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2011 Fiscal Year Annual Research Report

新規Ni酵素による水素活性化機構の解明とその利用

Research Project

Project/Area Number 22370061
Research InstitutionUniversity of Hyogo

Principal Investigator

樋口 芳樹  兵庫県立大学, 生命理学研究科, 教授 (90183574)

Keywordsヒドロゲナーゼ / X線結晶解析 / 反応機構 / Ni酵素 / 燃料電池
Research Abstract

本研究では,最近新たに見つかった酸素耐性NAD^+還元4量体ヒドロゲナーゼや,膜結合性シトクロムb含有ヒドロゲナーゼの高分解能X線結晶解析を行うことを目的とした.平成22年度は,水素酸化菌Hydrogenophilus thermoluteolus TH-1 (HtTH-1)の培養法と本菌体由来の新規のNAD^+還元型[NiFe]ヒドロゲナーゼの精製法を確立した.平成23年度は,本ヒドロゲナーゼのNAD^+還元活性測定方法において,測定溶液に終濃度0.1mg/mLのBSAを添加することで,酵素活性を安定して測定できることを見出した.結晶化スクリーニングを行った結果,10%(w/v) PEG3350, 0.1M Tris-HCl pH8.5, 0.2M MgCl_2,4℃の条件で単結晶の調製に成功した.
膜結合性シトクロムb含有6量体ヒドロゲナーゼについては,高分解能X線結晶解析に成功した.その結果,分子が3個もつ鉄-硫黄クラスターのうち触媒反応中心であるNi-Fe活性部位のもっとも近くに位置する鉄-硫黄クラスターが,従来まで知られていた[4Fe-4S]-4Cys型ではなく,新規の構造である[4Fe-3S]-6Cys型であることがわかった.これまでに研究されていた標準型ヒドロゲナーゼは酸素条件におかれるとO_2が活性部位に結合しその活性が失われることが知られていた.構造解析の結果,酸素耐性能をもつ膜結合型ヒドロゲナーゼは,O_2にさらされたとき,[4Fe-3S]-6Cys型の鉄-硫黄クラスターにおいて特徴的な構造変化が起こることを見出した.さらに,この構造変化により鉄-硫黄クラスターはNi-Fe活性部位に電子を1個余分にあたえ,酸素による不活性化をまぬがれていることを明らかにした.本結果は,2011年のNature誌に掲載された.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

膜結合性シトクロムb含有ヒドロゲナーゼの高分解能X線結晶解析を完了し,この酵素の酸素耐性機構の構造基盤が新規の鉄-硫黄クラスターにあることを世界で初めて見いだすことに成功した.また,その結果をNature誌に発表することができた.

Strategy for Future Research Activity

今後は,酸素耐性NAD^+還元4量体ヒドロゲナーゼの結晶解析を進展させ,ヒドロゲナーゼがもつ酸素耐性機構の全貌を解明し,新規燃料電池の開発や水素合成触媒の開発への基礎科学的データを提供していく.

  • Research Products

    (17 results)

All 2012 2011

All Journal Article (9 results) (of which Peer Reviewed: 9 results) Presentation (8 results)

  • [Journal Article] An O-Centered Structure of the Trinuclear Copper Center in the Cys500Ser/Glu506Gln Mutant of CueO and Structural Changes in Low to High X-Ray Dose Conditions2012

    • Author(s)
      H. Komori, R. Sugiyama, K. Kataoka, Y. Higuchi, and T. Sakurai
    • Journal Title

      Angewandte Chemie

      Volume: 51 (8) Pages: 1861-1864

    • DOI

      DOI:10.1002/anie.201107739

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Three-dimensional Structure of Nylon Hydrolase and the Mechanism of Nylon-6 Hydrolysis2012

    • Author(s)
      S.Negoro, et al
    • Journal Title

      J.Biol.Chem.

