也
    • Organizer
      第92日本化学会春季年会
    • Place of Presentation
      神奈川
    • Year and Date
      20120325-20120328
  • [Presentation] フェニルメチルニトロナートアンビデントアニオンのメチル化機構の速度論的研究2011

    • Author(s)
      坂田朋未、山高博
    • Organizer
      第22回基礎有機化学討論会
    • Place of Presentation
      つくば
    • Year and Date
      20110921-20110922
  • [Presentation] 置換フェナシルクロリドとメトキシドイオンの反応の置換基効果による解析2011

    • Author(s)
      田川耕平、笹川慶太、山高博
    • Organizer
      第22回基礎有機化学討論会
    • Place of Presentation
      つくば
    • Year and Date
      20110921-20110922
  • [Presentation] アシロイン誘導体の水素転位反応に関する理論的研究2011

    • Author(s)
      神宮路賢、山高博
    • Organizer
      第22回基礎有機化学討論会
    • Place of Presentation
      つくば
    • Year and Date
      20110921-20110922
  • [Presentation] アシロイン水素移動反応の速度論的研究2011

    • Author(s)
      窪内大輝、狩野真啓、山高博
    • Organizer
      第22回基礎有機化学討論会
    • Place of Presentation
      つくば
    • Year and Date
      20110921-20110922
  • [Presentation] Ab Initio Fragment Molecular Orbital-Molecular Dynamics (FMO-MD) Study of Solvation Differences Between Cis- and Trans-Platins in Water2011

    • Author(s)
      H.Mori, N.Hirayama, Y.Komeiji, Y., Mochizuki
    • Organizer
      7th Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics
    • Place of Presentation
      Tokyo
    • Year and Date
      2011-09-14
  • [Presentation] Excitation Propagator Approach Augmented with Self-Energy2011

    • Author(s)
      M.Saitow, T.Ida, Y.Mochizuki
    • Organizer
      7th Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics
    • Place of Presentation
      Tokyo
    • Year and Date
      2011-09-14
  • [Presentation] Fragment Molecular Orbital Calculations with ABINIT-MP(X)2011

    • Author(s)
      Y.Mochizuki
    • Organizer
      7th Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics
    • Place of Presentation
      Tokyo
    • Year and Date
      2011-09-14
  • [Presentation] Electronic Excited State of a Series of Porphyrin Molecules ; Development of an Effective Renormalization Scheme2011

    • Author(s)
      M.Saitow, Y.Mochizuki
    • Organizer
      7th Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics
    • Place of Presentation
      Tokyo
    • Year and Date
      2011-09-14
  • [Presentation] Fragment Molecular Orbital Study for Interaction Between Influenza Virus Neuraminidase and Antiviral Drug2011

    • Author(s)
      K.Fukuzawa, Y.Mochizuki, H.Mibe, C.Watanabe, S.Tanaka, T.Nakano
    • Organizer
      7th Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics
    • Place of Presentation
      Tokyo(招待講演)
    • Year and Date
      2011-09-14
  • [Presentation] FMO-MD Simulations for Hydrated Trivalent Lanthanide Ions using 4f-In-Core Model Core Potentials2011

    • Author(s)
      T.Fujiwara, Y.Mochizuki, H.Mori, Y.Komeiji, T.Nakano, Y.Okiyama, E.Miyoshi
    • Organizer
      7th Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics
    • Place of Presentation
      Tokyo
    • Year and Date
      2011-09-14
  • [Presentation] Combined Experimental-Computational Study on the Reaction Pathway of α-Haloacetophenones with Nucleophiles : Possible Path Bifurcation in Addition/Substitution Mechanism2011

    • Author(s)
      S. Itoh, M. Katayama, K. Sasagawa, N. Yoshimura, M. Sato, H. Yamataka
    • Organizer
      13th European Symposium on Organic Reactivity
    • Place of Presentation
      Tallinn, Estonia
    • Year and Date
      2011-09-12
  • [Presentation] FMO-MD Simulations for Hydrated Trivalent Lanthanide Ions2011

    • Author(s)
      T.Fujiwara, Y.Mochizuki, H.Mori, Y.Komeiji, T.Nakano, Y.Okiyama, E.Miyoshi
    • Organizer
      The World Association of Theoretical and Computational Chemists 2011
    • Place of Presentation
      Santiago de Compostela, Spain
    • Year and Date
      2011-07-17
  • [Presentation] Hydrolysis of Anticancer Platinum Complexes : a Relativistic FMO-MD Study2011

    • Author(s)
      N.Hirayama, H.Mori, Y.Komeiji, Y.Mochizuki
    • Organizer
      The World Association of Theoretical and Computational Chemists 2011
    • Place of Presentation
      Santiago de Compostela, Spain
    • Year and Date
      2011-07-17
  • [Presentation] Ab Initio Fragment Molecular Orbital-Molecular Dynamics (FMO-MD) Simulation on Hydrolysis of Anticancer Platinum Complexes2011

    • Author(s)
      H.Mori, N.Hirayama, Y.Komeiji, Y.Mochizuki
    • Organizer
      The World Association of Theoretical and Computational Chemists 2011
    • Place of Presentation
      Santiago de Compostela, Spain
    • Year and Date
      2011-07-17
  • [Presentation] The Differences in Hydration Structures of Cis/Trans-Platin : An Ab Initio Molecular Dynamics Study in the Activation Processes of Their Anticancer Function2011

    • Author(s)
      H.Mori, N.Hirayama, Y.Komeiji, Y.Mochizuki
    • Organizer
      The World Association of Theoretical and Computational Chemists 2011
    • Place of Presentation
      Santiago de Compostela, Spain
    • Year and Date
      2011-07-17
  • [Book] フラグメント分子軌道法と分子動力学シミュレーション「レアメタル・希少金属リサイクル技術の最先端」2011

    • Author(s)
      望月祐志, 古明地勇人
    • Total Pages
      187-204
    • Publisher
      フロンティア出版

URL: 

Published: 2013-06-26  

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