• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2012 Fiscal Year Annual Research Report

血清中のアルブミンに結合した疾患関連タンパク質・ペプチド分析法の確立と応用

Research Project

Project/Area Number 22390117
Research InstitutionKitasato University

Principal Investigator

小寺 義男  北里大学, 理学部, 准教授 (60265733)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 岩村 正嗣  北里大学, 医学部, 講師 (20176564)
佐藤 雄一  北里大学, 医療衛生学部, 教授 (30178793)
松本 和将  北里大学, 医学部, 講師 (70306603)
Project Period (FY) 2010-04-01 – 2013-03-31
Keywords血清 / タンパク質 / ペプチド / 診断マーカー / アルブミン結合成分
Research Abstract

【1】ペプチドを対象とした研究 (以下の2点について原著論文として発表した)
① DS法(Differential Solubilization法)で抽出したペプチドを効率よくLC-MS分析するための可溶化法の確立:3種類の界面活性剤を徹底的に調べてDS法抽出物を有効に可溶化し、かつ、LC-MS分析することのできる界面活性剤の利用法を確立した(Proteomics. 2013;13(5):751-5)。
② DS法とLC-MSを組み合わせた腎細胞癌診断マーカーペプチドの探索:LC-MS分析用に最適化した改良型DS法を確立し、それとLC-MSを組み合わせた高精度比較分析法を確立した。この方法を腎細胞癌診断マーカー探索に応用し、80血清を対象とした探索・検証実験を行った結果、2種類の診断マーカー候補ペプチドの探索に成功した(J Electrophoresis, 2013; 57:1-9)。
【2】タンパク質を対象とした研究
昨年度までに開発した血清・血漿タンパク質分画抽出法(SF1法, SF2法, SF3法)で分画されたタンパク質ならびにDS法で選択的に抽出されたタンパク質を比較分析するための方法として安定同位体標識試薬(ジメチル化試薬)を用いた比較分析法を確立した。この方法では非安定同位体標識ジメチルラベル(Lラベル)と安定同位体標識ジメチルラベル(Hラベル)を比較対象の試料にそれぞれ標識し、両試料を混合して分析することにより、試料中の全てのタンパク質の存在量の比をLラベルとHラベルぺプチドの強度比として比較分析することが可能である。本年度はこの方法を利用して腎細胞癌診断マーカータンパク質探索を開始した。

Current Status of Research Progress
Reason

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (20 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (13 results) (of which Peer Reviewed: 12 results) Presentation (7 results) (of which Invited: 4 results)

  • [Journal Article] Enhanced recovery of lyophilized peptides in shotgun proteomics by using an LC-ESI-MS compatible surfactant.2013

    • Author(s)
      Kawashima Y, Takahashi N, Satoh M, Saito T, Kado S, Nomura F, Matsumoto H,Kodera Y.
    • Journal Title

      Proteomics.

      Volume: 13 Pages: 751-755

    • DOI

      10.1002/pmic.201200462. Epub 2013 Feb 11.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cyclic sample pooling using two-dimensional liquid chromatography system enhances coverage in shotgun proteomics.2013

    • Author(s)
      Kawashima Y, Satoh M, Saito T, Matsui T, Nomura F, Matsumoto H, Kodera Y.
    • Journal Title

      Biomed Chromatogr.

      Volume: 27 Pages: 691-694

    • DOI

      10.1002/bmc.2864. Epub 2013 Feb 7.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Preanalytical evaluation of serum 25-hydroxyvitamin D3 and 25-hydroxyvitamin D2 measurements using LC-MS/MS.2013

    • Author(s)
      Mochizuki A, Kodera Y, Saito T, Satoh M, Sogawa K, Nishimura M, Seimiya M,Kubota M, Nomura F.
    • Journal Title

      Clin Chim Acta.

