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2012 Fiscal Year Annual Research Report

ゲノムDNAのメチル模様維持機構に関する研究

Research Project

Project/Area Number 22370053
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

田嶋 正二  大阪大学, たんぱく質研究所, 教授 (50132931)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 中川 敦史  大阪大学, たんぱく質研究所, 教授 (20188890)
末武 勲  大阪大学, たんぱく質研究所, 准教授 (80304054)
Project Period (FY) 2010-04-01 – 2013-03-31
Keywords生化学 / 構造生物学 / 酵素学 / ゲノムメチル化 / DNAメチルトランスフェラーゼ
Research Abstract

脊椎動物ゲノムのCpG配列中のシトシン塩基は、しばしばメチル化修飾を受けている。シトシン塩基のメチル化は、遺伝情報発現に抑制的に働く“エピジェネティック”要因の一つであり、DNAのメチル化による遺伝情報制御は発生・分化に欠くことができない重要な役割を果たしている。メチル化模様は複製の過程で次世代の細胞に正確に伝えられる。この世代を超えたメチル化模様の伝達にはDnmt1と呼ばれるDNAメチル化酵素の一つが責任酵素として働いている。
本研究計画では、Dnmt1について、へミメチル化(片鎖だけがメチル化された)DNAを認識する機構と、生体内でメチル化模様の維持に必須な因子であるNp95(別名Uhrf1)との共役について明らかにすることを目指す。
これまでにDnmt1のN末端290アミノ酸残基を欠く大きな断片のX線結晶構造を解くことに成功している。得られた立体構造から、Dnmt1を複製フォークにガイドするN末領域(TS)が、ヘミメチル化DNAが結合する触媒ポケットに嵌まり込んでいて、そのままでは基質DNAが触媒中心にアクセスできない配置となっていることが明らかにした。活性を発現するためにはこのTS領域を触媒ポケットから排除する必要がある。TS領域は触媒領域と4本の水素結合で繋がれていた。本研究で、TS領域がDnmt1によるヘミメチル化DNA結合の際に排除される機構と、その過程でNp95/Uhrf1からどのようにヘミメチル化DNAが受け渡されるのかについて、その分子機構の一端を明らかにすることに成功した。また、従来維持メチル化に必要とされたPCNAとの相互作用は、細胞内での解析により不要であり、TSだけが維持メチル化にとって必須な領域であることを明らかにした。また、TSは異常なメチル化からゲノムを守る機能をもつことを明らかにした。

Current Status of Research Progress
Reason

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (19 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (14 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Hinge and chromoshadow of HP1α participate in recognition of K9 methylated histone H3 in nucleosomes2013

    • Author(s)
      Mishima, Y., Watanabe, M., Kawakami, T.,Jayasinghe, C. D., Otani, J., Kikugawa, Y.,Shirakawa, M., Kimura, H., Nishimura, O.,Aimoto, S., Tajima, S., and Suetake, I.
    • Journal Title

      J. Mol. Biol.

      Volume: 425 Pages: 54-70

    • DOI

      doi:10.1016/j.jmb.2012.10.018

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis of the versatile DNA recognition ability of the methyl CpG binding domain of methyl-CpG binding domain protein 42013

    • Author(s)
      Junji Otani
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 288 Pages: 6351-6362

    • DOI

      doi: 10.1074/jbc.M112.431098

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Genome-wide analysis of DNA methylation and expression of microRNAs in breast cancer cells2012

    • Author(s)
      Sumiyo Morita
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 13 Pages: 8259-8272

    • DOI

      doi:10.3390/ijms13078259

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Dnmt1のRFTSと触媒領域間の水素結合のDNAメチル化に果たす役割2013

    • Author(s)
      Ronald G. Garvilles
    • Organizer
      第7回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Place of Presentation
      奈良県新公会堂
    • Year and Date
      20130530-20130531
  • [Presentation] ヘテロクロマチン蛋白質1によるヌクレオソーム内のK9メチル化ヒストンH3の選択的認識機構の解析2013

