2011 Fiscal Year Annual Research Report
ミトゲノム超行列による巨大クレードの包括的な進化史解明:方法論の確立と実際
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22370035
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| Research Institution | Natural History Museum and Institute, Chiba |
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Principal Investigator |
宮 正樹 千葉県立中央博物館, 動物学研究科, 上席研究員 (30250137)
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| Keywords | ミトコンドリアゲノム / 超行列 / 系統解析 / 高次分類 / 最尤法 / 魚類 / 進化 / 起源 |
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| Research Abstract |
本研究は,これまで系統学的な取り扱いが困難であった巨大クレードの進化史解明の新たな方法論をコイ目魚類(必要なデータは収集済み)で確立し,それを進化的起源(海水vs.淡水)も生物学的特性(分布・生態)も大きく異なる二つの巨大クレード(ハゼ亜目魚類とカワスズメ科魚類)に対して実際に適用するものである.この方法論の土台となるのが,申請者が考案したミトゲノム超行列と呼ばれるもので,自ら決定する数百のミトゲノム全長配列に,さまざまな遺伝子から得られた数千の部分配列(データベースからダウンロード)を整列させた混合行列である.平成23年度には,コイ目魚類の469種のミトゲノム全長配列に基づき高次系統関係の大枠を推定した結果をもとに,データベースからダウンロードした2171件の部分配列を新たに加えた混合行列を作成し,大規模な超行列解析を行い,その成果を二つの国際学会で発表した.また,ハゼ亜目魚類ではミトゲノム全長配列173種が決定され,予備的解析を行った結果,全体的には超行列解析に十分な頑健なトポロジーが得られたが,部分的に不安定な箇所があったため,さらに分類群のサンプリングを行う必要があることが明らかになった.残り数種を追加することにより,より良好な結果が得られると考える.カワスズメ科魚類に関しては,主要がクレードのサンプルを集めることができたが,アフリカ産のものがいくつか不足しており,それらを追加することが今後の課題となることが判明した.
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
目標としていたミトゲノム全長配列数については,コイ目についてはほぼすべて決定し,ハゼ目については残り数種のみ,またシクリッドについては多少不足しているものの,来年度にはほぼ充足するものと思われる.すでに学会発表にて解析結果を公表しており,来年度には論文執筆に取りかかれる予定である.
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| Strategy for Future Research Activity |
データが大規模なため,解析に予想以上の時間がかかっているが,本年上半期には最初の大規模解析を終えられると思われる.成果発表のための取り組みが今後肝要となろう.
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Research Products
(11 results)
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[Journal Article] Body plan convergence and diversity shaped by mass extinction in the evolution of skates and rays (Chondrichthyes : Batoidea)2012
Author(s)
Aschliman, N.C., Nishida, M., Miya, M., Inoue, J.G., Rosana, K.M., Naylor, G.J.P.
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Journal Title
Molecular Phylogenetics and Evolution
Volume: 63
Pages: 28-42
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] A 'living fossil' eel (Anguilliformes : Protanguillidae, fam.nov.) from an undersea cave in Palau2012
Author(s)
Johnson, G.D., Ida, H., Sakaue, J., Sado, T., Asahida, T., Miya, M.
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Journal Title
Proceedings of the Royal Society B
Volume: 279
Pages: 934-943
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Remarkable morphological stasis in an extant vertebrate despite tens of millions of years of divergence2011
Author(s)
Lavoue, S., Miya, M., Arnegard, M.E., McIntyre, P.B., Mamonekene, V. & Nishida, M
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Journal Title
Proceedings of the Royal Society B
Volume: 278
Pages: 1003-1008
Peer Reviewed
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[Journal Article] Phylogeny of the gudgeons (Teleostei : Cyprinidae : Gobioninae)2011
Author(s)
Tang, K.L., Miya, M., Saitoh, K., Simons, A.M., Wood, R.M., Mayden, R.L.
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Journal Title
Molecular Phylogenetics and Evolution
Volume: 61
Pages: 106-124
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Evolutionary history of Otophysi (Teleostei), a major clade of the modern freswater fishes : Pangaean origin and Mesozoic radiation2011
Author(s)
Nakatani, M., Miya, M., Mabuchi, K., Saitoh, K., Nishida, M.
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Journal Title
BMC Evolutionary Biology
Volume: 11
Pages: 177
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] The mitogenomic supermatrices to resolve Cypriniformes Tree of Life : An empirical approach based on 469 complete and 2171 partial mtDNA sequences2011
Author(s)
Miya, M., T.Sado, K.Saitoh, H.L.Bart, Jr., M.H.Doosey, I.Doadrio, Y.Keivany, J.Shrestha, V.Lheknim, R.Zardoya, M.Nishida, R.L.Mayden
Organizer
日本進化学会
Place of Presentation
京都大学
Year and Date
2011-07-30
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[Presentation] The mitogenomic supermatrices to resolve Cypriniformes Tree of Life : An empirical approach based on 469 complete and 2171 partial mtDNA sequences2011
Author(s)
Miya, M., T.Sado, K.Saitoh, H.L.Bart, Jr., M.H.Doosey, I.Doadrio, Y.Keivany, J.Shrestha, V.Lheknim, R.Zardoya, M.Nishida, R.L.Mayden
Organizer
Evolution 2011
Place of Presentation
Norman, Oklahoma, USA
Year and Date
2011-06-07
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