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2012 Fiscal Year Annual Research Report

新規Ni酵素による水素活性化機構の解明とその利用

Research Project

Project/Area Number 22370061
Research InstitutionUniversity of Hyogo

Principal Investigator

樋口 芳樹  兵庫県立大学, 生命理学研究科, 教授 (90183574)

Project Period (FY) 2010-04-01 – 2013-03-31
Keywordsヒドロゲナーゼ / X線結晶解析 / 反応機構 / Ni酵素 / 燃料電池
Research Abstract

本研究では,最近新たに見つかった酸素耐性NAD+還元4量体ヒドロゲナーゼや,膜結合性シトクロムb含有ヒドロゲナーゼの高分解能X線結晶解析を行うことを目的とした.昨年度までに新規のNAD+還元4量体ヒドロゲナーゼをもつ水素酸化菌の培養法とそのヒドロゲナーゼ酵素の精製法および活性測定方法を開発した.膜結合性シトクロムb含有6量体ヒドロゲナーゼについてはX線結晶解析に成功し,分子が3個もつ鉄-硫黄クラスターのうち触媒反応中心であるNi-Fe活性部位のもっとも近くに位置する鉄-硫黄クラスターが,従来まで知られていた[4Fe-4S]-4Cys型ではなく,新規の構造である[4Fe-3S]-6Cys型であることを見出した.また,本膜結合型ヒドロゲナーゼは,O2にさらされたとき,この新規の[4Fe-3S]-6Cys型の鉄-硫黄クラスターが特徴的な構造変化を起こすことを見出し,この構造変化こそが本酵素の酸素耐性の本質であることを提案し,それを2011年のNature誌に発表した.
平成24年度は,酸素耐性をもつ膜結合性シトクロムb含有6量体ヒドロゲナーゼの結晶解析をさらに詳細に進めた.昨年度までに,酸素にさらされたときには,[4Fe-3S]-6Cys型の鉄-硫黄クラスターのうちの1個の鉄原子が位置を変化させ,近くのアミノ窒素による配位結合を受けることを明らかにしていたが,それに加えてさらに,近くのグルタミン酸側鎖のカルボキシ酸素も同じ鉄原子に配位した部分構造も認められることがわかった.どちらの構造が酸素耐性により大きく寄与しているかを調べるためにさらに詳細に構造解析を進めている.
NAD+還元4量体ヒドロゲナーゼについては,3 Å分解能の結晶構造を解析し,金属原子の空間配置をほぼ決定した.さらに分解能を上げて全構造の解明を目指している.

Current Status of Research Progress
Reason

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (30 results)

All 2013 2012

All Journal Article (15 results) (of which Peer Reviewed: 9 results) Presentation (15 results) (of which Invited: 6 results)

  • [Journal Article] Studies on hydrogenase2013

    • Author(s)
      T. Yagi, Y. Higuchi
    • Journal Title

      Proc. Jpn. Acad.

      Volume: Ser. B 89 Pages: 16-33

    • DOI

      DOI:10.2183/pjab.89.16

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Inhibitory Activity of Filipendula ulmaria Constituents on Recombinant Human Histidine Decarboxylase2013

    • Author(s)
      Y. Nitta, H. Kikuzaki, T. Azuma, Y. Ye, M. Sakaue, Y. Higuchi, H. Komori, H. Ueno
    • Journal Title

      Food. Chem

      Volume: 138 Pages: 1551-1556

    • DOI

      DOI:10.1016/j.foodchem.2012.10.074

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 膜結合型ヒドロゲナーゼの酸素耐性機構の解明2013

    • Author(s)
      庄村康人,樋口芳樹
    • Journal Title

      生物物理

      Volume: 53 Pages: 82-85

  • [Journal Article] Photosensitivity of the Ni-A State of [NiFe] Hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F with Visible Light2012

    • Author(s)
      H. Osuka, Y. Shomura, H. Komori, N. Shibata, S. Nagao, Y. Higuchi, S. Hirota
    • Journal Title

      Biochem. Byophys. Res. Commun

      Volume: 430 Pages: 284-288

    • DOI

      DOI:10.1016/j.bbrc.2012.10.136

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal Structure Analysis of the Translation Factor RF3 (release factor 3)2012

    • Author(s)
      K. Kihira, Y. Shimizu, Y. Shomura, N. Shibata, M. Kitamura, A. Nakagawa, T. Ueda, K. Ochi, Y.Higuchi
    • Journal Title

      FEBS Letters

      Volume: 586 Pages: 3705-3709

    • DOI

      DOI:10.1016/j.febslet.2012.08.029

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Domain Swapping of the Heme and N-Terminal α-Helix in Hydrogenobacter thermophilus Cytochrome c552 Dimer2012

