2012 Fiscal Year Annual Research Report
多系交雑集団を用いたゲノミックセレクション法の開発と実証
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22380011
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| Research Institution | 公益財団法人かずさDNA 研究所 |
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Principal Investigator |
磯部 祥子 公益財団法人かずさＤＮＡ研究所, 植物ゲノム研究部, 室長 (20343973)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
中谷 明弘 新潟大学, 学内共同利用施設等, 准教授 (60301149)
白澤 健太 公益財団法人かずさＤＮＡ研究所, 植物ゲノム研究部, 研究員 (60527026)
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| Project Period (FY) |
2010-04-01 – 2013-03-31
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| Keywords | 植物分子育種 / 他殖性 / ゲノム |
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| Research Abstract |
ゲノミックセレクション（GS）法は、特定のトレーニング集団から得られたデータをもとに育種値（遺伝子の平均効果の和）を推定する式を作成し、育種の選抜過程においては遺伝子型値のみから推定された育種値をもとに優良個体を選抜する育種法である。本申請研究は、多系交雑集団を作成してゲノムの連鎖不平衡の距離を広げることで、より少ないDNAマーカーで効果的なGSを行う方法を開発・実証するものである。
H24年度はH24年度に開発したAdaboost法による選抜マーカーの選定法をさらに改良し、Ensemble-based Genetic&Genomic Search (EGGS)法として確立した。EGGS法を用いてH22およびH23年度に評価した開花始日に関するデータで選抜マーカーを検出したところ、約20のマーカーで個体が選抜できることが明らかとなった。また、異なる環境下（日本、インド、スイス、ロシア）で得られたデータから選抜されたマーカーを比較したところ、共通して選ばれるマーカーがあることが認められた。これらのマーカーの選抜効果を確認するため、新たなに展開した1000個体の遺伝子型を調査した。遺伝子型を調査した個体は平成25年度に評価が終了し、選抜効果が確認できる予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Reason
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Presentation] Genomic selection in red clover: issues and solutions2013
Author(s)
Nakaya A, Sharma TR, Boller B, Klimenko I, Kolliker R, Rana JC, Shirasawa K, Hirakawa H, Sato S, Tabata S, and Isobe S
Organizer
Plant & Animal Genome XXI
Place of Presentation
SanDiego, USA
Year and Date
20130000
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