      Volume: 420 Pages: 114-120

    • DOI

      10.1016/j.cca.2012.10.041. Epub 2012 Nov 1.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Serum monomeric α2-macroglobulin as a clinical biomarker in diabetes.2013

    • Author(s)
      Takada T, Kodera Y, Matsubara M, Kawashima Y, Maeda T, Fujita Y, Shichiri M.
    • Journal Title

      Atherosclerosis.

      Volume: 228 Pages: 270-276

    • DOI

      10.1016/j.atherosclerosis.2013.02.035. Epub 2013 Mar 13.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Medaka fish, Oryzias latipes, as a model for human obesity-related glomerulopathy.2013

    • Author(s)
      Ichimura K, Kawashima Y, Nakamura T, Powell R, Hidoh Y, Terai S, Sakaida I,Kodera Y, Tsuji T, Ma JX, Sakai T, Matsumoto H, Obara T.
    • Journal Title

      Biochem Biophys Res Commun.

      Volume: 22 Pages: 712-717

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2013.01.053. Epub 2013 Jan 23.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Integrated view of the human chromosome X-centric proteome project.2013

    • Author(s)
      Yamamoto T, Nakayama K, Hirano H, Tomonaga T, Ishihama Y, Yamada T, Kondo T,Kodera Y, Sato Y, Araki N, Mamitsuka H, Goshima N.
    • Journal Title

      J Proteome Res.

      Volume: 12 Pages: 58-61

    • DOI

      10.1021/pr300844p. Epub 2012 Dec 21.

  • [Journal Article] Angiotensin-converting enzyme inhibition curbs tyrosine nitration of mitochondrial proteins in the renal cortex during the early stage of diabetes mellitus in rats.2013

    • Author(s)
      Ishii N, Carmines PK, Yokoba M, Imaizumi H, Ichikawa T, Ikenagasa H, Kodera Y,Oh-Ishi M, Aoki Y, Maeda T, Takenaka T, Katagiri M.
    • Journal Title

      Clin Sci (Lond).

      Volume: 124 Pages: 543-552

    • DOI

      10.1042/CS20120251.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A strategy for large-scale phosphoproteomics and SRM-based validation of human breast cancer tissue samples.2012

    • Author(s)
      Narumi R, Murakami T, Kuga T, Adachi J, Shiromizu T, Muraoka S, Kume H, Kodera Y, Matsumoto M, Nakayama K, Miyamoto Y, Ishitobi M, Inaji H, Kato K, Tomonaga T.
    • Journal Title

      J Proteome Res.

      Volume: 11 Pages: 5311-5322

    • DOI

      10.1021/pr3005474. Epub 2012 Oct 17.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The application of a three-step serum proteome analysis for the discovery and identification of novel biomarkers of hepatocellular carcinoma.2012

    • Author(s)
      Kimura A, Sogawa K, Satoh M, Kodera Y, Yokosuka O, Tomonaga T, Nomura F.
    • Journal Title

      Int J Proteomics.

      Volume: 2012: Pages: 623190

    • DOI

      10.1155/2012/623190. Epub 2012 Aug 16.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Strategy for SRM-based verification of biomarker candidates discovered by iTRAQ method in limited breast cancer tissue samples.2012

    • Author(s)
      Muraoka S, Kume H, Watanabe S, Adachi J, Kuwano M, Sato M, Kawasaki N, Kodera Y, Ishitobi M, Inaji H, Miyamoto Y, Kato K, Tomonaga T.
    • Journal Title

      J Proteome Res.

      Volume: 11 Pages: 4201-4210

    • DOI

      10.1021/pr300322q. Epub 2012 Jul 9.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Proteomic analysis of gingival crevicular fluid for discovery of novel periodontal disease markers.2012

    • Author(s)
      Tsuchida S, Satoh M, Umemura H, Sogawa K, Kawashima Y, Kado S, Sawai S, Nishimura M, Kodera Y, Matsushita K, Nomura F.
    • Journal Title

      Proteomics.