    • Author(s)
      Y. Hayashi, S. Nagao, H. Osuka, H. Komori, Y. Higuchi, S. Hirota
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 51 Pages: 8608-8616

    • DOI

      DOI:10.1021/bi3011303

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Study Reveals Ser345 Determines Substrate Specificity on Human Histidine Decarboxylase2012

    • Author(s)
      H. Komori, Y. Nitta, H. Ueno, Y. Higuchi
    • Journal Title

      J. Biol. Chem

      Volume: 287 Pages: 29175-29183

    • DOI

      DOI:10.1074/jbc.M112.381897

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural and Oxygen Binding Properties of Dimeric Horse Myoglobin2012

    • Author(s)
      S. Nagao, H. Osuka, T. Yamada, T. Uni, Y. Shomura, K. Imai, Y. Higuchi, S. Hirota
    • Journal Title

      Dalton Transactions

      Volume: 41 Pages: 11378-11385

    • DOI

      DOI:10.1039/C2DT30893B

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Purification, Crystallization, and Preliminary X-ray Analysis of Human Histidine Decarboxylase2012

    • Author(s)
      H. Komori, Y. Nitta, H. Ueno, Y. Higuchi
    • Journal Title

      Acta Crystallogr

      Volume: F68 Pages: 675-677

    • DOI

      DOI:10.1107/S1744309112015692

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Basis for the Reaction Mechanism of S-carbamoylation of HypE by HypF in the Maturation of [NiFe]-hydrogenases2012

    • Author(s)
      Y. Shomura, Y. Higuchi
    • Journal Title

      J. Biol. Chem.

      Volume: 287 Pages: 28409-18419

    • DOI

      10.1074/jbc.M112.387134

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] ヒドロゲナーゼの新規酸素耐性機構 -膜結合型[NiFe]ヒドロゲナーゼ2012

    • Author(s)
      庄村康人,樋口芳樹
    • Journal Title

      化学

      Volume: 67 Pages: 70-71

  • [Journal Article] 酸素耐性ヒドロゲナーゼの構造化学的研究-酵素分子に見出された活性保護機構-2012

    • Author(s)
      庄村康人,樋口芳樹
    • Journal Title

      燃料電池

      Volume: 11 Pages: 67-72

  • [Journal Article] [4Fe-3S]クラスターによる[NiFe]ヒドロゲナーゼの酸素耐性機構の構造基盤2012

    • Author(s)
      庄村康人,樋口芳樹
    • Journal Title

      SPring-8利用者情報誌

      Volume: 17 Pages: 105-110

  • [Journal Article] Crystal structure of O2-tolerant [NiFe] hydrogenase reveals the mechanism of O2-tolerance attributable to a redox-dependent conformational change of [4Fe-3S] cluster2012

    • Author(s)
      Y. Shomura and Y. Higuchi
    • Journal Title

      SPring-8 Research Frontier 2011

      Volume: 2011 Pages: 5-6

  • [Journal Article] シトクロムc ポリマー:水溶性球状タンパク質に見出された多量化機構2012

    • Author(s)
      廣田俊,樋口芳樹
    • Journal Title

      日本結晶学会誌

      Volume: 54 Pages: 270-275

  • [Presentation] Catalytic cycle of cytochrome-c3 hydrogenase, a [NiFe]-hydrogenase2012

    • Author(s)
      八木達彦,樋口芳樹
    • Organizer
      第85回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場(福岡)
    • Year and Date
      20121214-20121215
  • [Presentation] Structural Study of O2-Tolerant [NiFe] Hydrogenase2012

    • Author(s)
      Y. Higuchi
    • Organizer
      The 2nd International Conference on MEXT Project of Integrated Research on Chemical Synthesis
    • Place of Presentation
      名古屋大学(愛知)
    • Year and Date
      20121211-20121211
    • Invited
  • [Presentation] [NiFe]ヒドロゲナーゼの酸素耐性機構の解明 -放射光X線利用による精密構造化学-2012

    • Author(s)
      樋口芳樹
    • Organizer
      日本農芸化学会関西支部 第477回講演会
    • Place of Presentation
      神戸大学(兵庫)
    • Year and Date
      20121201-20121201
    • Invited
  • [Presentation] X 線照射によるマルチ銅活性中心の構造変化2012

    • Author(s)
      小森博文,片岡邦重,櫻井武,宮崎健太郎,樋口芳樹
    • Organizer
      平成24年度日本結晶学会年会
    • Place of Presentation
      東北大学(宮城)
    • Year and Date
      20121026-20121026
  • [Presentation] Wnt シグナル伝達経路で機能するDIX ドメインを介した相互作用の構造生物学2012

