2012 Fiscal Year Annual Research Report
遺伝子探索を効率化するデジタル遺伝子発現ＱＴＬ解析法の確立
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22380009
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| Research Institution | Shinshu University |
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Principal Investigator |
松村 英生 信州大学, ヒト環境科学研究支援センター, 准教授 (40390885)
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| Project Period (FY) |
2010-04-01 – 2013-03-31
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| Keywords | ゲノム多型 / 遺伝子発現 / 次世代シークエンサー / 連関解析 / イネ |
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| Research Abstract |
次世代シークエンサーを用いた多検体の網羅的なデジタル遺伝子発現解析技術（ハイスループットSuperSAGE法）と前年度までに確立、実施した大規模なDNA多型解析技術（RAD-seq解析法）を組み合わせて低温発芽性に関わる発現遺伝子及びイネRILsを用いた連鎖解析によるそれらを支配する領域の同定を目指した。また、イネの多様な品種を材料として同様なゲノム多型、遺伝子発現情報を組み合わせた連関解析適用の試みも目的とした。前者は「いわてっこ」と「Arroz da terra」について28℃と15℃における好気条件および嫌気条件下で播種後3-7日目の発芽種子をサンプリングしてRNA抽出を行いハイスループットSuperSAGE解析を行った。各試料から30-50万タグが得られ、現在はまだデータ解析を進行中であるが、各条件で発現が有意に増減する遺伝子を複数見出す事が可能なデータが得られた。また同２品種間のRILs96系統について15℃における発芽試験を行い、シュートおよび根の伸長を測定した。現在この測定値と取得済みのRAD-seq解析による各RILのジェノタイプデータから低温時のシュート、根の伸長に作用する領域の絞り込みを行っている。さらにこの領域において発芽時の低温に応答する遺伝子を見出すことで低温発芽性関連遺伝子を絞り込める。多様な品種の解析には、イネコアコレクションを材料とし、本年度は日本型イネのコレクション（約60品種）全てについてRAD-seq解析を行って１万箇所以上の品種間多型を見出した。このデータをもとに品種間の近縁関係を推定すると、現代の育成品種間よりも多様性が高い集団である事が明らかとなった。このデータは各品種の特性（形質）データと組み合わせてアソシエーション解析による遺伝子マッピングに利用可能である。
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| Current Status of Research Progress |
Reason
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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