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2010 Fiscal Year Annual Research Report

量子化学計算を用いたグルコース環構造変換過程の網羅的解明とセルラーゼの分子設計

Research Project

Project/Area Number 22500272
Research InstitutionYokohama National University

Principal Investigator

上田 一義  横浜国立大学, 工学研究院, 教授 (40223458)

Keywordsコンピュータシミュレーション / 環変換 / グルコース
Research Abstract

本研究は、グルコースの環構造変換過程の全貌を、量子化学的計算手法を用いて明らかにすることを目的とするものである。この研究は糖の中で最もポピュラーなグルコースについて、未だに明確でないグルコース環の立体配座について定量的に明らかにするもので、糖化学の最も基本的な基礎情報を与えるものとして学術的に重要であるのみならず、実用的にも低炭素化社会実現に向けてのグリーンエネルギーの実用化研究の一つである、セルロースを酵素分解してエネルギー資源として利用する際の酵素設計や反応の効率化等を図る上で重要である。今年度は平成22年度の研究計画に基づき、グルコースの最も典型的な環構造である^4C_1から"ねじれ配座"に至る網羅的な環変換経路を探索した。これまでに^4C_1からねじれ配座のBやSに至る3本の環変換過程を得ているが、その他の経路についてはまだ探索中である。これまでの中間結果では、他の変換過程は前回の経路に比べエネルギー値が高いという予想となっている。^4C_1からの全経路探索に並行して、"ねじれ構造"についての系統的なエネルギー値の計算とその環変換過程の探索も進めている。さらに、平成23年度の研究計画にある、ねじれ配座からもう一つのイス型構造である^1C_4に至る経路とその構造についても検討を開始した。これらについては、遷移状態におけるエネルギー障壁の高さについて探索を進めており、これまでに^1C_4から^0S_2に到る経路と、その遷移状態を見出すことに成功している。今後は、前回見出した^4C_1から^2S_0に到る経路と、今回の^1C_4から^0S_2に到る経路とを結ぶ経路についても探索を進める予定である。

  • Research Products

    (10 results)

All 2011 2010

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (7 results)

  • [Journal Article] Supermolecular Structure of Cellulose/Amylose Blends Prepared from Aqueous NaOH Solutions and Effects of Amylose on Structural Formation of Cellulose from Its Solution2011

    • Author(s)
      Hitomi Miyamoto, Mariko Ago, Chihiro Yamane, Masaharu Seguchi, Kazuyoshi Ueda, Kunihiko Okajima
    • Journal Title

      Carbohydrate Research

      Volume: 346 Pages: 807-814

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamic Structure of Bombolitin II Bound to Lipid Bilayers as Revealed by Solid-state NMR and Molecular-Dynamics Simulation2010

    • Author(s)
      Shuichi Toraya, Namsrai Javkhlantugs, Daisuke Mishima, Katsuyuki Nishimura, Kazuyoshi Ueda
    • Journal Title

      Biophysical Journal

      Volume: 99 Pages: 3282-3289

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Conformational Study of Ionic Aggregate of Dodecylether Polyethoxylate with Ferric-Thiocyanate Anion through the Intermediary of Potassium Ion2010

    • Author(s)
      Yukio Yokoyama, Hidaka Atsumi, Sayaka Yoshida, Naoyuki Sone, Kazuyoshi Ueda
    • Journal Title

      Analytical Science

      Volume: 26 Pages: 1047-1052

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Orientation and interaction of bovine Lactoferrampin in bacterial mimic membrane as performed by molecular dynamics simulation2010

    • Author(s)
      Namsrai Javkhlantugs, AkiraNaito, Kazuyoshi Ueda
    • Organizer
      5^<th> International Peptide Symposium
    • Place of Presentation
      Kyoto, Japan
    • Year and Date
      20101204-20101209
  • [Presentation] Structure and orientation of bovine Lactoferrampin in bacterial mimic membrane as investigated by molecular dynamics simulation2010

    • Author(s)
      Namsrai Javkhlantugs, AkiraNaito, Kazuyoshi Ueda
    • Organizer
      Mongolian-German Workshop on Advanced Materials
    • Place of Presentation
      Ulaanbaatar, Mongol
    • Year and Date
      20100927-20100929
  • [Presentation] Cellulose triacetateII型ナノサイズ結晶の溶解過程に関する分子動力学シミュレーション2010

    • Author(s)
      早川大地・上田一義、山根千弘・宮本ひとみ 堀井文敬
    • Organizer
      セルロース学会第17回年次大会
    • Place of Presentation
      徳島文理大学香川キャンパス
    • Year and Date
      20100715-20100716
  • [Presentation] セルロース誘導体オリゴマーモデルを用いた計算機化学による光学分割機構の解析2010

    • Author(s)
      西村俊秀、上田一義、柴田徹、大西敦、奥山直人
    • Organizer
      セルロース学会第17回年次大会
    • Place of Presentation
      徳島文理大学香川キャンパス
    • Year and Date
      20100715-20100716
  • [Presentation] セルローストリアセテートーII型ナノサイズ結晶の溶解過程に関する分子動力学シミュレーション2010

    • Author(s)
      早川大地・上田一義、山根千弘・宮本ひとみ 堀井文敬
    • Organizer
      第59回高分子学会年次大会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      20100526-20100528
  • [Presentation] セルロース誘導体オリゴマーモデルを用いた計算機化学による光学異性体分離機構の解析2010

    • Author(s)
      西村俊秀、上田一義、柴田徹、大西敦、奥山直人
    • Organizer
      第59回高分子学会年次大会
    • Place of Presentation
      パシブイコ横浜
    • Year and Date
      20100526-20100528
  • [Presentation] Molecular dynamics simulation of Bombolitin II in the DPPC bilayer2010

    • Author(s)
      Namsrai Javkhlantugs, AkiraNaito, Kazuyoshi Ueda
    • Organizer
      2010MRS Spring Meeting
    • Place of Presentation
      San Francisco, CA
    • Year and Date
      20100405-20100409

URL: 

Published: 2012-07-19  

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