    • Author(s)
      勝谷拓也,寺脇慎一,柴田直樹,山本英樹,Marc Fiedler ,Mariann Bienz,菊池 章,樋口芳樹
    • Organizer
      平成24年度日本結晶学会年会
    • Place of Presentation
      東北大学(宮城)
    • Year and Date
      20121026-20121026
  • [Presentation] An attempt to solve the ultra-high resolution crystal structures of nylon-oligomer hydrol ases using the crystals grown in space2012

    • Author(s)
      Y. Higuchi, N. Shibata, K. Nagai, Y. Kawashima and S. Negoro
    • Organizer
      14th International Conference on the Crystallization of Biological Macromolecules
    • Place of Presentation
      Huntsville (USA)
    • Year and Date
      20120926-20120926
  • [Presentation] [NiFe]ヒドロゲナーゼ成熟化因子HypE,HypFのX線結晶構造解析2012

    • Author(s)
      庄村 康人,尹 基石,西原 宏史,樋口 芳樹
    • Organizer
      第49回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学(愛知)
    • Year and Date
      20120924-20120924
  • [Presentation] ヒト由来ヒスチジンデカルボキシラーゼの基質特異性と触媒機構の研究2012

    • Author(s)
      新田陽子,小森博文,樋口芳樹,植野洋志
    • Organizer
      日本生物高分子学会2012年度年会
    • Place of Presentation
      カレッジプラザ(秋田)
    • Year and Date
      20120921-20120921
  • [Presentation] Polymerization and Peroxidase Activity Enhancement of Cytochrome c by Successive Domain Swapping at the C-Terminal Helix2012

    • Author(s)
      S. Hirota, Y. Hattori, Z. Wang, S. Nagao, M. Taketa, H. Komori, H. Kamikubo, T. Matsuo, I. Takahashi, S. Negi, Y. Sugiura, M. Kataoka, Y. Higuchi
    • Organizer
      International Conference on Porphyrins and Phthalocyanins
    • Place of Presentation
      Pusan (Korea)
    • Year and Date
      20120702-20120702
    • Invited
  • [Presentation] 微小重力環境下でのナイロン分解酵素の高品質結晶生成の実例と今後の取り組みについて2012

    • Author(s)
      樋口芳樹,柴田直樹,根来誠司
    • Organizer
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場(愛知)
    • Year and Date
      20120622-20120622
    • Invited
  • [Presentation] 酸素耐性[ NiFe]ヒドロゲナーゼの結晶構造解析2012

    • Author(s)
      庄村 康人,尹 基石,西原 宏史,樋口 芳樹
    • Organizer
      第12回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋国際会議場(愛知)
    • Year and Date
      20120622-20120622
    • Invited
  • [Presentation] ドメインスワッピングによるミオグロビン二量体の形成2012

    • Author(s)
      長尾 聡,宇仁武史,山田卓矢,大須賀久織,庄村康人,今井清博,樋口芳樹,廣田 俊
    • Organizer
      第39回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      東北大学(宮城)
    • Year and Date
      20120609-20120609
  • [Presentation] 好熱菌由来シトクロムc-552 2量体の構造と熱安定性2012

    • Author(s)
      林有吾,長尾聡,大須賀久織,小森博文,樋口芳樹,廣田俊
    • Organizer
      第39回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      東北大学(宮城)
    • Year and Date
      20120608-20120608
  • [Presentation] Polymerization and Peroxidase Activity Enhancement of Cytochrome c by Successive Domain Swapping at the C-Terminal Helix2012

    • Author(s)
      S. Hirota, Y. Hattori, Z. Wang, S. Nagao, M. Taketa, H. Komori, H. Kamikubo, T. Matsuo, I. Takahashi, S. Negi, Y. Sugiura, M. Kataoka, Y. Higuchi
    • Organizer
      IEEE International Conference on Computational Photography
    • Place of Presentation
      Seattle (USA)
    • Year and Date
      20120427-20120429
  • [Presentation] Computer-simulations Based Design of Nylonoligomer Hydrolase2012

    • Author(s)
      Y.Shigeta, K. Kamiya, T. Baba, T. Matsui, M. Boero , N. Shibata,Y. Higuchi and S. Negoro
    • Organizer
      3rd Symposium on Enzymes & Biocatalysis
    • Place of Presentation
      Xian (China)
    • Year and Date
      20120426-20120426
    • Invited

URL: 

Published: 2014-07-24  

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