2012 Fiscal Year Annual Research Report
血清中のアルブミンに結合した疾患関連タンパク質・ペプチド分析法の確立と応用
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22390117
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| Research Institution | Kitasato University |
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Principal Investigator |
小寺 義男 北里大学, 理学部, 准教授 (60265733)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
岩村 正嗣 北里大学, 医学部, 講師 (20176564)
佐藤 雄一 北里大学, 医療衛生学部, 教授 (30178793)
松本 和将 北里大学, 医学部, 講師 (70306603)
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| Project Period (FY) |
2010-04-01 – 2013-03-31
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| Keywords | 血清 / タンパク質 / ペプチド / 診断マーカー / アルブミン結合成分 |
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| Research Abstract |
【1】ペプチドを対象とした研究 （以下の2点について原著論文として発表した）
① DS法（Differential Solubilization法）で抽出したペプチドを効率よくLC-MS分析するための可溶化法の確立：3種類の界面活性剤を徹底的に調べてDS法抽出物を有効に可溶化し、かつ、LC-MS分析することのできる界面活性剤の利用法を確立した（Proteomics. 2013;13(5):751-5）。
② DS法とLC-MSを組み合わせた腎細胞癌診断マーカーペプチドの探索：LC-MS分析用に最適化した改良型DS法を確立し、それとLC-MSを組み合わせた高精度比較分析法を確立した。この方法を腎細胞癌診断マーカー探索に応用し、80血清を対象とした探索・検証実験を行った結果、2種類の診断マーカー候補ペプチドの探索に成功した（J Electrophoresis, 2013; 57:1-9）。
【2】タンパク質を対象とした研究
昨年度までに開発した血清・血漿タンパク質分画抽出法（SF1法, SF2法, SF3法）で分画されたタンパク質ならびにDS法で選択的に抽出されたタンパク質を比較分析するための方法として安定同位体標識試薬（ジメチル化試薬）を用いた比較分析法を確立した。この方法では非安定同位体標識ジメチルラベル（Lラベル）と安定同位体標識ジメチルラベル（Hラベル）を比較対象の試料にそれぞれ標識し、両試料を混合して分析することにより、試料中の全てのタンパク質の存在量の比をLラベルとHラベルぺプチドの強度比として比較分析することが可能である。本年度はこの方法を利用して腎細胞癌診断マーカータンパク質探索を開始した。
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| Current Status of Research Progress |
Reason
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
24年度が最終年度であるため、記入しない。
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Research Products
(20 results)
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[Journal Article] Medaka fish, Oryzias latipes, as a model for human obesity-related glomerulopathy.2013
Author(s)
Ichimura K, Kawashima Y, Nakamura T, Powell R, Hidoh Y, Terai S, Sakaida I,Kodera Y, Tsuji T, Ma JX, Sakai T, Matsumoto H, Obara T.
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Journal Title
Biochem Biophys Res Commun.
Volume: 22
Pages: 712-717
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Integrated view of the human chromosome X-centric proteome project.2013
Author(s)
Yamamoto T, Nakayama K, Hirano H, Tomonaga T, Ishihama Y, Yamada T, Kondo T,Kodera Y, Sato Y, Araki N, Mamitsuka H, Goshima N.
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Journal Title
J Proteome Res.
Volume: 12
Pages: 58-61
DOI
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[Journal Article] Angiotensin-converting enzyme inhibition curbs tyrosine nitration of mitochondrial proteins in the renal cortex during the early stage of diabetes mellitus in rats.2013
Author(s)
Ishii N, Carmines PK, Yokoba M, Imaizumi H, Ichikawa T, Ikenagasa H, Kodera Y,Oh-Ishi M, Aoki Y, Maeda T, Takenaka T, Katagiri M.
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Journal Title
Clin Sci (Lond).
Volume: 124
Pages: 543-552
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] A strategy for large-scale phosphoproteomics and SRM-based validation of human breast cancer tissue samples.2012
Author(s)
Narumi R, Murakami T, Kuga T, Adachi J, Shiromizu T, Muraoka S, Kume H, Kodera Y, Matsumoto M, Nakayama K, Miyamoto Y, Ishitobi M, Inaji H, Kato K, Tomonaga T.
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Journal Title
J Proteome Res.
Volume: 11
Pages: 5311-5322
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Strategy for SRM-based verification of biomarker candidates discovered by iTRAQ method in limited breast cancer tissue samples.2012
Author(s)
Muraoka S, Kume H, Watanabe S, Adachi J, Kuwano M, Sato M, Kawasaki N, Kodera Y, Ishitobi M, Inaji H, Miyamoto Y, Kato K, Tomonaga T.
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Journal Title
J Proteome Res.
Volume: 11
Pages: 4201-4210
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Proteomic analysis of gingival crevicular fluid for discovery of novel periodontal disease markers.2012
Author(s)
Tsuchida S, Satoh M, Umemura H, Sogawa K, Kawashima Y, Kado S, Sawai S, Nishimura M, Kodera Y, Matsushita K, Nomura F.
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Journal Title
Proteomics.
Volume: 12
Pages: 2190-2202
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] Comprehensive approach to develop diagnostic biomarker peptides in serum –Establishment of discovery and validation methods targeting low-abundance peptides–2012
Author(s)
Yoshio Kodera,Tatsuya Saitoh,Yusuke Kawashima, Kazuyuki Sogawa, Satoru Minamida, Kazumasa Matsumoto, Masatsugu Iwamura, Shiro Baba,Tadakazu Maeda,Takeshi Tomonaga,Fumio Nomura
Organizer
HUPO 2012 11th World Congress
Place of Presentation
ボストン（USA)
Year and Date
20120909-20120913
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[Presentation] High quality method for discovery and verification of low abundance biomarker peptides in serum2012
Author(s)
"Yoshio Kodera Tatsuya Saito, Yusuke Kawashima, Satoru Minamida, Kazumasa Matsumoto, Keita Araki, Takashi Matsui, Mamoru Satoh, Fumio Nomura,Masatsugu Iwamura, Shiro Baba ,Tadakazu Maeda
Organizer
AOHUPO (Asia Oceania HUman Proteomics Organization)
Place of Presentation
北京／中国
Year and Date
20120505-20120507
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