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2012 Fiscal Year Annual Research Report

生体分子の量子ダイナミクス:その理論的解明と制御

Research Project

Project/Area Number 22540421
Research InstitutionNippon Medical School

Principal Investigator

藤崎 弘士  日本医科大学, 医学部, 准教授 (60573243)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 菊地 浩人  日本医科大学, 医学部, 准教授 (00224907)
高見 利也  九州大学, 学内共同利用施設等, 准教授 (10270472)
Project Period (FY) 2010-04-01 – 2013-03-31
Keywords生物物理 / 化学物理
Research Abstract

今年度は最終年度ということもあり、分子の振動ダイナミクスを効率的に計算するための分子の階層モデル(molecular tier model)の構築、その計算機への実装を完成させた。その過程で非線形結合定数の計算に問題があることが分かったので、八木清氏(理化学研究所)に協力を仰ぎ、分子の様々な異性体に対して安定した計算ができるようになった。現在はこの手法をIgor Rubtsov (Tulane Univ.) らが2次元赤外分光法によって実験的に調べている分子 (acetylbenzonitrile) に適用した計算を行っており、実験結果との比較やその解釈を行って論文にまとめている。この新たに開発された量子ダイナミクスの手法は、量子化学的にポテンシャル面が計算できるような系に関しては一般的に適用可能であり、ポルフィリンなどの比較的大きな分子(生体分子を含む)に対する適用を現在検討している。
また今年度は、この量子ダイナミクスの手法と関連した、分子の構造変化ダイナミクスを量子的に扱うための量子ストリング法の開発を志賀基之氏(原子力研究機構)とともに行い、論文にまとめた。これは昨年度、論文として発表した、最小自由エネルギー経路を求めるためのストリング法を量子系に拡張したものであり、これによってレアなイベントである分子の構造変化を量子的に取り扱うための基礎を築くことができた。将来的にはこの手法と上の量子ダイナミクスの手法を組み合わせて、分子の量子的な構造変化ダイナミクスを取り扱いたいと考えている。
分子のレーザー制御の問題に関しては、高見利也氏(九州大学)とともに最適制御理論の適用を行っているが、それをレビュー記事としてまとめた。現在は制御の問題の量子古典対応を調べており、それを論文にまとめているところである。

Current Status of Research Progress
Reason

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (9 results)

All 2012 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (5 results)

  • [Journal Article] 複雑量子系の最適制御理論2012

    • Author(s)
      高見利也, 藤崎弘士
    • Journal Title

      日本医科大学基礎科学紀要

      Volume: 41 Pages: 27-56

    • URL

      college.nms.ac.jp/files/college/kiyou/04takami_fujis aki.pdf

  • [Journal Article] A quantum generalization of intrinsic reaction coordinate using path integral centroid coordinates2012

    • Author(s)
      Motoyuki Shiga and Hiroshi Fujisaki,
    • Journal Title

      J. Chem. Phys.

      Volume: 136 Pages: 184103-1-11

    • DOI

      doi: 10.1063/1.4709723

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Minimum Free Energy Path of Ligand-Induced Transition in Adenylate Kinase2012

    • Author(s)
      Y. Matsunaga, H. Fujisaki, T. Terada, T. Furuta, K. Moritsugu, and A. Kidera
    • Journal Title

      PLoS Comput. Biol.

      Volume: 8 Pages: e1002555-1-12

    • DOI

      doi:10.1371/journal.pcbi.1002555

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 理論生物物理と生化学を組み合わせた薬効研究 -- キサンチン酸化還元酵素と阻害剤フェブキソスタットの結合機序 --2012

    • Author(s)
      藤崎弘士, 古田忠臣, 岡本研, 菊地浩人
    • Journal Title

      日本医科大学医学会誌

      Volume: 8 Pages: 222-227

  • [Presentation] Theoretical investigation of vibrational energy transfer using the tier model with ab initio potential energy surfaces2012

    • Author(s)
      Hiroshi Fujisaki
    • Organizer
      Gordon Research Conference on vibrational spectroscopy
    • Place of Presentation
      Biddeford, Maine (USA)
    • Year and Date
      20120800
  • [Presentation] Path Search and Path Sampling Algorithms for Complex Molecular Systems2012

    • Author(s)
      Hiroshi Fujisaki, Motoyuki Shiga, Akinori Kidera
    • Organizer
      JST International Symposium on Multi-scale Simulation of Condensed-phase Reacting Systems
    • Place of Presentation
      Nagoya Univ.
    • Year and Date
      20120510-20120512
  • [Presentation] 分子階層モデルを使った量子ダイナミクス3

    • Author(s)
      藤崎弘士,菊地浩人,戸田幹人,高見利也
    • Organizer
      日本物理学会秋季大会
    • Place of Presentation
      横浜国立大学
  • [Presentation] カオス力学系の最適制御軌道

    • Author(s)
      高見利也,藤崎弘士
    • Organizer
      日本物理学会秋季大会
    • Place of Presentation
      横浜国立大学
  • [Presentation] Onsager-Machlup作用を用いたペプチドのパスサンプリング

    • Author(s)
      藤崎弘士,松永康佑,木寺詔紀
    • Organizer
      日本物理学会年会
    • Place of Presentation
      広島大学

URL: 

Published: 2014-07-24  

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