      Volume: 287 Pages: 5079-5090

    • DOI

      DOI:10.1074/jbc.M111.321992

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] An O-Centered Structure of the Trinuclear Copper Center in the Cys500Ser/Glu506Gln Mutant of CueO and Structural Changes in Low to High X-Ray Dose Conditions2012

    • Author(s)
      H.Shomura, et al
    • Journal Title

      Protein Science

      Volume: 21 Pages: 707-716

    • DOI

      DOI:10.1002/pro.2058

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Basis for a [4Fe-3S] Cluster in the Oxygen-tolerant Membrane-bound [NiFe]-hydrogenase2011

    • Author(s)
      Y. Shomura, K. Yoon, H. Nishihara, and Y. Higuchi
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 479 Pages: 253-257

    • DOI

      DOI:10.1038/nature10504

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystallization and Preliminary X-ray Diffraction Analysis of Membrane-bound Respiratory [NiFe] Hydrogenase from Hydrogenovibrio marinus2011

    • Author(s)
      Y. Shomura, K. Hagiya, K. Yoon, H. Nishihara, and Y. Higuchi
    • Journal Title

      Acta Crystallogr

      Volume: F67 Pages: 827-829

    • DOI

      DOI:10.1107/S1744309111019804

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular Dynamics Studies on Mutational Structures of a Nylon-6 Byproduct-degrading Enzyme2011

    • Author(s)
      T. Baba, K. Kamiya, T. Matsui, N. Shibata, Y. Higuchi, T. Kobayashi, S. Negoro and Y. Shigeta
    • Journal Title

      Chem. Phys. Lett

      Volume: 507 Pages: 157-161

    • DOI

      DOI:10.1016/j.cplett.2011.03.046

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Role of π-Electron Systems in Stabilization of the Oxidized Tetraheme Architecture in Cytochrome c_32011

    • Author(s)
      Y. Takayama,. M. Taketa-Sato, H. Komori, K. Morita, Su-Jin Kang, Y. Higuchi, and H. Akutsu
    • Journal Title

      Bull. Chem. Soc. Jpn

      Volume: Vol. 84, No. 10 Pages: 1096-1101

    • DOI

      DOI:10.1246/bcsj.20110039

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystallographic Characterization of the DIX Domain of the Wnt Signalling Positive Regulator Ccd12011

    • Author(s)
      S.Terawaki, et al
    • Journal Title

      Acta Crystallgor

      Volume: F67 Pages: 758-761

    • DOI

      doi:10.1107/S1744309111016526

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystallization and X-ray Diffraction Analysis of Nylon Oligomer Hydrolase (NylC) from Agromyces sp.KY5R2011

    • Author(s)
      K.Yasuhira, et al
    • Journal Title

      Acta Crystallgor

      Volume: 67 Pages: 892-895

    • DOI

      doi:10.1107/S1744309111022858

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 酸素耐性膜結合型[NiFe]ヒドロゲナーゼのX線結晶構造解析-水素エネルギー利用に向けた基礎科学的研究-2011

    • Author(s)
      樋口芳樹
    • Organizer
      関西サイエンスフォーラム
    • Place of Presentation
      リーガロイヤルNCB(大阪府)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-11-29
  • [Presentation] ゼータサイザーでタンパク質のオリゴマー化を解析する2011

    • Author(s)
      樋口芳樹
    • Organizer
      日本結晶学会年会
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道)(招待講演)
    • Year and Date
      2011-11-24
  • [Presentation] マルチ銅酸化酵素の構造解析2011

    • Author(s)
      小森博文, 等
    • Organizer
      第84回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      京都国際会議場(京都府)
    • Year and Date
      2011-09-23
  • [Presentation] Structural study ofthe O_2-tolerant [NiFe] hydrogenase2011

    • Author(s)
      Y.Shomura, et al
    • Organizer
      第49回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学(兵庫県)
    • Year and Date
      2011-09-17
  • [Presentation] シトクロムc-552の多量体生成と二量体構造2011

    • Author(s)
      林有吾, 等
    • Organizer
      第5回バイオ関連化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場(茨城県)
    • Year and Date
      2011-09-14
  • [Presentation] Crystal structure analysis of release factor 32011

    • Author(s)
      K.Kihira, et al
    • Organizer
      XXII Congress and General Assembly of International Union of Crystallography
    • Place of Presentation
      Madrid (Spain)
    • Year and Date
      2011-08-28
  • [Presentation] Primer design for cDNA synthesis based on the crystal structure2011

    • Author(s)
      N.Shibata, Y.Higuchi
    • Organizer
      XXII Congress and General Assembly of Intemational Union of Crystallography
    • Place of Presentation
      Madrid (Spain)
    • Year and Date
      2011-08-27
  • [Presentation] ウマシトクロムcおよび緑膿菌シトクロムc_<551>の多量体形成2011

    • Author(s)
      廣田俊, 等
    • Organizer
      第38回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      茨城大学(茨城県)
    • Year and Date
      2011-06-23

URL: 

Published: 2013-06-26  

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