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2010 Fiscal Year Annual Research Report

環境オミクス手法による寒冷圏水界の微生物学的硫黄循環の解明

Research Project

Project/Area Number 22370005
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

福井 学  北海道大学, 低温科学研究所, 教授 (60305414)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 小島 久弥  北海道大学, 低温科学研究所, 助教 (70400009)
Keywords硫黄循環 / ゲノミクス / 微生物 / 群集 / 代謝 / 機能遺伝子 / 湖沼 / 硫酸還元
Research Abstract

水界における微生物学的硫黄循環は、炭素及び窒素循環とも深く関連した生態系における重要なプロセスであるが、依然不明な点が多い。特に、地球温暖化に対して脆弱である寒冷圏における硫黄循環過程の全容の解明は急務である。しかし、硫黄循環は個々の素過程が複雑に絡み合っているため、従来の代謝測定法や微生物群集解析法では現場の物質代謝を解明することが困難である。そこで、本研究は、水界現場から微生物由来のゲノム及びタンパク質を直接解析する環境オミクス手法により、微生物学的硫黄循環の潜在的な代謝経路および活性を網羅的に解明することを目的とする。現場環境から微生物由来のゲノムやタンパク質を直接解析することを、本研究では「環境オミクス手法」(メタゲノミクスとメタプロテオミクスと組み合わせた解析法)と呼ぶこととする。環境オミクス手法では、DNAを解析することによって現場に存在する微生物群集の潜在的な能力を検出し、タンパク質を解析することで実際に機能している代謝経路を特定することを目指した。寒冷圏湖沼の硫黄循環にかかわる微生物を現場から試料を採取し、集積培養し、純粋培養を行った。その結果、新規の硫黄酸化細菌および硫酸還元菌をそれぞれ数株単離することに成功した。環境中での硫黄酸化にかかわる「場のメタボリックマップ」を作成するためには、微生物のゲノム情報が必須である。そのため、上記の新規微生物株のゲノム解析を行ったところ、ドラフトデータを得、硫黄代謝にかかわる遺伝子を見出すことができた。今後、これらのゲノム情報を精査し、プロテオーム解析に資する。

  • Research Products

    (9 results)

All 2010

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (3 results)

  • [Journal Article] Seasonal changes in organic matter mineralization in a sublittoral sediment and temperature-driven decoupling of key processes2010

    • Author(s)
      Tabuchi, Kojima, Fukui
    • Journal Title

      Microbial Ecology

      Volume: 60 Pages: 551-560

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Sulfuricella denitrificans gen. nov., sp. nov., a novel sulfur-oxidizing autotroph isolated from a freshwater lake2010

    • Author(s)
      Kojima, Fukui
    • Journal Title

      International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology

      Volume: 52 Pages: 2862-2866

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Spatiotemporal variations in an assemblage of closely related planktonicaerobic methanotrophs2010

    • Author(s)
      Tsutsumi, Iwata, Kojima, Fukui
    • Journal Title

      Freahwater Biology

      Volume: 56 Pages: 342-351

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Microbial community structure, pigment composition, and nitrogen source of red snow in Antarctica2010

    • Author(s)
      Fujii, et al.
    • Journal Title

      Microbial Ecology

      Volume: 59 Pages: 466-475

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Temperature-dependent differences in community structure involved in degradation of petroleum hydrocarbons under sulfate-reducing conditions2010

    • Author(s)
      Higashioka, Kojima, Fukui
    • Journal Title

      Journal of Applied Microbiology

      Volume: 100 Pages: 314-322

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Invalidation of Hyperamoeba by Transferring its Species to Other Genera of Myxogastria2010

    • Author(s)
      Fiore-Donno, et al.
    • Journal Title

      International Journal of Syatematic and Evolutionary Microbiology

      Volume: 60 Pages: 2862-2866

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Effects of temperature on organic matter decomposition process in anaerobic marine sediment2010

    • Author(s)
      Matsui, Kojima, Fukui
    • Organizer
      第26回日本微生物生態学会
    • Place of Presentation
      つくば(茨城県)
    • Year and Date
      2010-11-25
  • [Presentation] Isolation and characterization of a p-xylene-degrading sulfate-reducing bacterium2010

    • Author(s)
      Higashioka, Kojima, Fukui
    • Organizer
      第26回日本微生物生態学会
    • Place of Presentation
      つぐば(茨城県)
    • Year and Date
      2010-11-25
  • [Presentation] Isolation and characterization of a novel sulfate-reducing bacterium capable of degrading p-xylene2010

    • Author(s)
      Higashioka, Kojima, Fukui
    • Organizer
      第13回国際微生物生態学シンポジウム
    • Place of Presentation
      シアトル(米国)
    • Year and Date
      2010-08-24

URL: 

Published: 2012-07-19  

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