    • Author(s)
      三島優一
    • Organizer
      第7回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Place of Presentation
      奈良県新公会堂
    • Year and Date
      20130530-20130531
  • [Presentation] DNA鎖長とNp95のSRA領域はDnmt1のRFTSを触媒ポケットから除去するステップに寄与する2013

    • Author(s)
      Ahmet Can Berkyurek
    • Organizer
      第7回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Place of Presentation
      奈良県新公会堂
    • Year and Date
      20130530-20130531
  • [Presentation] マウスES細胞におけるヒドロキシメチルシトシンの産生と消去2013

    • Author(s)
      木村博信
    • Organizer
      第7回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Place of Presentation
      奈良県新公会堂
    • Year and Date
      20130530-20130531
  • [Presentation] ヘミメチル化DNAによるヌクレオソーム再構成とDnmt1によるメチル化2013

    • Author(s)
      岡翔太
    • Organizer
      第7回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Place of Presentation
      奈良県新公会堂
    • Year and Date
      20130530-20130531
  • [Presentation] ケミカルライゲーションによる修飾ヒストン合成法の開発:K20トリメチル化ヒストンH4の合成とテトラソームの再構成2013

    • Author(s)
      川上徹
    • Organizer
      第7回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Place of Presentation
      奈良県新公会堂
    • Year and Date
      20130530-20130531
  • [Presentation] マイクロRNAとたんぱく質をコードする遺伝子のエピジェネティクな類似性と相違-次世代シーケンサーによる解析2012

    • Author(s)
      森田純代
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場、マリンメッセ福岡
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] De novo型DNAメチル化酵素Dnmt3a2とコリプレッサータンパク質Trim28の結合様式2012

    • Author(s)
      木村博信
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場、マリンメッセ福岡
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] H3K9meを含む再構成ヌクレオソームの調製とHP1結合2012

    • Author(s)
      末武勲
    • Organizer
      大阪大学蛋白質研究所セミナー「エピゲノム解析の新技術とエピジェネティクス制御機構の新展開」
    • Place of Presentation
      大阪大学蛋白質研究所
    • Year and Date
      20120927-20120928
  • [Presentation] Dnmt1によるDNA維持メチル化のin vivoにおける責任領域2012

    • Author(s)
      長谷川貴志
    • Organizer
      第6回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Place of Presentation
      学術総合センター(東京千代田区一ツ橋)
    • Year and Date
      20120514-20120515
  • [Presentation] ポリコーム群蛋白質複合体(PRC2)によるヒストンH3K27メチル化活性-Suz12の責任領域-2012

    • Author(s)
      三島優一
    • Organizer
      第6回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Place of Presentation
      学術総合センター(東京千代田区一ツ橋)
    • Year and Date
      20120514-20120515
  • [Presentation] Dnmt1によるDNA維持メチル化活性は領域の大きな再配置を伴う反応である2012

    • Author(s)
      末武勲
    • Organizer
      第6回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Place of Presentation
      学術総合センター(東京千代田区一ツ橋)
    • Year and Date
      20120514-20120515
  • [Presentation] 海洋無脊椎動物からのDnmt1阻害剤の探索2012

    • Author(s)
      石上進太郎
    • Organizer
      第6回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Place of Presentation
      学術総合センター(東京千代田区一ツ橋)
    • Year and Date
      20120514-20120515
  • [Presentation] Multi-step process of maintenance methylation2012

    • Author(s)
      Shoji Tajima
    • Organizer
      FASEB Science Research Conference on Biological Methylation: From DNA and Histones to Disease
    • Place of Presentation
      The Westin Conference Center, Snowmass Village, Colorado, USA
    • Year and Date
      2012-08-15
  • [Remarks] 最新研究成果:ゲノムのメチル化模様維持を触媒する酵素の立体構造を解明

    • URL

      http://www.protein.osaka-u.ac.jp/jpn/achievement/papers/structural-insight-into-mainte.php

  • [Remarks] ゲノムのメチル化模様維持を触媒する酵素の立体構造を解明-がん細胞を制御する創薬の開発につながる-

    • URL

      http://www.spring8.or.jp/ja/news_publications/press_release/2011/110426

URL: 

Published: 2014-07-24  

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