      Volume: 12 Pages: 2190-2202

    • DOI

      10.1002/pmic.201100655.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Potential of classification of cancer by multiple discriminant analysis for relationship between cancer and expression of human cellular phosphoprotein.2012

    • Author(s)
      Motofuji Y, Saito A, Koike M, Kodera Y, Maeda T, Komatsu H.
    • Journal Title

      Biomed Res.

      Volume: 33 Pages: 139-143

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Plectin promotes migration and invasion of cancer cells and is a novel prognostic marker for head and neck squamous cell carcinoma.2012

    • Author(s)
      Katada K, Tomonaga T, Satoh M, Matsushita K, Tonoike Y, Kodera Y, Hanazawa T,Nomura F, Okamoto Y.
    • Journal Title

      J Proteomics.

      Volume: 75 Pages: 1803-1815

    • DOI

      10.1016/j.jprot.2011.12.018. Epub 2011 Dec 30.

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 血中診断マーカーペプチド提案を目指した 探索ならびに多検体評価法の包括的な開発2012

    • Author(s)
      "小寺義男,川島祐介,斎藤達也,佐藤守 ,曽川一幸 ,前田忠計 ,朝長毅,野村文夫
    • Organizer
      第85回 日本生化学会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場、マリンメッセ福岡
    • Year and Date
      20121214-20121216
  • [Presentation] Comprehensive approach to develop diagnostic biomarker peptides in serum –Establishment of discovery and validation methods targeting low-abundance peptides–2012

    • Author(s)
      Yoshio Kodera,Tatsuya Saitoh,Yusuke Kawashima, Kazuyuki Sogawa, Satoru Minamida, Kazumasa Matsumoto, Masatsugu Iwamura, Shiro Baba,Tadakazu Maeda,Takeshi Tomonaga,Fumio Nomura
    • Organizer
      HUPO 2012 11th World Congress
    • Place of Presentation
      ボストン(USA)
    • Year and Date
      20120909-20120913
  • [Presentation] 血中診断マーカーペプチド獲得を目指したペプチドーム解析法の包括的な開発2012

    • Author(s)
      小寺義男
    • Organizer
      第19回遺伝子診療学会/シンポジウム
    • Place of Presentation
      三井ガーデンホテル千葉
    • Year and Date
      20120726-20120728
    • Invited
  • [Presentation] 血中診断マーカーペプチド獲得を目指した ペプチドーム解析法の包括的な開発2012

    • Author(s)
      "小寺義男,川島祐介,斎藤達也,佐藤守 ,曽川一幸 ,前田忠計 ,朝長毅 ,野村文夫
    • Organizer
      第10回日本プロテオーム学会(JHUPO)年会/シンポジウム
    • Place of Presentation
      日本科学未来館(東京)
    • Year and Date
      20120726-20120727
    • Invited
  • [Presentation] High quality method for discovery and verification of low abundance biomarker peptides in serum2012

    • Author(s)
      "Yoshio Kodera Tatsuya Saito, Yusuke Kawashima, Satoru Minamida, Kazumasa Matsumoto, Keita Araki, Takashi Matsui, Mamoru Satoh, Fumio Nomura,Masatsugu Iwamura, Shiro Baba ,Tadakazu Maeda
    • Organizer
      AOHUPO (Asia Oceania HUman Proteomics Organization)
    • Place of Presentation
      北京/中国
    • Year and Date
      20120505-20120507
  • [Presentation] Comprehensive approach to develop diagnostic biomarker peptides in serum. –Establishment of discovery and validation methods targeting low-abundance peptides–

    • Author(s)
      Yoshio Kodera
    • Organizer
      RCAI Seminar Series 2012
    • Place of Presentation
      (独)理化学研究所・免疫アレルギー科学総合研究センター(RCAI)
    • Invited
  • [Presentation] 血中疾患マーカーペプチド獲得を目指した包括的なアプローチ

    • Author(s)
      小寺義男
    • Organizer
      東北大学医学部・最先端学術セミナー
    • Place of Presentation
      東北大学医学部
    • Invited

URL: 

Published: 2014-07-24  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi