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2012 Fiscal Year Annual Research Report

有機反応ダイナミクス支配現象の微視的解析

Research Project

Project/Area Number 22350023
Research InstitutionRikkyo University

Principal Investigator

山高 博  立教大学, 理学部, 教授 (60029907)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 望月 祐志  立教大学, 理学部, 教授 (00434209)
古明地 勇人  独立行政法人産業技術総合研究所, ナノシステム研究部門, 主任研究員 (30357032)
佐藤 真  立教大学, 理学部, ポストドクトラルフェロー (10634347)
Project Period (FY) 2010-04-01 – 2014-03-31
Keywords有機化学反応 / 量子化学 / シミュレーション / 遷移状態 / 溶媒効果
Research Abstract

本年度の研究実施計画にあげた4項目のうち、第1のFMO-MD法の開発拡充については、ABINIT-MP(X)における4体フラグメント分子軌道(FMO4)計算を、2次摂動相関補正のエネルギー微分にまで拡張し、水分子のクラスターで系統的に検証した。分子動力学(FMO-MD)シミュレーションにおいてFMO4はFMO2に比して10倍ほどのコストがかかるが、さらに高速化する予定である。周期境界条件のプログラムへの取り込みは引き続き検討中である。第2の有機反応のシュミット反応における経路分岐現象の実験的検討に関しては、昨年度に引き続き置換3-phenyl-2-butanone類とシリルアジドの水性トリフルオロ酢酸中における反応の速度測定と生成物分析を行った。その結果、シュミット反応の律速段階が窒素分子の脱離段階であること、またこの律速段階での経路分岐現象の可能性があることを明確にすることができた。この結果は既に報告した分子動力学シミュレーションの結果と一致しており,経路分岐現象を実験的に実証できた。この成果は国際学会で発表し、J. Org. Chem.誌に公表した。第3のシミュレーション計算では、経路分岐現象の一般性と適応性を検証するため、ビニルジアゾニウムイオンのイオン化反応についてシミュレーションを行い、いくつかの基質で経路分岐の兆候を得た。これについては、最終年度でさらに検討する。第4の水溶液中での有機反応の微視的挙動の研究に関してはカルボニル化合物への水和反応ついて詳細に検討した。その結果、水和反応においても、アミノ化反応と同様に反応の進行に伴う溶媒分子の配座変化の様子が観測された。その上で、アミノ化反応が双性イオン中間体を経る段階的機構で進行するのに対し、水和反応は協奏的機構で進行することを明らかにした。この結果はChem. Eur. J.誌に報告した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

FMO-MD法の発展的展開に関しては、周期境界条件を取り込んだ計算法は開発途上であるが、並行して行ってきた電子相関の取り込みや4体項の実装に関しては十分な成果を上げた。実験の分野では、シュミット反応で経路分岐現象を見いだすことができ、水溶液中の反応についても基本有機反応であるカルボニル付加反応の溶媒関与機構に関して新規な知見を得ることができたことは、大きな成果だと言える。

Strategy for Future Research Activity

研究は順調に進展しているため、当初の予定通りで進めたい。最終年度では、これまでに得られた成果を総合的に評価し、国際学会や腫瘍論文誌で公表していきたい。

  • Research Products

    (27 results)

All 2013 2012

All Journal Article (10 results) (of which Peer Reviewed: 10 results) Presentation (17 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Importance of spin-orbit coupling effect and solvent effect in electronic 3 transition assignments of Pt^{II} complexes: In the case of cis/trans-[Pt^{II}Cl_2(NH_3)_2]2013

    • Author(s)
      H. Mori
    • Journal Title

      Journal of Molecular Structucture

      Volume: 1035 Pages: 218-223

    • DOI

      10.1016/j.molstruc.2012.11.027

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Modeling of peptide - silica interaction based on four-body corrected fragment molecular orbital (FMO4) calculations2013

    • Author(s)
      Y. Okiyama
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters

      Volume: 566 Pages: 25-31

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2013.02.020

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Three- and four-body corrected fragment molecular orbital calculations with a novel subdividing fragmentation method applicable to structure-based drug design2013

    • Author(s)
      C. Watanabe
    • Journal Title

      Journal of Molecular Graphics and Modelling

      Volume: 41 Pages: 31-42

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] FMO-MD Simulations on Hydration of Formaldehyde in Water Solution with Constraint Dynamics2012

    • Author(s)
      M. Sato, H. Yamataka, Y. Komeiji, Y. Mochizuki
    • Journal Title

      Chem. Eur. J

      Volume: 18 Pages: 9714-9721

    • DOI

      10.1002/chem.201200874

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Kinetic Study of BH3 Reduction of Benzaldehydes. Identification of Effective Reducing Species2012

    • Author(s)
      Masatsugu Abe
    • Journal Title

      Journal of Physical Organic Chemistry

      Volume: 25 Pages: 502-505

    • DOI

      10.1002/poc.1945

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Experimental Study on the Reaction Pathway of α-Haloacetophenones with Nucleophiles: Direct Substitution or Carbonyl Addition?2012

    • Author(s)
      Mika Katayama
    • Journal Title

      Journal of Physical Organic Chemistry

      Volume: 25 Pages: 680-685

    • DOI

      10.1002/poc.2901

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Reaction Pathway and Rate-Determining Step of the Schmidt Rearrangement/Fragmentation: A Kinetic Study2012

    • Author(s)
      Ryo Akimoto
    • Journal Title

      Journal of Organic Chemistry

      Volume: 77 Pages: 4073-4078

    • DOI

      doi: 10.1021/jo300419c

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Origin of Regioselectivity in the Reactions of Nitronate and Enolate Ambident Anions2012

    • Author(s)
      Tomomi Sakata
    • Journal Title

      Journal of Organic Chemistry

      Volume: 77 Pages: 10738-10744

    • DOI

      10.1021/jo302103c.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Reaction Pathways and Dynamics Effects for Ionizations of Vinyl Diazonium Ions2012

    • Author(s)
      Tomoyuki Mizutani
    • Journal Title

      Bulletin of the Chemical Soceity of Japan

      Volume: 85 Pages: 1112-1119

    • DOI

      10.1246/bcsj.20120124

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ab initio path integral Monte Carlo simulations for water trimer with electron correlation effects2012

    • Author(s)
      T. Fujita
    • Journal Title

      Computational and Theoretical Chemistry

      Volume: 997 Pages: 7-13

    • DOI

      10.1016/j.comptc.2012.07.029

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 置換フェナシルハライドとメトキシドイオンの反応の速度論的 研究2013

    • Author(s)
      田川耕平
    • Organizer
      日本化学会第93春期年会
    • Place of Presentation
      立命館大学、草津
    • Year and Date
      20130322-20130325
  • [Presentation] 酸性・塩基性条件下におけるアシロイン転位反応の速度論的研 究2013

    • Author(s)
      窪内大輝
    • Organizer
      日本化学会第93春期年会
    • Place of Presentation
      立命館大学、草津
    • Year and Date
      20130322-20130325
  • [Presentation] テトラシアニド白金(II)錯体-メチルビオロゲン複合系における電荷移動励起の理論的研究2013

    • Author(s)
      小嶋亮平
    • Organizer
      日本化学会第93春期年会
    • Place of Presentation
      立命館大学、草津
    • Year and Date
      20130322-20130325
  • [Presentation] FMOプログラムABINIT-MP(X)の開発と応用2012

    • Author(s)
      望月祐志
    • Organizer
      生命医薬情報学連合大会
    • Place of Presentation
      東京大学、東京
    • Year and Date
      20121014-20121017
    • Invited
  • [Presentation] 置換フェナシルハライドとメ トキシドイオンの反応機構の解析2012

    • Author(s)
      田川耕平
    • Organizer
      第23回基礎有機化学討論会
    • Place of Presentation
      京都テルサ、京都
    • Year and Date
      20120919-20120921
  • [Presentation] 酸性・塩基性条件下におけるアシロイン転位反応の速度論的研究2012

    • Author(s)
      窪内大輝
    • Organizer
      第23回基礎有機化学討論会
    • Place of Presentation
      京都テルサ、京都
    • Year and Date
      20120919-20120921
  • [Presentation] ビニルジアゾニウムイオン誘導体の転位および断片化反応の理論的解析2012

    • Author(s)
      佐藤真
    • Organizer
      第23回基礎有機化学討論会
    • Place of Presentation
      京都テルサ、京都
    • Year and Date
      20120919-20120921
  • [Presentation] 量子化学計算を用いたラジウムの水和構造探索2012

    • Author(s)
      松田彩
    • Organizer
      第6回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      東京大学、東京
    • Year and Date
      20120918-20120921
  • [Presentation] ABINIT-MP/BioStation によるFMO応用計算事例2012

    • Author(s)
      福澤薫
    • Organizer
      第6回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      東京大学、東京
    • Year and Date
      20120918-20120921
  • [Presentation] テトラシアニド金属錯体とメチルビオロゲンからなる結晶の吸収スペクトル解析2012

    • Author(s)
      小嶋亮平
    • Organizer
      第6回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      東京大学、東京
    • Year and Date
      20120918-20120921
  • [Presentation] ABINIT-MP(X)による京でのFMO計算2012

    • Author(s)
      沖山佳生
    • Organizer
      第6回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      東京大学、東京
    • Year and Date
      20120918-20120921
  • [Presentation] Grb2 SH2ドメイン-阻害剤間の結合親和性のFMO4法と新規フラグメント分割法に基づくCH/π相互作用解析2012

    • Author(s)
      渡邉千鶴
    • Organizer
      第6回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      東京大学、東京
    • Year and Date
      20120918-20120921
  • [Presentation] シス・トランス-プラチンのスピン軌道作用に基づいた励起状態計算2012

    • Author(s)
      小嶋亮平
    • Organizer
      第15回理論化学討論会
    • Place of Presentation
      仙台市福祉プラザ、仙台
    • Year and Date
      20120524-20120526
  • [Presentation] FMO計算プログラムABINIT-MP(X)の新しい機能2012

    • Author(s)
      沖山佳生
    • Organizer
      第15回理論化学討論会
    • Place of Presentation
      仙台仙台市福祉プラザ、
    • Year and Date
      20120524-20120526
  • [Presentation] FMO4法と新規フラグメント分割法に基づく Grb2 SH2 ドメイン-トリペプチド複合体のCH/π相互作用解析2012

    • Author(s)
      渡邉千鶴
    • Organizer
      第15回理論化学討論会
    • Place of Presentation
      仙台市福祉プラザ、仙台
    • Year and Date
      20120524-20120526
  • [Presentation] FMO4法に基づく分子間相互作用の高性能解析2012

    • Author(s)
      福澤薫
    • Organizer
      第15回理論化学討論会
    • Place of Presentation
      仙台市福祉プラザ、仙台
    • Year and Date
      20120524-20120526
  • [Presentation] Reaction Pathway, Rate-Determining Step, and Possible Path Bifurcation of the Schmidt Reaction2012

    • Author(s)
      R. Akimoto, T. Tokugawa, Y. Yamamoto, and H. Yamataka
    • Organizer
      21th IUPAC Conference on Physical Organic Chemistry
    • Place of Presentation
      Durham, UK
    • Year and Date
      2012-09-09

URL: 

Published: 2014-07-24  

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